Chan Zuckerberg Initiative(CZI)宣布為人類細胞圖譜提供資金支持，該圖譜使用測序技術重新定義體內的每個細胞。來自CZI的資金和工程支持將使歐洲生物信息學研究所(EMBLEBI)，Broad研究所和加州大學圣克魯茲基因組學研究所(UCSC)能夠建立一個開放的，基于云的數據協(xié)調平臺，以檢查，分享和分析產生了大量不同的信息。

新解剖學

在過去的二十年里，分子生物學已經取得了很大進展，科學家認為現(xiàn)在是時候從最小的單位 - 細胞開始重新思考人體解剖學。由Broad研究所和Wellcome Trust Sanger研究所領導的人類細胞圖譜旨在通過創(chuàng)建一個新的，開放的，可訪問的健康人體參考圖來做到這一點。

“解剖學教科書現(xiàn)在通過根據事物的外觀和功能來分配意義來設計?，F(xiàn)在，我們使用分子工具來描述器官和組織中發(fā)生的事情，并獲得更深入的解剖學觀點。這就是人類細胞圖譜，“EMBL-EBI研究組組長John Marioni博士和EMBL-EBI數據協(xié)調平臺指導小組負責人解釋說。

這項國際合作正在使用RNA測序技術以全新的方式定義細胞。這種高度特異性，基于測序的健康人體功能參考將對生物醫(yī)學研究具有變革性。

有一點是肯定的：它將意味著大量的數據。

透明度和轉型

“地圖集的規(guī)模將在數以千萬計的數據集中，”Wellcome Trust Sanger研究所細胞遺傳學負責人兼人類細胞圖譜聯(lián)合負責人Sarah Teichmann博士說。“互操作性和透明性對于保持這么多活動部件的運行至關重要 - 我們從彼此協(xié)作的長期經驗中了解到這一點。我們從一開始就將數據架構設計為開源和模塊化。這將使其更容易供其他人使用并在將來添加到Atlas。“

新的基于云的管道將允許Human Cell Atlas合作伙伴上傳他們的數據集，共同分析它們，并有意義地比較健康和患病組織。它將把生命科學合作轉向云技術，包括Open Stack，Google和Amazon Web Services。

“這個新數據平臺的規(guī)模和范圍將要求學術界和工業(yè)界的信息學和基因組學專家之間進行大規(guī)模的合作，”Chan Zuckerberg Initiative的科學總裁Cori Bargmann說。“這就是為什么我們很高興將三個世界領先的基因組學，信息學和數據共享機構聚集在一起，以建立這一重要的新資源 - 我們自己的軟件工程師將幫助開發(fā)工具并促進合作。這是一個偉大的我們如何通過支持跨機構的合作以及以新的方式將科學家和工程師聚集在一起來幫助加速科學發(fā)展。

科學是全球性的

Human Cell Atlas研究人員生成的原始數據將在EMBL-EBI中存儲和訪問，流向美國的平臺合作伙伴進行基于云的分析和注釋，然后發(fā)送回EMBL-EBI，以便在公共檔案中存儲和共享，使其可供更廣泛的世界使用。

“科學是真正的國際化，人體細胞圖譜合作伙伴在各大洲工作的方式很明顯，”EMBL-EBI主任兼全球基因組學和健康聯(lián)盟主席Ewan Birney說。“每個合作伙伴都為生命科學建立必要的數據服務帶來了豐富的經驗.CZI不僅僅是為項目提供資金 - 他們還是一個親自動手的合作伙伴。因此我們知道Atlas將以最好的工程設計。”

展望未來

麻省理工學院生物學教授，人類細胞圖譜組織委員會聯(lián)合主席Aviv Regev博士說：“這項貢獻適用于全世界所有的生物醫(yī)學科學家，因為人類細胞圖譜將與大家分享。”“CZI的支持將幫助我們開始為世界各地的科學家建立一個數據平臺，以查看和分析彼此的數據，并廣泛和公開地分享他們的工作成果。這將激勵其他人提出新問題，并授權他們找到答案。“

構建平臺只是一項巨大工作的開始，需要很多年才能完成，在此期間技術將不可避免地發(fā)生變化。數據協(xié)調平臺的下一步是規(guī)劃新興技術，如生物成像，以及長期維持公共資源。

為什么Human Cell Atlas很重要?

“想象一下，如果像我一樣，你的視力有些受損，你一生都在模糊地看待事物。然后有一天，有人給你戴眼鏡，你突然能夠看到世界的細節(jié)之美：路牌上的字母， HCA就像那副眼鏡一樣。它可以讓科學家以更高的分辨率更清晰地看到生物學。直到我們能夠看到以這種清晰度驅動健康和疾病的過程，我們不會我們需要了解它們，以便開發(fā)有效地作用于它們的藥物。“- Aviv Regev博士，Broad研究所所長，麻省理工學院生物學教授，人類細胞圖譜組織委員會聯(lián)合主席。