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      研究人員展示了可以品嘗DNA的新技術(shù)
      
			
      
				2019-01-18 09:46:28
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      諾丁漢大學(xué)的科學(xué)家們首次證明，可以實(shí)時(shí)選擇性地測序DNA片段，大大減少了分析生物樣本所需的時(shí)間。今天發(fā)表在學(xué)術(shù)期刊“ 自然方法 ”上的一篇論文描述了一種新的高選擇性DNA測序技術(shù)，稱為“Read Until”。該方法與實(shí)時(shí)納米孔測序一起使用，使用戶能夠僅分析含有預(yù)定目標(biāo)特征的DNA鏈。
      

      研究人員展示了可以品嘗DNA的新技術(shù)
      

      大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院細(xì)胞與發(fā)育生物學(xué)研究小組的Matt Loose博士一直在與生物技術(shù)公司Oxford Nanopore Technologies生產(chǎn)的新型便攜式DNA測序技術(shù)MinION合作。所有測序均在諾丁漢大學(xué)下一代測序設(shè)施DeepSeq中進(jìn)行。
      

      “這是第一次在任何設(shè)備上直接選擇特定的DNA分子，”Loose博士說。“我們希望它能夠?qū)崿F(xiàn)許多未來的新型應(yīng)用，特別是便攜式測序。這使得測序盡可能高效，并將提供一種可行的，基于信息的替代傳統(tǒng)濕實(shí)驗(yàn)室濃縮技術(shù)。這種方法應(yīng)用于大量從病原體檢測到人類基因組靶向區(qū)域測序的問題現(xiàn)在已經(jīng)觸手可及。“
      

      口袋大小的MinION設(shè)備 - 與美國國家航空航天局最近發(fā)送給國際空間站的技術(shù)相同，旨在研究微重力下是否可以進(jìn)行DNA測序 - 在膜中使用微小的分子孔，“感知”DNA片段通過的序列這些納米孔在電流跡線中產(chǎn)生微小的波動(dòng)。然后需要使用基本調(diào)用軟件(通常位于云中)將這些稱為“波形”的當(dāng)前痕跡轉(zhuǎn)換為DNA堿基。通過這一步驟，諾丁漢大學(xué)的團(tuán)隊(duì)使用信號(hào)處理技術(shù)將這些曲線映射到參考序列。
      

      在論文中，諾丁漢團(tuán)隊(duì)走得更遠(yuǎn)，表明這種波浪形匹配技術(shù)的執(zhí)行速度可以決定在完全通過納米孔之前對正在測序的DNA片段做出決定。根據(jù)序列，可以指示MinION中的單個(gè)納米孔繼續(xù)測序或彈出當(dāng)前的DNA片段并開始測序另一個(gè)。諾丁漢研究小組表明，這種“實(shí)時(shí)選擇性測序”，或者有些人稱之為'DNA品嘗'，可以減少對關(guān)鍵DNA片段進(jìn)行測序所需的時(shí)間，或者能夠分析存在宿主和其他DNA的病原體樣本。在樣本中。
      

      通過應(yīng)用動(dòng)態(tài)時(shí)間扭曲以將短查詢當(dāng)前跡線與參考匹配來展示Read Until方法/技術(shù)，展示小基因組的特定區(qū)域的選擇，來自一組靶標(biāo)的單個(gè)擴(kuò)增子，或一組中擴(kuò)增子的標(biāo)準(zhǔn)化。
      
			

			
        
      
			
      
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