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      大型復(fù)雜數(shù)據(jù)集的可視化方面的進(jìn)步
      
			
      
				2019-12-03 10:34:41
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      對主要的數(shù)據(jù)可視化工具t分布隨機(jī)鄰域嵌入(t-SNE)的改進(jìn)，稱為優(yōu)化t-SNE(opt-SNE)，為研究人員準(zhǔn)確查看其數(shù)據(jù)集中的內(nèi)容提供了新的亮點(diǎn)。
      

      大型復(fù)雜數(shù)據(jù)集的可視化方面的進(jìn)步
      

      opt-SNE是近十年前廣泛使用的t-SNE的改進(jìn)。盡管t-SNE可以準(zhǔn)確分析任何給定樣本中的大約一百萬個細(xì)胞，但近年來，單細(xì)胞數(shù)據(jù)集已經(jīng)變得更大。借助opt-SNE，研究人員現(xiàn)在可以以前所未有的分辨率可視化包含數(shù)千萬個細(xì)胞的樣本中的數(shù)據(jù)。opt-SNE的開發(fā)由波士頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院(BUSM)病理學(xué)和實(shí)驗(yàn)室醫(yī)學(xué)助理教授Anna Belkina博士領(lǐng)導(dǎo)。
      

      除了能夠正確處理大型數(shù)據(jù)集之外，opt-SNE還能夠成功地可視化所測血樣中很小的不同細(xì)胞群(這些組中的每個細(xì)胞十分罕見，占總數(shù)的十萬分之一)樣本中的細(xì)胞數(shù))。在opt-SNE之前，這種精確的大規(guī)?？梢暬豢赡芡瑫r放大微小的種群。“ t-SNE最初是一種“千篇一律”的算法，但是opt-SNE計算是針對每個單獨(dú)的數(shù)據(jù)集量身定制的，因此可以鳥瞰和近距離查看樣品中的物質(zhì)。 opt-SNE，既可以看到大海撈針，也可以看到里面的針頭。”該研究的通訊作者Belkina解釋說。“這是一個特別有價值的工具 用于細(xì)胞計數(shù)和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的研究”。
      

      opt-SNE使研究人員可以找出以前無法檢測到的特征，從而將病變樣品與對照區(qū)分開。這種進(jìn)入疾病狀態(tài)的新視角可能揭示出治療的新目標(biāo)以及新的生物學(xué)現(xiàn)象。由于Belkina與主要的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析平臺的開發(fā)人員正在進(jìn)行的合作，該方法已被多個研究小組使用，這些開發(fā)人員已將opt-SNE實(shí)施到Omiq.ai云分析平臺(Christopher Ciccolella，MS)和FlowJo軟件(Josef Spidlen)中博士和Richard Halpert博士)并共同撰寫了手稿。一個開源的選擇，SNE包也得到了釋放。
      
			

			
        
      
			
      
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