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      全面比較量化單細(xì)胞RNA的方法
      
			
      
				2019-01-03 11:29:38
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      每個細(xì)胞都有自己獨(dú)立的分子指紋，可以為其功能和調(diào)節(jié)狀態(tài)提供信息。LMU研究人員現(xiàn)在對量化單細(xì)胞RNA的方法進(jìn)行了全面比較。細(xì)胞是所有生物體的基本單元。因此，為了理解必要的生物過程和引起疾病的擾動，首先必須剖析細(xì)胞的功能和調(diào)節(jié)它們的機(jī)制?，F(xiàn)代高通量蛋白質(zhì)和核酸測序技術(shù)已成為這項(xiàng)努力不可或缺的組成部分。特別地，單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)允許人們確定在給定細(xì)胞中表達(dá)的RNA分子水平 - 基因拷貝，并且近年來已經(jīng)描述了該方法的幾種形式。在給定細(xì)胞中表達(dá)的基因譜相當(dāng)于分子指紋，其產(chǎn)生其當(dāng)前功能狀態(tài)的詳細(xì)圖片。“出于這個原因，該技術(shù)已成為一種非常有價(jià)值的工具，分子細(xì)胞。
      

      全面比較量化單細(xì)胞RNA的方法
      

      scRNA-seq的目的是鑒定目標(biāo)細(xì)胞中存在的信使RNA(mRNA)分子的相對量。mRNA是指定細(xì)胞中產(chǎn)生的所有蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)的藍(lán)圖，并且代表在細(xì)胞核中的基因組DNA的特定區(qū)段中編碼的相應(yīng)遺傳信息的“轉(zhuǎn)錄”拷貝。在細(xì)胞核周圍的細(xì)胞質(zhì)中，mRNA的核苷酸序列被稱為核糖體的分子機(jī)器“翻譯”成蛋白質(zhì)的氨基酸序列。因此，細(xì)胞中mRNA的完整目錄提供了它產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的全面視圖，并告訴人們基因組中數(shù)千個基因的哪個子集是活躍的以及它們的活動是如何被調(diào)節(jié)的。此外，基因活動的異常模式指向基因表達(dá)和細(xì)胞功能的紊亂，并揭示特定病理的存在。scRNA-seq程序本身可以使用市售試劑盒進(jìn)行，但許多研究人員更喜歡自己組裝其優(yōu)選制劑所需的組分。
      

      為了確定目前使用哪種方法最有效和最經(jīng)濟(jì)，Enard和他的同事對小鼠胚胎干細(xì)胞應(yīng)用了六種不同的方法，并比較了每種方法檢測到的mRNA的光譜。然后，他們使用這些數(shù)據(jù)計(jì)算每種方法可靠地檢測兩種細(xì)胞類型之間不同表達(dá)基因的成本。“這種比較顯示，一些商業(yè)套裝的價(jià)格比相應(yīng)的自制版本貴十倍，”Enard說。然而，研究人員指出，最佳方法的選擇在很大程度上取決于個體實(shí)驗(yàn)的條件和要求。“無論是想要分析成千上萬個細(xì)胞中數(shù)百個基因的活動，還是數(shù)百個細(xì)胞中的數(shù)千個基因，它確實(shí)有所不同，
      

      新發(fā)現(xiàn)對基因組學(xué)領(lǐng)域特別感興趣。例如，scRNA-seq是組裝人類細(xì)胞圖譜的成功的基本先決條件 - 自人類基因組的初始測序以來，這是基因組學(xué)中最雄心勃勃的國際項(xiàng)目之一。它旨在根據(jù)基因活動的模式，提供從胚胎到成人的所有發(fā)育階段人體中所有細(xì)胞類型和亞型的完整清單。據(jù)估計(jì)，人體內(nèi)的細(xì)胞總數(shù)約為3.5×1013?？茖W(xué)家們預(yù)計(jì)，這樣的地圖集將徹底改變我們對人類生物學(xué)的認(rèn)識和對疾病過程的理解。
      
			

			
        
      
			
      
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