我的東西的一個小地方細菌可以生長多大取決于他們可以制造多少脂肪
喬治·卡林(George Carlin)在他的經(jīng)典喜劇節(jié)目“為你的東西放置一個地方”中辯稱,生活的重點是為你擁有的東西找到一個合適大小的空間。對于人來說,對細菌也是如此。
正如人們無休止地計算如何增大或減小尺寸一樣,細菌會不斷調(diào)整其體積(它們的東西)以適應它們的膜(它們的空間)。他們?nèi)绾巫龅竭@一點并不明顯:佩特拉萊文在圣路易斯華盛頓大學的實驗室花了數(shù)年時間試圖解決這個問題。
該實驗室已經(jīng)取得了相當大的進展,但仍然無法完全解釋為什么有些細胞增長到其他細胞的兩到三倍。因此,他們嘗試了一種新方法,研究生物合成而非細胞周期控制(分裂和生長的協(xié)調(diào)),這一直是細胞大小領域的焦點。
6月19日在線生物學在線發(fā)表了一篇非常簡單的啟示。脂肪(脂質(zhì))限制細菌細胞的大小。“如果你防止細胞產(chǎn)生脂肪,它們就會變小,如果你給它們多余的脂肪或讓它們產(chǎn)生更多的脂肪,它們就會變大,”藝術(shù)與科學生物學教授萊文說。“脂肪讓細胞發(fā)胖。”
“當你考慮脂質(zhì)的作用時,這是有道理的,”萊文實驗室的博士后研究員斯蒂芬·瓦迪亞說道,他是該報的主要作者。“定義細胞內(nèi)外之間界限的膜幾乎全部都是脂肪。所以脂肪合成會限制細胞大小并不奇怪。
“我想,'好吧,這看起來很明顯,現(xiàn)在我看到了我面前的數(shù)據(jù),'”他補充道,笑著說道。
偽造細胞
科學家多年來一直在啃這種特殊的骨頭。瓦迪亞說,基本問題可以追溯到20世紀50年代所做的研究??茖W家在20多種不同培養(yǎng)基中培養(yǎng)了鼠傷寒沙門氏菌,其營養(yǎng)成分各不相同。在營養(yǎng)不良的培養(yǎng)基中,細胞生長緩慢而且很小;在營養(yǎng)豐富的培養(yǎng)基中,它們生長得更快,更大。
“這是我們試圖理解的基本觀察,”瓦迪亞說。“為什么快速生長的細胞在營養(yǎng)不良的環(huán)境中比緩慢生長的細胞大得多?”
他說,營養(yǎng)不良培養(yǎng)基中的細胞大約是營養(yǎng)豐富培養(yǎng)基中脂肪細胞大小的三分之一到三分之一。Levin實驗室之前的工作已經(jīng)能夠占到這個尺寸差異的20%,但仍然無法理解造成80%額外收縮的原因。
“最終,細胞對營養(yǎng)素的作用是將它們分開并用它們作為構(gòu)建塊來合成新分子,”Vadia說。“因此,我們想知道生物合成能力是否與尺寸差異有關(guān)。如果生物合成背后,生物合成能力一般嗎?或者特殊的生物合成途徑對細胞大小很重要?”
為了找到答案,他們將抗生素添加到大腸桿菌和枯草芽孢桿菌培養(yǎng)物中,這些培養(yǎng)物分別抑制了三種主要的生物合成途徑。抑制RNA合成或蛋白質(zhì)合成對細胞大小的影響可忽略不計。“如果我們用抗生素靶向脂肪酸合成細胞,我們確實看到細胞大小明顯下降,”Vadia說。
接下來,他們嘗試通過調(diào)高FadR來推動另一個方向,F(xiàn)adR是一種激活脂肪酸合成基因表達的轉(zhuǎn)錄因子。當他們使用抗生素拒絕脂肪酸合成時,細胞變小。但當它們過量生產(chǎn)FadR以增加脂肪酸合成時,細胞變大了。
“這似乎并不重要,脂肪是什么,真的,”萊文說,“只要你有足夠的脂肪。我們發(fā)現(xiàn)我們可以給細胞油酸,一種在鱷梨和橄欖油中發(fā)現(xiàn)的脂肪,以補充脂肪減少 - 酸合成,只要添加的脂肪酸進入膜,細胞就能恢復。“
她表示,與許多細胞過程不同,這一過程似乎并未受到精心設計的蛋白質(zhì)信號網(wǎng)絡的調(diào)控。膜實際上只是一個袋子,袋子的大小決定了細胞的生長程度。
“我很驚訝脂質(zhì)在蛋白質(zhì)上占據(jù)主導地位,因為它們被忽略了,”她說。
“人們不會考慮脂質(zhì),”瓦迪亞說。“它可能追溯到生物學的核心教條,我們都被教導:DNA使RNA產(chǎn)生蛋白質(zhì),而蛋白質(zhì)則可以做任何事情。脂質(zhì)被認為是一種副作用。”
提高警報
但是科學家還沒有完成。“我們知道不能制造稱為鳥苷四磷酸(ppGpp)的信號分子的突變體對抑制脂質(zhì)合成的物質(zhì)非常敏感,但沒有人真正理解為什么,”萊文說。
接下來,實驗室進行了實驗,以追蹤ppGpp在細胞大小中的作用。Vadia說,這種分子是一種警報信號。如果大腸桿菌遇到可怕的生存條件,它就開始合成ppGpp,這會關(guān)閉DNA合成,蛋白質(zhì)合成,脂肪酸合成和核糖體生成,使細胞處于準休眠狀態(tài)(這被稱為“嚴格的反應”) )。
在營養(yǎng)豐富的條件下,ppGpp水平極低,但隨著細菌細胞開始饑餓,它們開始上升。
為了弄清楚更多,Vadia暴露了一種大腸桿菌突變體,它不能使ppGpp成為阻斷脂肪酸合成的抗生素。能夠制作更多的東西,但無法制作更大的袋子,細胞開始裂解,在接縫處破裂。
“這就像不可思議的綠巨人,”萊文說。“ppGpp的上升水平告訴細胞,'好吧,我們沒有制造足夠的脂質(zhì);你必須拒絕你正在制造的其他東西,否則我們會穿透衣服。'”
同樣,科學家也試圖以另一種方式推動事物。他們生長的細胞過量產(chǎn)生了ppGpp合成酶和FadR。所以這些細胞具有高ppGpp,即使在營養(yǎng)豐富的條件下,通常會使它們變小,但它們也具有高FadR,這使它們能夠利用可利用的營養(yǎng)素來增加脂質(zhì)合成。
如果有足夠的脂質(zhì)來生長更大的袋子,這些細胞就會膨脹。
“所以脂質(zhì)確實決定了其他一切的大小,”萊文說。“有一條信號通道說,'好吧,我們對于我們的婊子來說太大了,我們必須關(guān)閉,停止進食這么多,停止做這么多。'
“對于真核生物Saccharomyces cerevisiae(酵母)以及大腸桿菌和枯草芽孢桿菌來說,情況確實如此,”她說。“這可能是真的 - 如果它不是跨越所有生物體,我會感到震驚:脂質(zhì)限制了單個細胞的大小。”
萊文繼續(xù)說:“這些實驗是我們做過的最有趣的事情。許多不明確的想法突然成為焦點,這是每個研究科學家所希望的。”
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