在開放獲取期刊GigaScience中，科學(xué)家們提出了一種類似小型sh like動(dòng)物的基因組草圖，即有毒的Hispaniolan螺旋體(Solenodon paradoxus)。這個(gè)物種不同尋常，不僅因?yàn)樗菢O少數(shù)有毒的哺乳動(dòng)物之一，它也是恐龍時(shí)代與其他食蟲動(dòng)物分開的哺乳動(dòng)物的唯一剩余分支。這種瀕危動(dòng)物的基因組測序和分析由Mayagüez的波多黎各大學(xué)的Taras K. Oleksyk博士領(lǐng)導(dǎo)的國際小組進(jìn)行。電磁閥基因組序列的可用性使研究人員能夠回答幾個(gè)進(jìn)化問題，特別是在流星撞擊結(jié)束恐龍時(shí)能否存活的電磁閥物種。

作為唯一現(xiàn)存的有毒哺乳動(dòng)物之一，電磁閥修飾了唾液腺，通過動(dòng)物鋒利的門牙上的凹槽分泌有毒唾液(“電磁閥”來源于希臘語中的“帶槽牙”)。它們還具有其他幾種原始且非常不尋常的特征，適用于哺乳動(dòng)物 - 非常大的爪子，帶有球窩關(guān)節(jié)的柔韌鼻子，以及位于其后部的奇怪定位的乳頭。雖然對(duì)哺乳動(dòng)物的生命樹進(jìn)行了大量研究，但這是與“基因組俱樂部”相關(guān)的最遠(yuǎn)距離相關(guān)的分支。它對(duì)保護(hù)具有特別重要性和意義，因?yàn)樾螒B(tài)測量研究表明，南部和北部的伊斯帕尼奧蘭電極管可能是亞種而不是單獨(dú)的物種。

Solenodon在遺傳和地理上是孤立的。它們極度瀕臨滅絕，只留在加勒比群島古巴和伊斯帕尼奧拉島的幾個(gè)偏遠(yuǎn)角落。它的夜間生活方式使它更難以捉摸，因此研究較少。因此，研究人員必須與InstitutoTecnológicodeSanto Domingo和UniversidadAutónomadeSanto Domingo的當(dāng)?shù)貙＜乙约爱?dāng)?shù)貙?dǎo)游一起工作，他們幫助他們?cè)谕砩细櫤头鼡敉ㄟ^電磁閥。

其中一位主要作者Juan Carlos Martinez-Cruzado博士說：“本地資源對(duì)于這類工作是絕對(duì)必要的。只有他們真正了解他們的動(dòng)物的行為。這個(gè)項(xiàng)目可能為許多其他人打開大門，我們總是假設(shè)這將成為幫助多米尼加共和國的研究，教育和保護(hù)工作的眾多項(xiàng)目之一。“

該項(xiàng)目不僅僅涉及獲取血液樣本生物的挑戰(zhàn);電磁操縱子基因組證明特別難以測序。在加勒比地區(qū)偏遠(yuǎn)地區(qū)開展基因組學(xué)研究提出了挑戰(zhàn)，特別是在向?qū)嶒?yàn)室運(yùn)輸高質(zhì)量DNA方面。由于DNA質(zhì)量差以及預(yù)算有限，進(jìn)行測序的商業(yè)實(shí)驗(yàn)室每個(gè)人的覆蓋率非常低。

已經(jīng)冒險(xiǎn)進(jìn)入?yún)擦?，研究人員通過開發(fā)組裝基因組的新方法接受了這一新挑戰(zhàn)。首先，研究人員推斷，由于該物種已經(jīng)隔離存在了數(shù)千萬年，它是非常近交的，并且具有非常純合的基因組。這導(dǎo)致了潛在的解決方法，因?yàn)榭梢詤R集五組收集的基因組數(shù)據(jù)以增加覆蓋率。盡管存在初步的疑慮，但這比預(yù)期更好，特別是當(dāng)該策略與字符串圖方法相結(jié)合而不是更標(biāo)準(zhǔn)的de Brujn圖形組裝方法時(shí)。字符串圖包含比de Brujn圖更多的測序數(shù)據(jù)?；诖颂幍慕Y(jié)果，這種新技術(shù)為基因組提供了低預(yù)算的替代方案裝配，特別是在瀕危物種的高度純合的基因組中。

該論文的第一作者Kirill Grigorev說：“對(duì)我而言，這項(xiàng)研究中最有趣的部分可能是提供適合比較基因組學(xué)的從頭基因組裝配的挑戰(zhàn)，使用的測序數(shù)據(jù)量遠(yuǎn)小于在其他類似的項(xiàng)目中。“

在進(jìn)行組裝后，研究人員獲得了足夠質(zhì)量的數(shù)據(jù)，以回答有關(guān)電磁閥演變的許多科學(xué)問題。關(guān)于保護(hù)計(jì)劃，該數(shù)據(jù)??支持了至少30萬年前在Hispaniolan電磁閥內(nèi)存在亞種分裂的觀點(diǎn)，這意味著北部和南部種群應(yīng)被視為兩個(gè)獨(dú)立的保護(hù)單元，因此可能需要獨(dú)立的育種策略。

這些數(shù)據(jù)還揭示了該分支的最初物種形成事件，并表明電磁閥可能與7360萬年前其他現(xiàn)存的哺乳動(dòng)物不同。奧萊克西克博士說：“我們已經(jīng)確認(rèn)了電磁閥的早期物種形成日期，因?yàn)樵诩永毡刃⌒行鞘艿叫⌒行亲矒糁箅姶砰y是否確實(shí)在恐龍死亡中存活下來，正在進(jìn)行辯論。”