新的綜合分析方法揭示了與疾病有關的分子
技術進步使科學家們能夠獲得大量關于細胞和組織中不同信息攜帶分子的數(shù)據(jù),如DNA,蛋白質(zhì)和各種形式的RNA。然而,迄今為止,很難對這些信息進行綜合分析,以進一步了解與特定疾病發(fā)展有關的分子和過程。
來自大阪大學領導的合作研究人員為我們理解細胞和組織成分之間的復雜關系做出了重大貢獻。他們建立了一種名為MIGWAS的新分析方法,該方法整合了來自兩個不同來源的信息。其中之一是遺傳變異與疾病和其他特征之間的關聯(lián),而另一個是關于稱為miRNA的小調(diào)節(jié)分子與它們靶向的基因之間形成的網(wǎng)絡的數(shù)據(jù)。該團隊表明,這種計算機篩選方法提供了改進的能力,以揭示與疾病和其他特征相關的新細胞成分,特定于組織。
通過積累關于miRNA在各種生理功能和疾病中的重要性的發(fā)現(xiàn),促使以這種方式使用miRNA數(shù)據(jù)。miRNA是DNA的小產(chǎn)物,它們本身不編碼蛋白質(zhì),而是與mRNA結合以調(diào)節(jié)基因表達。在這項最新研究中,研究人員利用先前獲得的數(shù)據(jù)來研究不同細胞中約1,800種miRNA的表達。他們一方面尋找這些miRNA與它們靶向的基因之間的重疊,另一方面通過直接關注遺傳密碼的研究將其他基因鑒定為與疾病和其他特征相關聯(lián)的基因。
“很難獲得有關miRNA影響的令人信服的數(shù)據(jù),因為它們的短長度意味著它們僅由基因組的很小一部分編碼,”主要作者Saori Sakaue說。“我們的MIGWAS方法將全基因組關聯(lián)研究和miRNA靶向網(wǎng)絡的研究結果聯(lián)系起來,有助于克服這一問題。它成功地獲得了miRNA /靶基因富集的重要結果,例如不同種族的身高和2型糖尿病等特征。”
該團隊試圖通過關注疾病類風濕性關節(jié)炎(RA)來驗證這種方法,使用來自近20,000個RA病例和超過60,000個相應對照的單核苷酸多態(tài)性的數(shù)據(jù)。這揭示了與RA相關的四種miRNA,這些miRNA也由MIGWAS管道鑒定,其中一種在RA患者中顯著高表達。
“我們方法的分析能力顯示了以組織特異性方式發(fā)現(xiàn)新的miRNA網(wǎng)絡及其與特征和疾病相關的靶基因的潛力,”相應的作者Yukinori Okada說。“這應該可以更容易地找到我們可以專注于制定各種疾病治療策略的新目標。”
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