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      細(xì)菌彼此共享基因 甚至跨越組織邊界
      
			
      
				2019-04-14 16:32:51
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      研究人員報(bào)告說，人體中的細(xì)菌以比自然界中常見的更高的速度彼此共享基因，其中一些基因似乎正在旅行 - 獨(dú)立于它們的微生物宿主 - 從身體的一部分到另一部分?？茖W(xué)報(bào)告期刊。
      

      細(xì)菌彼此共享基因 甚至跨越組織邊界
      

      該研究結(jié)果是韓國極地研究所高級研究科學(xué)家Kyung Mo Kim最初概念化的分子數(shù)據(jù)挖掘方法的結(jié)果。伊利諾伊大學(xué)農(nóng)作物科學(xué)和Carl R. Woese基因組生物學(xué)研究所教授Gustavo Caetano-Anollés與他的前學(xué)生Arshan Nasir合作開發(fā)了這種方法，該學(xué)生來自巴基斯坦的伊斯蘭堡COMSATS大學(xué)，他目前是新的洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室的杰出研究員。墨西哥。
      

      這種計(jì)算上具有挑戰(zhàn)性的方法使他們能夠識別“水平基因轉(zhuǎn)移”的實(shí)例，即在有性或無性繁殖之外的生物之間直接轉(zhuǎn)移基因。
      

      “水平基因轉(zhuǎn)移是地球上遺傳信息交換的主要力量，”Caetano-Anollés說。“這些交換使微生物適應(yīng)和繁殖，但它們對人類健康也很重要。有些細(xì)菌不能生活在我們體外，有些細(xì)菌不能生存。”
      

      納西爾說：“更好地了解這一現(xiàn)象也將具有重要的公共衛(wèi)生價(jià)值，因?yàn)榭股乜剐曰蛩絺鞑?dǎo)致多重耐藥病原體的出現(xiàn)已成為全球關(guān)注的問題。”
      

      對于新的分析，科學(xué)家利用基因組信息構(gòu)建了成千上萬的人類細(xì)菌“家譜”。通過微生物基因樹的調(diào)和，團(tuán)隊(duì)可以弄清楚哪些基因是遺傳的，哪些是水平基因轉(zhuǎn)移的結(jié)果。
      

      “目前大多數(shù)確定水平基因轉(zhuǎn)移的方法都比較了DNA特征或基因組之間的統(tǒng)計(jì)相似性，以確定外源基因，”納西爾說。“這對于相對較新的基因轉(zhuǎn)移非常有效，但往往無法確定數(shù)百萬或數(shù)十億年前發(fā)生的轉(zhuǎn)移事件。”
      

      他說，更加勞動(dòng)密集的方法使團(tuán)隊(duì)能夠克服這一障礙。
      

      “我們研究人類相關(guān)的微生物，因?yàn)樗鼈儽徽J(rèn)為是維持人類健康和新陳代謝的關(guān)鍵因素，”納西爾說。“我們計(jì)算了基因轉(zhuǎn)移率和方向 - 誰轉(zhuǎn)移了誰 - 為美國國立衛(wèi)生研究院人類微生物組項(xiàng)目抽取的1000多種參考細(xì)菌基因組。”
      

      這些細(xì)菌來自六個(gè)人體部位：腸道，皮膚，口腔，血液，泌尿生殖道和氣道。
      

      Caetano-Anollés說，研究人員發(fā)現(xiàn)了證據(jù)支持早期發(fā)現(xiàn)人類相關(guān)細(xì)菌與其基因非?；祀s的證據(jù)。
      

      “我們體內(nèi)微生物之間的水平交換比你在地球上其他地方發(fā)現(xiàn)的水平高約30%，”他說。“這意味著我們的身體提供了獨(dú)特的利基，促進(jìn)了微生物層面的創(chuàng)新。”
      

      大約40%的基因交換發(fā)生在生活在同一身體部位的細(xì)菌中。另外60%涉及不同組織中細(xì)菌之間的基因共享，例如腸道內(nèi)和血液中的生物。
      

      在所有情況下，基因轉(zhuǎn)移在密切相關(guān)的生物體中最常見，無論它們是否占據(jù)相同或不同的身體組織。事實(shí)上，研究人員報(bào)告說，不同身體部位生物體之間的基因共享發(fā)生率高于生活在同一地點(diǎn)的遠(yuǎn)緣相關(guān)細(xì)菌的基因共享。
      

      納西爾說：“其中一些可能是在微生物定植于人體之前發(fā)生的非常古老的基因轉(zhuǎn)移事件。” “也可能是某些細(xì)菌在個(gè)體的生命周期中的不同時(shí)間點(diǎn)定居在不同的人體部位。其他細(xì)菌可能是細(xì)菌DNA從一個(gè)部位轉(zhuǎn)移到另一個(gè)部位的結(jié)果，可能是通過血液。我們需要進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)證據(jù)測試這種誘人的可能性。“
      

      研究人員說，其他科學(xué)家可以使用他們?yōu)檫@項(xiàng)工作開發(fā)的工具HGTree，以更準(zhǔn)確地預(yù)測哪些基因通過繁殖過程“垂直”遺傳，并通過水平基因轉(zhuǎn)移從其他微生物中獲取。研究人員表示，這將有助于更好地理解微生物和人類的進(jìn)化。
      
			

			
        
      
			
      
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