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      研究人員組裝了歐亞鱸魚(yú)基因組
      
			
      
				2019-03-11 10:37:38
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      在最近發(fā)表在科學(xué)雜志G3：Genes，Genomes，Genetics上的一項(xiàng)研究中，愛(ài)沙尼亞生命科學(xué)大學(xué)的研究人員與圖爾庫(kù)大學(xué)的同事合作，組裝了歐亞鱸魚(yú)基因組。它比人類(lèi)基因組小三倍，但含有約10億個(gè)核苷酸和超過(guò)23,000個(gè)基因。被調(diào)查的鱸魚(yú)起源于Rapla縣沼澤中部Loosalu湖的黑暗水域。研究結(jié)果使世界各地的科學(xué)家能夠更好地了解自然選擇的效果。
      

      研究人員組裝了歐亞鱸魚(yú)基因組
      

      歐亞鱸魚(yú)是一種很常見(jiàn)的魚(yú)類(lèi)物種在愛(ài)沙尼亞和歐亞大陸。它的棲息地從不列顛群島到俄羅斯遠(yuǎn)東地區(qū)。該物種可以在極端環(huán)境條件下生存并成功繁殖。因此，棲息地存在于貧營(yíng)養(yǎng)的清水湖泊，波羅的海的咸淡水和酸性黑水沼澤湖泊中，其他魚(yú)類(lèi)無(wú)法生存。然而，尚不知道什么遺傳機(jī)制有助于棲息地適應(yīng)這種不同的生活條件。
      

      鱸魚(yú)是水體食物鏈中的重要環(huán)節(jié)。此外，條紋魚(yú)對(duì)湖泊的甲烷循環(huán)產(chǎn)生巨大影響，通過(guò)改變食物鏈將湖泊的甲烷排放量減少近十倍。由于甲烷是比二氧化碳更有效的溫室氣體，因此鱸魚(yú)在減少全球變暖方面起著重要作用。“這就是為什么理解沼澤湖中鱸魚(yú)的適應(yīng)機(jī)制尤為重要的原因，那里的氧氣含量很低(富含腐殖質(zhì))，甲烷排放量最高，而鱸魚(yú)通常是唯一的魚(yú)類(lèi)，”魚(yú)類(lèi)學(xué)家說(shuō)。 AntiVasemägi，瑞典農(nóng)業(yè)科學(xué)大學(xué)教授，愛(ài)沙尼亞生命科學(xué)大學(xué)高級(jí)研究員，領(lǐng)導(dǎo)該研究。
      

      根據(jù)Vasemägi的說(shuō)法，組裝的基因組是一個(gè)重要的里程碑。“與先前研究的魚(yú)類(lèi)相比，基因組具有很高的價(jià)值，因?yàn)槲覀兪褂昧嘶陂L(zhǎng)DNA分子標(biāo)記的創(chuàng)新方法，并確定了短序列的序列，”Vasemägi說(shuō)。
      

      該科學(xué)家說(shuō)，應(yīng)用的方法允許快速，相對(duì)便宜和精確地對(duì)大型基因組進(jìn)行測(cè)序，在此期間將基因組匹配的極其困難的任務(wù)分成數(shù)百萬(wàn)個(gè)較小的謎題。因此，最終有可能進(jìn)行涵蓋不同魚(yú)類(lèi)全基因組的研究。Vasemägi補(bǔ)充說(shuō)，掌握基因組大小的最簡(jiǎn)單方法是將其測(cè)量結(jié)果轉(zhuǎn)化為人類(lèi)。“如果你想象一個(gè)堿基對(duì)的長(zhǎng)度是一毫米，那么鱸魚(yú)基因組可以從塔爾圖到達(dá)柏林，”他說(shuō)，并補(bǔ)充說(shuō)該研究小組的下一個(gè)任務(wù)是繪制基因組區(qū)域或路線上的公里帖子。塔爾圖到柏林，含有自然選擇的痕跡。
      

      更重要的是，棲息地是一種重要的商業(yè)開(kāi)發(fā)魚(yú)類(lèi)，也是休閑漁民中非常受歡迎的目標(biāo)。它在歐洲的許多地方廣泛種植。“對(duì)鱸魚(yú)基因組進(jìn)行測(cè)序使科學(xué)家能夠繪制影響魚(yú)類(lèi)生長(zhǎng)速度，達(dá)到性成熟的時(shí)間，抗病能力和其他重要水產(chǎn)養(yǎng)殖特征的基因組區(qū)域，”水產(chǎn)養(yǎng)殖主席Riho Gross教授說(shuō)。愛(ài)沙尼亞生命科學(xué)大學(xué)。“對(duì)鱸魚(yú)基因組進(jìn)行測(cè)序?qū)⒑?jiǎn)化北美的類(lèi)似研究，其中我們的棲息地的近親，黃鱸(拉丁名Perca flavescens)很普遍。棲息于溫帶歐亞大陸最成功和最普遍的魚(yú)類(lèi)之一，“Vasemägi總結(jié)道。
      
			

			
        
      
			
      
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