推動DNA測序的界限
在新墨西哥大學(UNM)創(chuàng)建的一家開發(fā)技術的年輕公司正致力于破壞DNA測序領域。Armonica Technologies,LLC正在開發(fā)一種DNA測序平臺,可在幾分鐘內(nèi)對完整的人類基因組進行測序。該公司的目標是使該技術成為精確醫(yī)學研究應用的DNA測序的黃金標準。Armonica選擇了STC.UNM的專利和正在申請專利的技術組合。該技術被稱為“光學納米孔測序”,并使用納米通道通過納米孔傳遞單個DNA分子。納米孔是非常小的孔,內(nèi)徑為1納米(十億分之一米)。納米孔足以減慢DNA易位,使用光學技術產(chǎn)生大規(guī)模平行的單堿基分辨率。
以下是納米孔測序的工作原理:當納米孔浸入導電流體時,可以施加電壓以產(chǎn)生電流。電流對納米孔的大小和形狀敏感,因此如果DNA鏈穿過納米孔或在納米孔附近,則電流量發(fā)生變化。當DNA分子通過納米孔時電流的變化代表DNA序列的讀數(shù)。
“快速增長的DNA測序市場存在未滿足的需求,”Armonica總裁兼首席執(zhí)行官Scott Goldman表示。“今天的標準基因組測序方法需要大量的文庫制備,并產(chǎn)生與重新組裝數(shù)據(jù)集相關的大量計算和生物信息學問題.Armonica將通過引入不需要文庫制備的測序儀器來解決這些問題,并將產(chǎn)生高達50,000堿基的讀數(shù)結合100萬的平行性。這種方法將凈化500億個堿基 - 足以在幾分鐘內(nèi)對整個人類基因組進行測序。“
創(chuàng)新的納米孔技術由杰出教授Steve Brueck,研究助理教授Yuliya Kuznetsova和UNM高科技材料中心(CHTM)的博士后研究員Alexander Neumann和UNM化學與化學生物學系的Jeremy Edwards教授合作開發(fā)。 Redondo Optics首席執(zhí)行官Edgar Mendoza。
“Nanopore測序分析長DNA鏈,長讀取可以更準確地鑒定基因組變異,”Brueck說。“因此,這種方法可以實現(xiàn)更徹底,更快速,更準確的基因組分析,使研究人員能夠大大提高新發(fā)現(xiàn)的能力。納米孔測序的挑戰(zhàn)之一是提高分辨率,使其能夠檢測單個核苷酸(堿基)。“
“我們相信我們的納米通道技術會破壞這個行業(yè),因為它可以產(chǎn)生非常長的讀數(shù)以獲得更高的精度,使用光學技術實現(xiàn)非常高的并行性,以及更高的吞吐率以獲得更高的處理速度。對于研究人員來說,它將是一種經(jīng)濟實惠的工具,”STC首席執(zhí)行官麗莎說。 Kuuttila。“這項技術組合代表了基因組測序技術的飛躍,這對DNA測序行業(yè)來說是一個巨大的好處,正在經(jīng)歷爆炸式增長。該公司的研究和開發(fā)目前正在UNM的CHTM進行,該研究中心在全球享有盛譽。發(fā)明具有破壞性的納米級技術并提供出色的科學專業(yè)知識和技術支持。我們對該技術的潛力感到非常興奮,并相信公司的愿景。“
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