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      宏基因組分析軟件揭示了超級(jí)細(xì)菌出現(xiàn)的新原因
      
			
      
				2019-05-17 10:46:37
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			  來(lái)源：
			
      
		
      
				
		
      
			
      來(lái)自ITMO大學(xué)和物理和化學(xué)醫(yī)學(xué)中心的研究人員開(kāi)發(fā)了一種能夠跟蹤腸道微生物群DNA中抗生素抗性基因擴(kuò)散的算法，并揭示了細(xì)菌物種間抗性基因轉(zhuǎn)移的其他證據(jù)。該方法不僅可以促進(jìn)有效治療方案的發(fā)展，還可以抑制超級(jí)細(xì)菌的傳播。研究結(jié)果發(fā)表在Bioinformatics上。
      

      宏基因組分析軟件揭示了超級(jí)細(xì)菌出現(xiàn)的新原因
      

      近年來(lái)，抗生素耐藥性的傳播已成為全球醫(yī)療保健問(wèn)題。由于在醫(yī)學(xué)和農(nóng)業(yè)中使用過(guò)量抗生素，腸道微生物群在其DNA或宏基因組中積累了抗生素抗性基因。一方面，這些基因有助于正常的菌群生存。然而，最近的研究表明，腸道微生物群能夠與病原體共享抗性基因，從而使它們對(duì)可用的療法具有抗性。從這個(gè)角度來(lái)看，研究抗性基因的傳播尤為重要。
      

      來(lái)自ITMO大學(xué)的物理和化學(xué)醫(yī)學(xué)研究中心的同事開(kāi)發(fā)了一種名為MetaCherchant的算法，可以探索抗藥性基因環(huán)境，并了解它如何根據(jù)細(xì)菌種類而變化。“我們創(chuàng)造了一種工具，使科學(xué)家能夠仔細(xì)研究?jī)蓚€(gè)或多個(gè)微生物群樣本中基因環(huán)境之間的差異。我們可以分析從不同的人或同一個(gè)人在不同時(shí)間收集的微生物群樣本，例如，之前和經(jīng)過(guò)抗生素治療后，“ITMO大學(xué)計(jì)算機(jī)技術(shù)系副教授Vladimir Ulyantsev說(shuō)。“根據(jù)獲得的數(shù)據(jù)，我們可以建議特定抗性基因如何從一種微生物物種傳播到另一種微生物物種。”
      

      對(duì)抗生素抗性基因環(huán)境的研究對(duì)于設(shè)計(jì)有效的抗微生物治療方案是主要的。“使用MetaCherchant，我們可以分析微生物群如何促成對(duì)特定抗生素類別的抗性傳播。展望未來(lái)，有可能預(yù)測(cè)病原體最有可能傳播抗性的抗生素。另一方面，我們也可以找到反過(guò)來(lái)，這將有助于我們調(diào)整和調(diào)整特定療法。這是未來(lái)幾年的問(wèn)題，“物理和化學(xué)醫(yī)學(xué)中心的第一作者和研究員Evgenii Olekhnovich說(shuō)。
      

      該算法的潛在應(yīng)用不限于腸道微生物群基因分析，因?yàn)樵摮绦蜻€可用于研究來(lái)自土壤，水或污水的基因組樣品。“我們可以評(píng)估單個(gè)細(xì)菌群落中的抗性傳播，例如腸道微生物群，以及不同群落之間的傳播。這使我們能夠識(shí)別通過(guò)環(huán)境傳播的抗生素抗性的全球途徑，”Evgenii Olekhnovich說(shuō)。“阻力問(wèn)題很復(fù)雜，需要采用復(fù)雜的方法，我們的工具才能真正發(fā)揮作用。”
      
			

			
        
      
			
      
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