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      新的全基因組擴增方法減少了其他方法引入的偏差
      
			
      
				2018-12-29 09:52:59
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      在哈佛大學工作的一組研究人員開發(fā)了一種新的全基因組擴增方法，該方法優(yōu)于目前正在使用的其他方法。在他們發(fā)表在“ 科學 ”雜志上的論文中，該團隊描述了他們的技術(shù)以及在用于測量暴露于紫外線輻射后人體細胞中單核苷酸變異時的表現(xiàn)。
      

      新的全基因組擴增方法減少了其他方法引入的偏差
      

      隨著科學家們繼續(xù)尋求完全理解基因組，不斷開發(fā)新的工具。研究的一個途徑涉及深入研究幾乎相同的單個細胞之間的差異- 胚胎細胞，例如 - 每個細胞都有自己獨特的基因組，即使在同一個生物體中也是如此。先前的研究已經(jīng)產(chǎn)生了擴大細胞之間差異或差異的工具，這不僅有助于更好地理解基因組如何工作，而且還有實際應(yīng)用。已經(jīng)開發(fā)并用于研究和測量單個細胞之間的遺傳變異的一種這樣的工具是MALBAC-它用于體外受精篩選胚胎。但正如研究人員還指出的那樣，它受到等位基因丟失的影響，這限制了其調(diào)用單核苷酸變異的能力。在這項新的努力中，研究人員找到了一種改進技術(shù)的方法 - 改進的版本稱為通過轉(zhuǎn)座子插入的線性擴增(LIANTI)，他們聲稱它具有千堿基分辨率。
      

      LIANTI的工作原理是使用團隊設(shè)計的轉(zhuǎn)座子將細胞中的遺傳物質(zhì)分段。轉(zhuǎn)座子是一種能夠改變其在基因組中的位置的DNA。它具有19個堿基對的雙鏈轉(zhuǎn)座酶結(jié)合點和單鏈T7啟動子環(huán)。轉(zhuǎn)座子帶有一個啟動子，它是開始轉(zhuǎn)錄過程的DNA的一部分。啟動子用于擴增下游DNA，允許創(chuàng)建可以測序的文庫。初步跡象表明，新技術(shù)將勝過其他方法。
      

      研究人員通過將人體細胞暴露在紫外線下然后測量它們的方差來測試他們的技術(shù) - 他們報告他們的方法覆蓋了97%的基因組，這明顯優(yōu)于其他方法。
      

      進一步探索： 檢測單細胞基因組突變的突破
      

      更多信息： 陳崇義等。通過轉(zhuǎn)座子插入的線性擴增進行單細胞全基因組分析(LIANTI)，Science(2017)。DOI：10.1126 / science.aak9787
      

      抽象
      

      單細胞基因組學對于生物學和醫(yī)學非常重要。然而，目前的全基因組擴增(WGA)方法受到拷貝數(shù)變異(CNV)檢測的低準確度和低擴增保真度的限制。在這里，我們報告了一種改進的單細胞WGA方法，即通過轉(zhuǎn)座子插入的線性擴增(LIANTI)，其優(yōu)于現(xiàn)有方法，能夠以千堿基分辨率進行微型CNV檢測。這允許直接觀察DNA復制起點的隨機激發(fā)，其在細胞與細胞之間不同。我們還表明，在單細胞基因組學中觀察到的主要的胞嘧啶 - 胸腺嘧啶突變通常起因于細胞裂解后胞嘧啶脫氨作用。然而，鑒定單核苷酸變異(SNV)可以通過對親緣細胞進行測序來完成。
      
			

			
        
      
			
      
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