中文字幕在线天|亚洲一区二区三区手机版|少妇中文字幕乱码亚洲影视|最好看的久久综合伊人



      

      
  

      

      
	
	

      

      



      

	
      

      
	
      
  	       
      
       中國基因網(wǎng)您的位置：首頁 >行業(yè)資訊 >        
      
  
      
		
      
			
      計算方法使基因表達(dá)分析更準(zhǔn)確
      
			
      
				2019-01-02 11:30:01
				?
			  來源：
			
      
		
      
				
		
      
			
      一種新的計算方法可以提高基因表達(dá)分析的準(zhǔn)確性，基因表達(dá)分析越來越多地用于診斷和監(jiān)測癌癥，并且是基礎(chǔ)生物學(xué)研究的主要工具。來自卡內(nèi)基梅隆大學(xué)，斯托尼布魯克大學(xué)和Dana-Farber癌癥研究所的研究人員表示，他們的方法叫做Salmon，能夠糾正RNA測序過程中已知會發(fā)生的技術(shù)偏差，或RNA-seq，這是估算基因的主要方法表達(dá)。此外，它的運行速度與其他快速方法相似 - 這是一個關(guān)鍵因素，因為這些測試越來越普遍和眾多。
      

      計算方法使基因表達(dá)分析更準(zhǔn)確
      

      他們的報告將于3月6日由Nature Methods雜志在線發(fā)表。CMU計算生物學(xué)系副教授Carl Kingsford表示，Salmon源代碼可在線免費獲取，已被數(shù)千名用戶下載。
      

      “鮭魚提供了更豐富的RNA-seq實驗?zāi)Ｐ鸵约耙阎跍y序過程中可能存在的偏差，”Kingsford說。他補(bǔ)充說，這很重要，因為這種技術(shù)越來越多地用于分類疾病及其亞型，了解發(fā)育過程中的基因表達(dá)變化以及跟蹤癌癥的進(jìn)展。
      

      盡管有機(jī)體的基因組成是靜態(tài)的，但個體基因的活性隨時間變化很大，使基因表達(dá)成為理解生物體如何發(fā)揮作用以及在疾病過程中發(fā)生的事情的重要因素。基因活性不能直接有效地測量，但可以通過監(jiān)測RNA來推斷，RNA是從基因產(chǎn)生信息的分子，用于產(chǎn)生蛋白質(zhì)和其他細(xì)胞活動。
      

      RNA-seq是生成這些基因活動快照的領(lǐng)先技術(shù)。但是，根據(jù)被分析的組織和每個樣本的制備方式，可能會出現(xiàn)各種實驗偏差，導(dǎo)致RNA-seq“讀取”從各種基因中過度采樣或采樣不足，Kingsford說。“盡管我們知道可能發(fā)生的許多偏見，但必須逐個樣本地進(jìn)行建模，”他補(bǔ)充說。“如果你必須使用傳統(tǒng)方法建立一個復(fù)雜的偏見模型，那需要很長時間。”
      

      研究人員將這種方法命名為一種著名的上游游泳魚，因為它采用的算法可以估算偏差的影響和基因的表達(dá)水平作為實驗數(shù)據(jù)流。“以這種方式，它能夠建立一個豐富的偏見??模型，并且大致與其他快速分析工具一樣快，”Kingsford說。
      
			

			
        
      
			
      
            鄭重聲明：本文版權(quán)歸原作者所有，轉(zhuǎn)載文章僅為傳播更多信息之目的，如有侵權(quán)行為，請第一時間聯(lián)系我們修改或刪除，多謝。
			
      
			
			
      
        
      推薦內(nèi)容