瘧蚊中殺蟲(chóng)劑抗性發(fā)展的拷貝數(shù)變異
LSTM的研究人員與劍橋Wellcome Sanger研究所和牛津大學(xué)大數(shù)據(jù)研究所的同事一起使用全基因組測(cè)序來(lái)了解瘧疾蚊子中的拷貝數(shù)變異體(CNVs)及其在殺蟲(chóng)劑抗性中的作用。許多疾病,如瘧疾,寨卡病毒和登革熱病,都是由蚊子傳播的,使控制蚊子種群成為解決這些疾病的基石。這通常通過(guò)使用殺蟲(chóng)劑來(lái)實(shí)現(xiàn),傳統(tǒng)上效果很好。發(fā)表在Genome Research期刊上的論文的第一作者埃里克盧卡斯博士解釋說(shuō):“過(guò)去20年來(lái),瘧疾病例已大大減少,這主要是由于病媒控制得到了改善。但這些努力受到抗藥性進(jìn)展的威脅。為了更好地理解和解決殺蟲(chóng)劑抗性,我們需要了解導(dǎo)致它的基因突變,但到目前為止只發(fā)現(xiàn)了一些突變。“
為了更好地了解抗藥性的演變,LSTM以及牛津大學(xué)和惠康桑格研究所的合作者正在對(duì)來(lái)自撒哈拉以南非洲地區(qū)的數(shù)千名主要瘧疾蚊子岡比亞按蚊的基因組進(jìn)行測(cè)序。一個(gè)名為An的項(xiàng)目。岡比亞1000 Genomes項(xiàng)目(Ag1000G)。
可能導(dǎo)致殺蟲(chóng)劑抗性增加的一種突變是獲得額外的基因拷貝,這些基因有助于分解蚊子體內(nèi)的殺蟲(chóng)劑,但對(duì)瘧疾蚊子中此類(lèi)拷貝數(shù)變異體(CNVs)的研究卻很少。對(duì)于這項(xiàng)工作,該團(tuán)隊(duì)使用Ag1000G數(shù)據(jù)來(lái)查找An中拷貝數(shù)的增加。岡比亞發(fā)現(xiàn)CNV更可能發(fā)生在殺蟲(chóng)劑抗性發(fā)揮作用的基因中,而不是其他基因組。“在我們的研究中,幾乎每個(gè)人都發(fā)現(xiàn)了這些與抗性相關(guān)的CNV,”盧卡斯博士繼續(xù)說(shuō)道,“超過(guò)90%的蚊子在一些人群中的拷貝數(shù)增加。總體而言,在已知與之相關(guān)的五個(gè)遺傳區(qū)域中在岡比亞岡比亞的殺蟲(chóng)劑解毒,我們發(fā)現(xiàn)了44種不同的CNV。
LSTM矢量生物學(xué)系主任Martin Donnelly教授是該論文的高級(jí)作者。他說(shuō):“這項(xiàng)研究證明了基因拷??貝數(shù)增加對(duì)殺蟲(chóng)劑抗性演變的重要性,并且應(yīng)該促進(jìn)對(duì)理解每種CNV及其作用的殺蟲(chóng)劑的確切影響的研究。一旦這些影響是據(jù)了解,檢測(cè)這些突變的存在并追蹤它們?cè)诜N群間的傳播將有助于我們預(yù)測(cè)蚊子種群可能仍然易受其影響的殺蟲(chóng)劑。“
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