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      新的DNA病毒和逆轉錄病毒數據庫首次亮相
      
			
      
				2019-01-02 11:35:31
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      地球上，地上和周圍的微生物多于銀河系中的恒星。微生物影響食物生產; 空氣質量; 植物，樹木和生物量的自然分解; 農業(yè)土壤質量; 以及更多。為了研究這些微生物，科學家需要更多地了解微生物和病毒如何相互作用。病毒會影響微生物的工作能力。美國能源部(DOE)聯合基因組研究所的科學家建立了最大的公共可用病毒數據庫。這項單一工作將已知病毒基因的數量增加了16倍。此外，在核酸研究中發(fā)表的一系列四篇文章中美國能源部聯合基因組研究所的研究人員報告了其他幾個可公開訪問的數據庫和計算工具的最新更新。這些數據庫和工具將使全球微生物研究人員受益。
      

      新的DNA病毒和逆轉錄病毒數據庫首次亮相
      

      微生物在地球的生物地球化學循環(huán)中起著關鍵作用。被認為比微生物多 10倍的病毒可以改變這些周期。測序技術的進步產生了大量有關病毒的數據。使用數據需要工具來管理和解釋它。更新的數據庫分析工具提供有關微生物的詳細信息，特別是微生物基因組學和病毒。一個可供公眾使用的新數據庫，可以幫助科學家回答有關感染微生物的病毒的問題，這種相互作用會影響無數的自然過程，并可能提供加速有益(或減緩有害)微生物行為的工具。從這項工作中獲得的見解與能源部在生物能源和環(huán)境方面的使命有關。
      

      提供高質量，可公開訪問的序列數據與開發(fā)和維護研究社區(qū)可以利用的數據庫和工具以幫助回答科學問題密切相關。最近在核酸研究中發(fā)表的一系列文章中，美國能源部聯合基因組研究所的研究人員描述了一個名為“攜帶病毒樣本的綜合微生物基因組”(IMG / VR)的數據庫。IMG / VR是一個綜合的計算平臺，它將數據庫中的所有序列與相關的元數據和分析工具集成在一起。
      

      IMG / VR緊隨最近美國能源部聯合基因組研究所的病毒多樣性報告。自2014年發(fā)布的最新一組報告以來，同一期刊中的其他文章描述了對幾個可公開訪問的交互式數據庫的更新。例如，截至2016年7月，IMG中有47,516個古菌，細菌和真核基因組與微生物組樣本( IMG / M)系統，研究人員注意到該數字“代表自2013年9月以來增加超過300%”。IMG / M含有來自培養(yǎng)生物的古菌，細菌，真核和病毒基因組的注釋DNA和RNA序列數據; 單細胞基因組(SCG)和來自未培養(yǎng)的古細菌，細菌和病毒的宏基因組的基因組; 和來自環(huán)境，宿主相關和工程微生物組樣品的宏基因組。
      

      另一篇論文涉及Genomes在線數據庫(GOLD)，這是一個手動策劃的數據管理系統，它使用來自世界各地的相關元數據對測序項目進行編目。在當前版本的GOLD(v.6)中，所有項目都是基于研究，生物體(用于分離物)或生物樣品(用于環(huán)境樣品)，測序項目和分析項目形式的四級分類系統進行組織的。 。第四篇論文側重于生物合成基因簇的IMG圖譜(IMG-ABC)。IMG-ABC于2015年推出，使研究人員能夠搜索生物合成基因簇和次級代謝產物。他們的最新更新現在采用了ClusterScout，這是一種用于在數千種分離微生物基因組中定向鑒定定制生物合成基因簇的工具，以及新的搜索功能。
      
			

			
        
      
			
      
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