轉(zhuǎn)移學習符合家畜基因組學
彼得大圣彼得堡理工大學(SPbPU)的研究人員開發(fā)了一種新的計算方法,可以預測哺乳動物物種中的有害突變。隨著越來越多的畜牧生產(chǎn)者使用基因測試來改善其畜群,這種方法將有助于優(yōu)化和指導動物育種計劃,以及提高牲畜的盈利能力和產(chǎn)量。該方法在進化應用中發(fā)表,密切關(guān)注人類基因組學最新創(chuàng)新的腳步,并將人類遺傳學風險因素的知識轉(zhuǎn)化為伴侶動物,從而具有遺傳學和家畜物種基因組學的變革潛力。
農(nóng)場動物的高效選擇將產(chǎn)生具有理想表型的后代并確保對激素和抗生素的依賴性降低,這已成為許多家畜基因組和基因編輯項目的焦點。然而,它們的成功受到基因組變體產(chǎn)生的未知效應的阻礙。由教授領導的科學家。Maria Samsonova,Sergey Nuzhdin和Lev Utkin(數(shù)學生物學和生物信息學實驗室和機器學習小組)充分利用有關(guān)具有有害潛力的人類變異的現(xiàn)有信息,并使用轉(zhuǎn)移學習方法對其他哺乳動物物種的破壞性突變進行分類。該方法使用狗和小鼠模型進行了廣泛驗證。“開發(fā)的方法可用于識別其他農(nóng)場動物基因組中有害的,不需要的突變,從而促進精細調(diào)整的代謝途徑的設計,使動物能夠在各種條件下茁壯成長,”實驗室負責人Maria Samsonova說。數(shù)學生物學和生物信息學SPbPU。
從最早的動物馴化開始,人類已經(jīng)選擇了牲畜中所需的特征或性狀,相反,選擇了針對不良表型的選擇。受控育種的副作用是有害突變的快速積累,因為具有負潛力的基因組變體不會受到來自外部群體的“好”基因的流入的抵消。隨著時間的推移,這會導致牛和其他農(nóng)場動物的健康狀況整體下降??沙掷m(xù)農(nóng)業(yè)和工業(yè)為人類提供更高質(zhì)量,更健康和更??低成本的農(nóng)產(chǎn)品的能力在很大程度上依賴于由天然存在或技術(shù)引入的突變引起的功能效應的知識以及我們從未來品種中消除有害物質(zhì)的能力。
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