中文字幕在线天|亚洲一区二区三区手机版|少妇中文字幕乱码亚洲影视|最好看的久久综合伊人



      

      
  

      

      
	
	

      

      



      

	
      

      
	
      
  	       
      
       中國(guó)基因網(wǎng)您的位置：首頁(yè) >基因檢測(cè) >        
      
  
      
		
      
			
      使用antiSMASH數(shù)據(jù)庫(kù)尋找有趣的代謝物
      
			
      
				2019-03-09 10:57:44
				?
			  來(lái)源：
			
      
		
      
				
		
      
			
      使用在線工具antiSMASH尋找有趣細(xì)菌代謝物的科學(xué)家現(xiàn)在有機(jī)會(huì)使用antiSMASH數(shù)據(jù)庫(kù)，預(yù)先計(jì)算出近25,000個(gè)細(xì)菌基因組的結(jié)果。該數(shù)據(jù)庫(kù)將簡(jiǎn)化抗生素，殺蟲(chóng)劑和抗癌藥物的發(fā)現(xiàn)。antiSMASH工具可以幫助研究人員找到負(fù)責(zé)生物合成有趣代謝物的細(xì)菌基因，如新的抗生素，殺蟲(chóng)劑和抗癌藥物。收集antiSMASH工具結(jié)果的新數(shù)據(jù)庫(kù)可以簡(jiǎn)化數(shù)千種細(xì)菌基因組在代謝物方面的比較。
      

      使用antiSMASH數(shù)據(jù)庫(kù)尋找有趣的代謝物
      

      “許多科學(xué)家尋找細(xì)菌代謝產(chǎn)物，因?yàn)樗麄儗ふ倚碌目股?。在我們小組中，我們尋找針對(duì)多重耐藥細(xì)菌的新抗生素，如肺炎克雷伯菌或鮑曼不動(dòng)桿菌。社會(huì)迫切需要針對(duì)這些細(xì)菌的新抗生素，這會(huì)導(dǎo)致嚴(yán)重的敗血癥，小便感染和肺炎，“丹麥技術(shù)大學(xué)諾基亞諾德基金會(huì)生物可持續(xù)性研究中心(DTU)研究員兼科學(xué)軟件工程師Kai Blin說(shuō)。
      

      該數(shù)據(jù)庫(kù)不僅適用于發(fā)現(xiàn)新的抗生素。食品和制藥行業(yè)也使用這種工具，以確保用作例如益生菌的細(xì)菌不產(chǎn)生有毒化合物。
      

      該數(shù)據(jù)庫(kù)的最新改進(jìn)現(xiàn)已發(fā)表在核酸研究中。
      

      有趣的代謝物不直接參與微生物的正常生長(zhǎng)，發(fā)育或繁殖。但代謝物通常在生物體對(duì)抗捕食者的防御系統(tǒng)中發(fā)揮重要作用。
      

      在工業(yè)中，這些微生物代謝物可用作藥物，調(diào)味劑和顏料。通常，微生物在實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行評(píng)估時(shí)不會(huì)自動(dòng)產(chǎn)生有趣的代謝物，這使得有價(jià)值的化合物對(duì)科學(xué)家來(lái)說(shuō)是“看不見(jiàn)的” - 除非他們看到DNA。
      

      “例如，如果您知道某種細(xì)菌會(huì)產(chǎn)生代謝產(chǎn)物，但同時(shí)該生物體無(wú)法培養(yǎng)，因此進(jìn)一步研究，您可以通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)在其他細(xì)菌中尋找相同的隱藏代謝物，”Kai Blin說(shuō)。
      

      科學(xué)家們?cè)谶^(guò)去七年中建立并改進(jìn)了antiSMASH在線工具，現(xiàn)在它已經(jīng)運(yùn)行了超過(guò)100,000個(gè)任務(wù)。一年，有超過(guò)2500次引用。
      

      但科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)許多antiSMASH用戶運(yùn)行相同的基因組，尋找相同的結(jié)果。這對(duì)用戶來(lái)說(shuō)非常耗時(shí)，因?yàn)槊看芜\(yùn)行需要幾個(gè)小時(shí)。因此，研究人員和軟件工程師決定構(gòu)建antiSMASH數(shù)據(jù)庫(kù)，該數(shù)據(jù)庫(kù)收集所有預(yù)先計(jì)算的結(jié)果。
      

      “這意味著用戶可以立即獲得結(jié)果，無(wú)需等待數(shù)小時(shí)或手動(dòng)完成這項(xiàng)工作，這可能需要數(shù)天或數(shù)周，”Kai Blin說(shuō)。
      

      有趣的代謝物由所謂的生物合成基因簇BGC編碼，數(shù)據(jù)庫(kù)經(jīng)過(guò)培訓(xùn)可以識(shí)別。antiSMASH使用基于規(guī)則的聚類檢測(cè)方法來(lái)識(shí)別45種不同類型的有趣代謝物。
      

      最新版本的antiSMASH數(shù)據(jù)庫(kù)包含6,200個(gè)完整的細(xì)菌基因組，與版本1相比增加了58%。此外，還添加了18,576個(gè)所謂的草案基因組。
      

      非常重要的是，更新還包含訪問(wèn)BGS的各種查詢選項(xiàng)。軟件工程師還為版本2添加了冗余過(guò)濾器，這意味著數(shù)據(jù)庫(kù)僅顯示來(lái)自最佳質(zhì)量基因組的結(jié)果，而不是為數(shù)百種具有幾乎相同序列的菌株提供結(jié)果。該數(shù)據(jù)庫(kù)是開(kāi)源的，免費(fèi)且易于使用，即使對(duì)于非程序員也是如此。
      
			

			
        
      
			
      
            鄭重聲明：本文版權(quán)歸原作者所有，轉(zhuǎn)載文章僅為傳播更多信息之目的，如有侵權(quán)行為，請(qǐng)第一時(shí)間聯(lián)系我們修改或刪除，多謝。
			
      
			
			
      
        
      推薦內(nèi)容