腸道微生物組可能為IBD治療成功的可能性提供線索
根據(jù)一項早期研究,IBD患者微生物組的構(gòu)成可能有助于預(yù)測治療性抗體治療是否會證明富有成效。
治療炎癥性腸病(IBD),如潰瘍性結(jié)腸炎(UC)和克羅恩病(CD),目前是一個反復(fù)試驗的過程。嘗試一種治療,尋找反應(yīng)。如果患者沒有改善,請嘗試下一次治療。然后是下一個。雖然研究人員已經(jīng)嘗試開發(fā)使用患者臨床特征或遺傳學(xué)的預(yù)測工具,以幫助醫(yī)生更快地進行最有益的治療,但尚未證實這些工具的穩(wěn)健性或準確性足以被廣泛使用。
今天在Cell Host和Microbe報道的一項研究中,Ashwin Ananthakrishnan(馬薩諸塞州綜合醫(yī)院的胃腸病學(xué)家),Chengwei Luo,Ramnik Xavier及其同事開始探索患者的微生物組是否可以保留能夠提供他們所尋求的預(yù)測能力的標記物。 。
研究小組研究了接受維多珠單抗(一種抑制腸道炎癥的抗體)的85名IBD患者的腸道微生物組譜,測量了開始治療前和多個時間點采集的樣本中的物種組成和微生物活動。然后他們將這些概況與患者的反應(yīng)進行比較。
數(shù)據(jù)產(chǎn)生了一些令人驚訝的模式。那些在治療14周后IBD癥狀消失的患者在治療開始時更有可能在腸道內(nèi)攜帶特定種類的細菌。特別是,對治療有反應(yīng)的CD患者攜帶更高水平的Roseburia inulinivorans和Burkholderiales物種 - 并且在治療前其腸道中的細菌群落總體上比沒有反應(yīng)的患者更多樣化。
然而,更有趣的是,微生物正在做的事情是治療成功的更強預(yù)測因素,而不僅僅是微生物的身份。研究小組確定了13種代謝途徑,這些途徑在進入緩解期的CD患者的腸道細菌中更為活躍,包括產(chǎn)生被認為可減輕炎癥的分子的途徑。
為了評估概況的預(yù)測價值,該團隊將他們的數(shù)據(jù)輸入基于神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的機器學(xué)習工具vedoNET,并將其結(jié)果與患者的經(jīng)驗進行比較。在使用患者的臨床信息,物種水平和途徑數(shù)據(jù)時,該工具產(chǎn)生了最準確的預(yù)測。
雖然該團隊指出該研究需要與更多的患者群體重復(fù)進行,并且在其他治療的背景下,他們的研究結(jié)果表明,隨著臨床測序變得越來越普遍,篩查IBD患者的腸道菌群并使用這些數(shù)據(jù)應(yīng)該是可行的。指導(dǎo)治療決定。
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