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      來(lái)自千種植物轉(zhuǎn)錄組的數(shù)百萬(wàn)個(gè)基因座
      
			
      
				2019-01-11 10:44:34
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			  來(lái)源：
			
      
		
      
				
		
      
			
      科學(xué)家在開(kāi)始新項(xiàng)目時(shí)面臨許多限制。通常最大的限制是預(yù)算很少。這就是為什么由佛羅里達(dá)大學(xué)的研究人員帶領(lǐng)的科學(xué)家團(tuán)隊(duì)最近致力于使基因研究的一個(gè)方面更便宜，更容易。在最近一期“ 植物科學(xué)應(yīng)用”中發(fā)表的兩篇配套論文中，他們?yōu)槭褂梦⑿l(wèi)星的研究項(xiàng)目和500多萬(wàn)個(gè)微衛(wèi)星資源提供了指導(dǎo)，用于各種植物物種。
      

      來(lái)自千種植物轉(zhuǎn)錄組的數(shù)百萬(wàn)個(gè)基因座
      

      微衛(wèi)星是在植物基因組分析中發(fā)揮越來(lái)越重要作用的遺傳標(biāo)記。植物育種者可以在進(jìn)行雜交時(shí)使用它們來(lái)測(cè)試所需基因的存在。遺傳學(xué)家可以利用它們揭示個(gè)體和群體之間的關(guān)系。分子生物學(xué)家可以用它們來(lái)構(gòu)建基因組圖譜。微衛(wèi)星已經(jīng)普及，因?yàn)樗鼈兛梢酝ㄟ^(guò)PCR容易地檢測(cè)到，并且在整個(gè)基因組中豐富且廣泛分布。
      

      “遺傳標(biāo)記是量化生物多樣性的絕佳工具。我們?nèi)匀恢辉诘厍蛏厦艘恍〔糠治锓N(更不用說(shuō)詳細(xì)研究它們了)，還有很多工作要做，以了解生命的多樣性。我們的星球，“佛羅里達(dá)大學(xué)生物系博士生Richard Hodel解釋說(shuō)。
      

      研究人員利用One Thousand Plant Transcriptomes項(xiàng)目的序列數(shù)據(jù)確定了微衛(wèi)星。該項(xiàng)目縮寫(xiě)為1KP，極大地促進(jìn)了研究界可用的植物基因組數(shù)量。在線數(shù)據(jù)庫(kù)目前包含來(lái)自綠色植物物種的1334個(gè)轉(zhuǎn)錄組樣品。
      

      “我們覺(jué)得有一個(gè)巨大的資源只是坐在那里 - 1KP項(xiàng)目 - 可以用來(lái)幫助植物研究人員社區(qū)，”Hodel解釋說(shuō)。
      

      本文還描述了可用的遺傳數(shù)據(jù)，如1KP項(xiàng)目和其他序列檔案提供的遺傳數(shù)據(jù)，可用于超出其原始意圖的目的，如標(biāo)記開(kāi)發(fā)。
      

      “通常，啟動(dòng)項(xiàng)目的最初障礙是確保開(kāi)發(fā)遺傳標(biāo)記的資金，如果沒(méi)有可用于感興趣的研究系統(tǒng)。我們的微衛(wèi)星資源將允許研究人員搜索可用于多種物種的基因座，自由。”
      

      在配套文件中，Hodel和他的同事將微衛(wèi)星的實(shí)用性與下一代測(cè)序技術(shù)和新興技術(shù)(如測(cè)序基因分型(GBS)和限制性位點(diǎn)相關(guān)的DNA測(cè)序(RAD-Seq))進(jìn)行了比較。他們發(fā)現(xiàn)微衛(wèi)星對(duì)于低預(yù)算的研究項(xiàng)目以及具有低質(zhì)量DNA樣本的研究人員來(lái)說(shuō)更具成本效益。該評(píng)價(jià)表明微衛(wèi)星比新方法更便宜，特別是如果已經(jīng)開(kāi)發(fā)了基因座。該論文在附錄中包含預(yù)算，以便了解某項(xiàng)研究可能花費(fèi)多少。
      

      “我們?yōu)槭褂眠z傳標(biāo)記開(kāi)始研究項(xiàng)目的任何人寫(xiě)了這篇文章。我想我在開(kāi)始攻讀博士學(xué)位時(shí)總是考慮自己并且不得不設(shè)計(jì)一個(gè)項(xiàng)目。我試著記住當(dāng)我讀書(shū)時(shí)我想聽(tīng)到什么建議。開(kāi)始學(xué)位論文項(xiàng)目。我們不僅在編寫(xiě)本指南時(shí)考慮學(xué)生 - 目標(biāo)是為人們提供實(shí)際指導(dǎo)并讓他們考慮所有選擇，“Hodel說(shuō)。
      
			

			
        
      
			
      
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