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      映射RNA-DNA相互作用的新工具可以幫助研究人員將基因序列轉(zhuǎn)化為功能
      
			
      
				2019-01-03 10:22:39
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      加州大學(xué)圣地亞哥分校的生物工程師開發(fā)了一種新工具來識別RNA和DNA分子之間的相互作用。這個名為MARGI(Mapping RNA Genome Interactions)的工具是第一種能夠提供與DNA片段相互作用的所有RNA分子的完整記錄的技術(shù)，以及所有這些相互作用的位置 - 只需一個實驗。RNA 分子可以附著到特定的DNA序列，以幫助控制這些特定基因在給定時間內(nèi)和給定細胞內(nèi)產(chǎn)生多少蛋白質(zhì)。通過了解哪些基因產(chǎn)生這些調(diào)節(jié)RNA，研究人員可以開始識別基因組中編碼的新功能和指令。
      

      映射RNA-DNA相互作用的新工具可以幫助研究人員將基因序列轉(zhuǎn)化為功能
      

      “大多數(shù)人類基因組序列現(xiàn)在已知，但我們?nèi)匀徊恢肋@些序列的大部分是什么意思，”加州大學(xué)圣地亞哥雅各布斯工程學(xué)院生物工程教授，該研究的主要作者盛忠說。“為了更好地理解基因組的功能，擁有與DNA相互作用的所有RNA分子的整個目錄以及它們與之相互作用的序列將是有用的。我們開發(fā)了一種可以為我們提供信息的工具。”
      

      鐘和他的團隊在2月出版的“ 當(dāng)代生物學(xué)”雜志上發(fā)表了他們的發(fā)現(xiàn)。
      

      研究RNA-DNA相互作用的現(xiàn)有方法僅能夠一次分析一個RNA分子，使得不可能分析涉及數(shù)百個RNA分子的整組RNA-DNA相互作用。
      

      “分析所有這些相互作用可能需要數(shù)年時間，”生物工程博士Tri Nguyen說。加州大學(xué)圣地亞哥分校的學(xué)生和該研究的共同第一作者。
      

      使用MARGI，可以在一個實驗中分析一整套RNA-DNA相互作用，需要一到兩周的時間。
      

      MARGI技術(shù)從含有DNA的混合物開始，該DNA被切成短片和RNA。在該混合物中，RNA分子的子集與特定的DNA片段相互作用。然后添加特別設(shè)計的接頭以連接相互作用的RNA-DNA對。將連接的RNA-DNA對選擇性地捕獲，然后轉(zhuǎn)化為嵌合序列，可以使用高通量測序一次性讀取所有嵌合序列。
      

      鐘和他的團隊通過觀察它是否產(chǎn)生假陽性結(jié)果來測試該方法的準確性。首先，研究人員將果蠅和人體細胞中的RNA和DNA混合在一起，產(chǎn)生“真正的”RNA-DNA對，這意味著它們要么完全是人類的，要么是完全果蠅，以及“假”RNA-DNA對，這意味著它們半人半飛果 - 這些是不應(yīng)該被發(fā)現(xiàn)的。然后團隊使用MARGI篩選整個混合物。該方法檢測到大量真正的RNA-DNA 相互作用，但它也檢測到大約2%的假相互作用。
      

      “這種方法并不完美，但它是創(chuàng)建基因組全功能注釋的重要一步，”共同作者，中國集團訪問生物工程研究員Bharat Sridhar說。
      
			

			
        
      
			
      
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