植物病理學家發(fā)現(xiàn)常見細菌的異常進化過渡
在幼兒園里,這是“杰基爾博士和海德先生的奇怪案例”。在土壤中,植物相關(guān)的細菌屬(Rhodococcus)中大多數(shù)是良性物種,但少數(shù)物種可能是致病的。俄勒岡州立大學的一組研究人員使用基因組測序來鑒定紅球菌的種類,這種紅球菌在前一種情況下在一些植物中有益和致病 - 刺激生長之間轉(zhuǎn)變,同時使后者的組織變形。該研究結(jié)果發(fā)表在eLife期刊上。
俄勒岡州立大學農(nóng)業(yè)科學學院的微生物基因組學家,該研究的負責人Jeff Chang說,紅球菌在成為“好”和“壞”細菌之間轉(zhuǎn)變的關(guān)鍵是由稱為質(zhì)粒的DNA分子實現(xiàn)的。甲質(zhì)粒是從細菌的染色體分開維護的DNA分子。
“過渡發(fā)生的難易程度相當不尋常,對托兒所來說是一項艱巨的挑戰(zhàn),”他說。“受益株的紅球菌可能被誤解為疾病癥狀的植物的事業(yè)成長。我們追蹤如何有益和致病會員紅球菌從工廠轉(zhuǎn)移到種植和苗圃幼兒園?,F(xiàn)在,我們可以通知苗圃行業(yè)實施實踐限制它的傳播。“
Rhodococcus主要感染草本多年生植物,包括Shasta雛菊,speedwell和chrysanthemum。通常被感染的木質(zhì)宿主較少,但它們包括蝴蝶叢和假繡線菊。
Chang說,質(zhì)粒運動的進化過渡有可能在苗圃和其他環(huán)境中產(chǎn)生新的病原性紅球菌。
研究結(jié)果可能對俄勒岡州9億美元的溫室和苗圃產(chǎn)業(yè)產(chǎn)生影響。變形的植物不美觀,病態(tài)的植物不能運出州外,因此唯一的選擇是破壞受感染的植物。
為了幫助托兒所,俄勒岡州立大學開發(fā)了分子工具,與市售的試劑盒配合使用,使用戶能夠快速有效地區(qū)分紅球菌的有益和致病菌株。俄勒岡州立大學已經(jīng)申請了由Skylar Fuller開發(fā)的分子工具專利,他今年春天在俄勒岡州立大學獲得了分子和細胞生物學碩士學位。
質(zhì)粒在Rhodococcus菌株之間移動的觀察結(jié)果由Chang's實驗室的博士后研究員Alexandra Weisberg制作。Weisberg使用基因組工具研究質(zhì)粒模式。
“這些質(zhì)??梢詮囊环N細菌轉(zhuǎn)移到另一種細菌,這使得追蹤疾病變得困難,”Weisberg說。“將質(zhì)粒與染色體分開追蹤是了解這些轉(zhuǎn)變?nèi)绾蜗嗷リP(guān)聯(lián)的關(guān)鍵。”
十多年來,俄勒岡州立大學植物診所的首席診斷專家Melodie Putnam一直在與俄勒岡州的托兒所合作,正確識別導致受感染植物異常生長缺陷的細菌。
“紅球菌的癥狀通常不容易識別,”普特南說。“在這項研究之前,我們不知道紅球菌在托兒所中的表現(xiàn)如何。我們不知道是否有一個常駐人群只是一直在重新感染,或者托兒所是從其他托兒所那里得到的。現(xiàn)在我們有一個更清晰的畫面不同的場景。“
2014年,Putnam與另一所大學的研究人員聯(lián)系,他們在開心果樹中發(fā)現(xiàn)了奇怪的癥狀。它們短而濃密,具有多汁的莖,并且不能正確移植。研究人員認為致病性紅球菌是罪魁禍首,但普特南只在100株或更多的有癥狀的植物樣本中發(fā)現(xiàn)了非病原性細菌菌株。
普特南和她的研究小組與Chang和他的小組一起工作,后者是Chang's實驗室的博士后研究員Elizabeth Fulory和富勒。兩組研究了一些與開心果相關(guān)的細菌,并在幾種植物上進行了測試。這些研究得出了類似的結(jié)論:從開心果培養(yǎng)的菌株似乎是非致病性的。
“這是我們的第一個跡象,表明他們從開心果中培養(yǎng)的這些菌株是我們在一般植物上發(fā)現(xiàn)的具有有益效果的菌株,”Savory說,他現(xiàn)在是俄勒岡州農(nóng)業(yè)部的植物健康經(jīng)理。“Rhodococcus的有益菌株可能會導致植物生長發(fā)生變化,可能被錯誤地解釋為疾病癥狀。”
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