Telltale的DNA有助于追蹤過去和難以捉摸的野生動物
在炎熱的夏日,Mark Stoeckle在紐約East River的陰暗水域扔了一個(gè)水桶,裝滿了三個(gè)小塑料瓶。生物學(xué)家希望他收集的水包含河流多樣化生命的遺傳蹤跡,包括它的所有魚類 - 當(dāng)然還有偶爾的老鼠。
洛克菲勒大學(xué)的斯托克勒說:“我們已經(jīng)大大清理了東河,但我們?nèi)栽趦A倒大量物資。”“這將使我們更好地了解魚類是否正在恢復(fù)。”
他不必親自捕捉滑溜溜的魚 - 鑒于河流的巖石底部和強(qiáng)大的水流,這是一項(xiàng)危險(xiǎn)的任務(wù)。他只需要尋找他們留下的微小DNA來跟蹤它們。
動物在移動時(shí)會失去頭發(fā),鱗片和羽毛。它們還會丟棄皮膚細(xì)胞和廢物。所有這些都留下了遺傳物質(zhì)的痕跡,可以在數(shù)小時(shí),數(shù)周甚至數(shù)千年后檢測到。
科學(xué)家們說,分析漂浮在水道中或隱藏在土壤中的DNA,他們稱之為環(huán)境DNA或eDNA,有望幫助管理和保護(hù)生物多樣性。這種策略在過去幾年里變得越來越流行,并且已經(jīng)提供了西伯利亞古代猛犸象的線索,加利福尼亞青蛙死亡的早期預(yù)警以及墨西哥難以捉摸的鋸fish的證據(jù)。
對于紐約約克學(xué)院的魚類生態(tài)學(xué)家Sam Chew Chin來說,DNA采樣讓他想起了他喜歡的童年表演,如“星際迷航”。
“每當(dāng)他們找到一顆新行星時(shí),他們就會終生掃描它,”他說。“檢測環(huán)境DNA是我們能夠做到的最接近的。它非常整潔。”
Chew Chin說他曾經(jīng)是一個(gè)“泥濘的靴子和血腥的桌面生物學(xué)家”。研究魚意味著捕獲它們并最終殺死它們?,F(xiàn)在,他通過測試水來搜尋長島的鯨魚或在哈德遜河捕魚 - 這一進(jìn)步使他的工作變得更快,更便宜。
它并不總是那樣。丹麥遺傳學(xué)家Eske Willerslev說,十年前沒有人真正關(guān)心eDNA,他是該技術(shù)的先驅(qū)。
他一直前往西伯利亞采樣永久凍土。冷凍的土壤非常寒冷,他認(rèn)為古老的遺傳物質(zhì)多年來一直保持完整。
2002年,他用少量永久凍土樣品測量了糖塊的大小,他能夠識別出數(shù)十萬年前生活在野牛,馬和許多不同植物中的遺傳物質(zhì)。他還發(fā)現(xiàn)了猛犸象的DNA。
丹麥自然歷史博物館的威勒斯列夫說,環(huán)境DNA“幫助我們無法進(jìn)入,”他補(bǔ)充說,這種方法將在科學(xué)家尋求理解自然的過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。
這方面的例子出現(xiàn)在其他領(lǐng)域,其中eDNA改變了研究人員對保護(hù)的看法。
當(dāng)Colleen Kamoroff在2015年夏天從加利福尼亞州內(nèi)華達(dá)山脈的湖泊中取水時(shí),她看到一群健康的本土山地黃腿蛙跳來跳去。
一個(gè)月后,他們都快要死了。罪魁禍?zhǔn)祝阂环N微生物導(dǎo)致全世界大約200種兩棲動物物種減少,稱為壺菌屬真菌。
奇怪的是,如果她看到早期的跡象,青蛙是否可以得救,Kamoroff是一位為加利福尼亞優(yōu)勝美地國家公園工作的野生動物生物學(xué)家,她開始在她采樣的水中尋找壺菌真菌DNA。她很驚訝地發(fā)現(xiàn)了它。
她說:“也許如果我們知道他們在那時(shí)被感染了,我們就可以做好準(zhǔn)備。我們可以用藥物開始治療它們。”
如果一個(gè)物種瀕臨滅絕,保護(hù)動物居住的地區(qū)或在圈養(yǎng)中繁殖它們有時(shí)可以幫助拯救它。它之前已經(jīng)完成了。但是知道那些最后幸存者隱藏的地方是保護(hù)主義者的常見問題。
海洋生物學(xué)家拉蒙·邦菲爾(Ramon Bonfil)花了三年多的時(shí)間尋找墨西哥的最后一種鋸齒魚,那里的熱帶水域曾經(jīng)充滿難以捉摸的奇怪光芒?,F(xiàn)在,他們無處可尋。最后一個(gè)標(biāo)本在2016年被意外捕獲。除此之外,近十年沒有人見過活鋸。
吉爾網(wǎng),無人機(jī)和漁民都未能發(fā)現(xiàn)它們。
然而,邦菲爾在兩年前在韋拉克魯斯州發(fā)現(xiàn)的三個(gè)水樣中發(fā)現(xiàn)了鋸fish DNA。這是一個(gè)微弱的信號,這可能意味著游泳的生物并不多。但它是最近的。
“關(guān)鍵是要知道它們在哪里。在找到它們之前,我們將無法保護(hù)它們,”邦菲爾說。
對于斯托克勒來說,過去幾年每周在東河捕撈自由漂浮的遺傳物質(zhì)已經(jīng)改變了他的觀點(diǎn)。
“這有點(diǎn)令人毛骨悚然,你想要與所有這些生物的DNA一起游泳,”他說。“現(xiàn)在我知道,當(dāng)我下水時(shí),我真的會去別人的環(huán)境。”
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