研究人員成功發(fā)現(xiàn)單個(gè)細(xì)胞總RNA序列

相結(jié)合的方法,研究人員從日本先進(jìn)的計(jì)算和通信中心(ACCC)在日本已經(jīng)開(kāi)發(fā)出一種方法,讓全身的測(cè)序單個(gè)細(xì)胞總RNA的。這樣的完整測(cè)序的能力是重要的了解單個(gè)細(xì)胞在生物系統(tǒng)開(kāi)發(fā)和功能。

已經(jīng)取得了很大的進(jìn)步在解碼基因組和transcriptome-RNA表達(dá)不同的物種和生物,但是仍有許多工作要做在個(gè)人理解正在發(fā)生的事情細(xì)胞。到目前為止的一個(gè)關(guān)鍵挑戰(zhàn)單細(xì)胞RNA序列,一個(gè)技術(shù)解碼一個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組,已經(jīng)很難確定的RNA序列不polyadenylated-a類(lèi)型的修改,在幾乎所有的信使RNA。Non-polyadenylated rna表達(dá)較低,結(jié)構(gòu)稍有不同。最近的研究表明,non-polyadenylated rna參與不同的細(xì)胞功能和疾病。盡管它們的重要性、方法到目前為止已無(wú)法檢測(cè)到non-polyadenylated rna或只能檢測(cè)靈敏度很低。

為了克服這個(gè)限制,日本科學(xué)家聯(lián)合多種方法來(lái)開(kāi)發(fā)一個(gè)系統(tǒng)名為隨機(jī)位移放大測(cè)序(RamDA-seq),這是高度敏感的腺苷和non-polyadenylated rna和強(qiáng)烈的免疫類(lèi)型的偏見(jiàn),常常發(fā)生在測(cè)序。結(jié)果發(fā)表在《自然通訊。

通過(guò)一系列的測(cè)試,他們決定RamDA-seq也很敏感,具有良好的重現(xiàn)性。他們發(fā)現(xiàn),它可以提供超長(zhǎng)成績(jī)單的全長(zhǎng)序列,和非常敏感,不同于以往的方法,non-polyadenylated rna。他們應(yīng)用RamDA-seq鼠標(biāo)胚胎干細(xì)胞和正確檢測(cè)到已知的rna序列,以及額外的序列沒(méi)有之前所知。

使用RamDA-seq,科學(xué)家發(fā)現(xiàn)一些感興趣的事實(shí)。首先,他們表明non-polyadenylated rna是動(dòng)態(tài)監(jiān)管的方式取決于分化狀態(tài),所以單個(gè)細(xì)胞在不同的階段可能會(huì)表達(dá)他們不同。他們還發(fā)現(xiàn)了一個(gè)獨(dú)特的現(xiàn)象被稱為遞歸拼接,得到了關(guān)注最近夾雜某些基因,同時(shí)能夠分析這些單細(xì)胞水平。最后,他們發(fā)現(xiàn)RamDA-seq有助于理解活動(dòng)的增強(qiáng)器RNAs-RNAs反映監(jiān)管的功能基因組區(qū)域。

領(lǐng)導(dǎo)人根據(jù)Itoshi Nikaido ACCC的生物信息學(xué)研究中心,“我們很興奮的積極的結(jié)果從這個(gè)新系統(tǒng),并非常希望世界各地的研究人員將能夠使用它來(lái)給我們基因表達(dá)的新見(jiàn)解單個(gè)細(xì)胞,讓我們更好地理解的復(fù)雜性生物系統(tǒng)."

鄭重聲明：本文版權(quán)歸原作者所有，轉(zhuǎn)載文章僅為傳播更多信息之目的，如有侵權(quán)行為，請(qǐng)第一時(shí)間聯(lián)系我們修改或刪除，多謝。

推薦內(nèi)容