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      關(guān)注密切相關(guān)物種的差異
      
			
      
				2018-12-27 12:04:33
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      有數(shù)百萬種真菌物種，在曲霉屬中發(fā)現(xiàn)的幾百種真菌物種在從工業(yè)生產(chǎn)到農(nóng)業(yè)植物病原體的各個(gè)領(lǐng)域中發(fā)揮著重要作用。2018年10月22日，由丹麥技術(shù)大學(xué)，美國(guó)能源部(DOE)聯(lián)合基因組研究所(JGI)，美國(guó)能源部科學(xué)用戶設(shè)施辦公室和聯(lián)合生物能源研究所的科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)的自然遺傳學(xué)組報(bào)告。美國(guó)能源部生物能源研究中心(JBEI)提出了曲霉菌真菌亞群的第一個(gè)大型分析，即Nigri部分。
      

      關(guān)注密切相關(guān)物種的差異
      

      “ 曲霉菌是一個(gè)非常重要的屬，不僅適用于生物技術(shù)，還適用于農(nóng)業(yè)，人類健康，酶生產(chǎn)和食品發(fā)酵中的所有角色，”該研究的共同作者，環(huán)境分子科學(xué)實(shí)驗(yàn)室科學(xué)領(lǐng)域負(fù)責(zé)人Scott Baker說。 ，太平洋西北國(guó)家實(shí)驗(yàn)室的國(guó)家用戶設(shè)施和JBEI的真菌生物技術(shù)組的成員。“就其對(duì)我們重要事物的影響而言，它是真菌屬的瑞士軍刀。”
      

      該結(jié)果是對(duì)300多種曲霉菌真菌的基因組進(jìn)行測(cè)序，注釋和分析的長(zhǎng)期項(xiàng)目的一部分。Nigri部分內(nèi)的六個(gè)真菌基因組已經(jīng)在之前進(jìn)行了測(cè)序; JGI對(duì)亞組內(nèi)的23個(gè)額外的真菌基因組進(jìn)行了測(cè)序和注釋。這些包括20種物種的基因組和相同物種的多種分離物黑曲霉(Aspergillus niger)。由此產(chǎn)生的綱要允許研究人員在Nigri部分內(nèi)進(jìn)行種內(nèi)比較，以及將亞組內(nèi)的真菌基因組與曲霉屬內(nèi)的其他基因組進(jìn)行比較。
      

      研究物種多樣化
      

      “在分類部分內(nèi)和之間的比較使我們能夠?yàn)樵摬糠纸⑦z傳譜，這可以與該部分物種的表型(已知特征)相關(guān)聯(lián)，”丹麥技術(shù)大學(xué)的研究高級(jí)作者M(jìn)ikael Andersen說。 。“這在許多方面非常有用; 例如，鑒定新的獨(dú)特酶或?qū)⒂腥さ纳锘钚曰衔锱c生物合成基因連接起來。這為新的可持續(xù)細(xì)胞工廠鋪平了道路。“
      

      Baker補(bǔ)充說，亞組內(nèi)的種內(nèi)比較為研究人員提供了研究物種多樣化和深入研究真菌進(jìn)化的機(jī)會(huì)。“這使我們能夠洞察這些真正密切相關(guān)的物種之間的差異，”他說。“當(dāng)我們?cè)O(shè)計(jì)有機(jī)體時(shí)，我們正在進(jìn)行改變。那么我們可以從自然進(jìn)化過程中獲得什么見解，以幫助我們更好地設(shè)計(jì)可以為我們做好事的菌株?“
      

      在選擇關(guān)注Nigri部分時(shí)，研究人員認(rèn)識(shí)到該亞組內(nèi)真菌的無數(shù)工業(yè)應(yīng)用。它們作為260種工業(yè)酶中的49種的生產(chǎn)有機(jī)體，也是酶和次級(jí)代謝產(chǎn)物的非常有效的生產(chǎn)者。JGI真菌項(xiàng)目負(fù)責(zé)人Igor Grigoriev說，對(duì)曲霉屬內(nèi)基因組進(jìn)行測(cè)序的目的之一是增加碳水化合物活性酶(CAzymes)的目錄，這些酶可以降解植物細(xì)胞壁，因此可用于DOE開發(fā)工業(yè)的任務(wù)使用候選生物能源原料作物生產(chǎn)可持續(xù)替代燃料的過程。
      

      該團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)了數(shù)以千計(jì)的新基因。對(duì)于Nigri部分獨(dú)有的所有基因組，他們鑒定了與次級(jí)代謝，基因調(diào)控或蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)等功能相關(guān)的物種特異性基因簇。此外，雖然存在用于次級(jí)代謝物生物合成的共有基因簇，但是所有的曲霉屬部分Nigri真菌都具有其自身獨(dú)特的次級(jí)代謝基因組。
      

      Andersen指出，隨著該團(tuán)隊(duì)繼續(xù)對(duì)曲霉屬內(nèi)的更多基因組進(jìn)行測(cè)序和注釋，他們的目標(biāo)是報(bào)告更多部分。“還有很多有趣的發(fā)現(xiàn)在路上; 多樣性是巨大的，每個(gè)物種的生物能源，生物技術(shù)和生物治療的潛力都是驚人的。“
      
			

			
        
      
			
      
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