中文字幕在线天|亚洲一区二区三区手机版|少妇中文字幕乱码亚洲影视|最好看的久久综合伊人



      

      
  

      

      
	
	

      

      



      

	
      

      
	
      
  	       
      
       中國(guó)基因網(wǎng)您的位置：首頁 >企業(yè)新聞 >        
      
  
      
		
      
			
      新工具可實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞的大規(guī)模分析
      
			
      
				2019-04-17 10:07:58
				?
			  來源：
			
      
		
      
				
		
      
			
      Holger Heyn在基因組調(diào)控中心(CNAG-CRG)的國(guó)家基因組中心領(lǐng)導(dǎo)的新研究提出了一種復(fù)雜的計(jì)算框架，用于分析單細(xì)胞基因表達(dá)水平，可擴(kuò)展以處理數(shù)百萬個(gè)細(xì)胞。這項(xiàng)研究發(fā)表在最新一期的科學(xué)期刊“基因組研究”上，報(bào)道了第一個(gè)能夠分析這種大型單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)集的工具。這極大地?cái)U(kuò)展了單細(xì)胞基因組研究的極限。
      

      新工具可實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞的大規(guī)模分析
      

      單個(gè)生物體的所有細(xì)胞共享相同的基因組，但每個(gè)細(xì)胞都有可能通過基因表達(dá)分化成任何組織或器官。世界各地的科學(xué)家正在研究一個(gè)細(xì)胞與另一個(gè)細(xì)胞的區(qū)別?；蚪M研究目前面臨的挑戰(zhàn)之一是分析許多單個(gè)細(xì)胞，以便找到并識(shí)別這些差異。通過一次觀察一個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)，科學(xué)家現(xiàn)在能夠以前所未有的分辨率描述樣本的異質(zhì)性，而無需事先了解其組成。
      

      因此，大規(guī)模的單細(xì)胞項(xiàng)目導(dǎo)致了以前未知的細(xì)胞類型的鑒定以及生物體的綜合細(xì)胞圖譜的繪制。在Human Cell Atlas項(xiàng)目的框架內(nèi)，研究人員致力于創(chuàng)建構(gòu)成人體的所有細(xì)胞類型的圖譜。然而，此類研究創(chuàng)建了大量的測(cè)序數(shù)據(jù)，分析大型數(shù)據(jù)集是一項(xiàng)重大挑戰(zhàn)。
      

      CNAG-CRG的一組科學(xué)家與Pompeu Fabra大學(xué)(UPF)和西班牙稀有疾病生物醫(yī)學(xué)研究聯(lián)合會(huì)(CIBERER)的研究人員合作，現(xiàn)已開發(fā)出一種高效的計(jì)算框架，可以對(duì)此進(jìn)行處理，分析和解釋。大規(guī)模單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)。該小組通過分析包含發(fā)育中的小鼠大腦的130萬個(gè)細(xì)胞的最大單細(xì)胞研究之一來說明其戰(zhàn)略的力量。
      

      “BigSCale在鑒定細(xì)胞類型特異性基因方面非常強(qiáng)大，這極大地有助于下游對(duì)實(shí)驗(yàn)的解釋，”CNAG-CRG團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)人兼該研究的高級(jí)作者Holger Heyn說。分析工具BigSCale的新穎之處在于一個(gè)敏感地確定單個(gè)細(xì)胞之間差異的數(shù)值模型。繪制了各個(gè)細(xì)胞彼此之間的差異，可以將它們組合在一起形成細(xì)胞群，以描述給定組織的細(xì)胞復(fù)雜性。由于幾乎所有組織都由不同的細(xì)胞類型和亞型組成，這種分析可以在沒有初始假設(shè)的情況下指導(dǎo)無偏見，深入的表征。
      

      此外，該工具旨在解決大型數(shù)據(jù)集的未來挑戰(zhàn)。“導(dǎo)致單細(xì)胞譜的成本正在下降，我們正在研究增加細(xì)胞數(shù)量的研究，”Heyn博士補(bǔ)充說。在這方面，BigSCale工作流程中的模塊可以通過定向卷積策略分析數(shù)百萬個(gè)細(xì)胞。在這里，來自相似細(xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組合并到索引細(xì)胞中，這大大減少了要處理的數(shù)據(jù)量。
      

      通過手中的新工具，該小組分析了130萬個(gè)細(xì)胞的數(shù)據(jù)集，這是一種可從10x Genomics公開獲得的資源。“BigSCale讓我們深入研究了小鼠大腦的發(fā)育過程，并對(duì)甚至罕見的神經(jīng)細(xì)胞類型進(jìn)行了表征，”該作品的第一作者Giovanni Iacono說。具體而言，大量細(xì)胞使該組能夠放大Cajal-Retzius細(xì)胞的小的瞬時(shí)細(xì)胞群并描述與不同分化階段，空間組織和細(xì)胞功能相關(guān)的主要子結(jié)構(gòu)。“BigSCale框架為幾乎所有物種提供了強(qiáng)大的解決方案，甚至可以在RNA測(cè)序環(huán)境之外應(yīng)用，”Heyn博士解釋說。“我們希望它有助于解釋大規(guī)模研究，例如Human Cell Atlas項(xiàng)目。”
      
			

			
        
      
			
      
            鄭重聲明：本文版權(quán)歸原作者所有，轉(zhuǎn)載文章僅為傳播更多信息之目的，如有侵權(quán)行為，請(qǐng)第一時(shí)間聯(lián)系我們修改或刪除，多謝。
			
      
			
			
      
        
      推薦內(nèi)容