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      新軟件有助于找出激活跳躍基因的原因
      
			
      
				2019-01-14 11:38:50
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      基因組不是固定的代碼，而是靈活的。它允許基因的變化。然而，轉(zhuǎn)座子，即所謂的跳躍基因，以比“正常”基因更自由的方式解釋這種靈活性。它們?cè)诨蚪M中繁殖并自己選擇它們的位置。轉(zhuǎn)座子也可以跳入基因并使其失效。因此，它們是不同生物發(fā)育的重要區(qū)別標(biāo)志。
      

      新軟件有助于找出激活跳躍基因的原因
      

      不清楚是什么觸發(fā)了轉(zhuǎn)座子活性
      

      然而，目前尚不清楚跳躍基因是如何發(fā)展的以及它們對(duì)活動(dòng)的影響。“為了找出氣候區(qū)如何影響活動(dòng)，我們必須能夠比較不同人群中轉(zhuǎn)座子的頻率 - 在不同的個(gè)體群體中，”大學(xué)人口遺傳學(xué)研究所的生物信息學(xué)家Robert Kofler解釋說。維也納獸醫(yī)學(xué)院 但這個(gè)頻率還沒有準(zhǔn)確確定。
      

      用于低價(jià)方法的新軟件
      

      通過DNA測序檢測轉(zhuǎn)座子。但是，這種檢測不能對(duì)每個(gè)人口中的每一個(gè)成員進(jìn)行。“目前，這將超出有關(guān)財(cái)務(wù)和工作量的可用資源。唯一 - 也更便宜 - 選擇是在一個(gè)反應(yīng)??中分析整個(gè)人口，”最后一位作者ChristianSchlötterer解釋道。他使用果蠅的例子建立的這種方法稱為Pool-Seq。它也常規(guī)用于檢測轉(zhuǎn)座子。但是，現(xiàn)有的分析程序無法在這種情況下提供精確的結(jié)果。到目前為止，每個(gè)分析都受到不同因素的偏倚，例如測序深度和成對(duì)讀數(shù)之間的距離。
      

      為此，Kofler開發(fā)了新的軟件PoPoolationTE2。“如果我們對(duì)整個(gè)群體進(jìn)行排序，每個(gè)反應(yīng)都會(huì)提供不同的結(jié)果?；旌蟼€(gè)體的數(shù)量總是相同的，但單個(gè)個(gè)體的差異，”科弗勒解釋說。此外，樣本處理中的技術(shù)差異等因素影響了迄今為止的分析。PoPoolationTE2不受這些因素的影響。因此，對(duì)于Pool-Seq反應(yīng)，可以精確回答關(guān)于轉(zhuǎn)座子活性的問題。
      

      對(duì)癌癥研究感興趣
      

      “無偏見的轉(zhuǎn)座子豐度檢測可以對(duì)來自不同氣候區(qū)的人群進(jìn)行低價(jià)比較。下一步，我們可以發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)座子在特定的氣候區(qū)是否非?；钴S，”科夫勒說。原則上，生物信息學(xué)家為Pool-Seq開發(fā)了這個(gè)新軟件。但由于這種方法也適用于醫(yī)學(xué)研究和診斷，該方案對(duì)癌癥研究或神經(jīng)學(xué)變化的檢測也很有意義，因?yàn)檗D(zhuǎn)座子也發(fā)生在大腦中。
      

      實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)證實(shí)了影響因素
      

      實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)可以指出影響轉(zhuǎn)座子的因素。最后一位作者Schlötterer解釋了這些因素，指的是果蠅的實(shí)驗(yàn)：“我們每個(gè)群體繁殖一百代，并將它們暴露于不同的刺激。我們每隔十代進(jìn)行一次測序，確定刺激物是否影響了轉(zhuǎn)座子的活性。因此，我們可以用快速運(yùn)動(dòng)來描述轉(zhuǎn)座子的活動(dòng)，可以這么說。“ 如果豐度很低，科學(xué)家就會(huì)認(rèn)為是轉(zhuǎn)座子才開始變得更加頻繁。如果轉(zhuǎn)座子在特定群體中非?？焖俚胤敝?，則稱為入侵。如果在整個(gè)群體中檢測到跳躍基因而不是在另一個(gè)群體中檢測到跳躍基因，則可以對(duì)其進(jìn)行正選擇。
      
			

			
        
      
			
      
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