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      勾畫出轉(zhuǎn)錄因子代碼結(jié)合模式反映了因子的基因表達(dá)角色
      
			
      
				2019-04-09 15:01:42
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      廣泛的科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，轉(zhuǎn)錄因子在調(diào)節(jié)DNA中結(jié)合的位點(diǎn)分為六種不同的模式，與因子的功能重疊，有助于推進(jìn)監(jiān)管基因組學(xué)的目標(biāo)。
      

      勾畫出轉(zhuǎn)錄因子代碼結(jié)合模式反映了因子的基因表達(dá)角色
      

      規(guī)定調(diào)節(jié)DNA元件如何稱為增強(qiáng)子控制基因表達(dá)的規(guī)則仍然是模糊的，但很明顯它們通過稱為轉(zhuǎn)錄因子(TF)的特殊蛋白質(zhì)起作用。一組廣泛的科學(xué)家發(fā)現(xiàn)TFs在增強(qiáng)子中的結(jié)合位點(diǎn)以不同的模式聚集，反映了因子在基因表達(dá)控制中的作用。
      

      這些模式可能構(gòu)成基于位置的代碼，對(duì)于試圖學(xué)習(xí)如何僅從序列數(shù)據(jù)中預(yù)測(cè)增強(qiáng)子活動(dòng)的研究人員來說，這可能是一個(gè)福音。
      

      由研究生Sharon Grossman和研究所所長(zhǎng)Eric Lander領(lǐng)導(dǎo)的研究小組在PNAS上報(bào)告了他們的研究結(jié)果。
      

      TF在稱為基序的特定序列上與增強(qiáng)子(其監(jiān)督基因表達(dá)的整個(gè)程序)和稱為啟動(dòng)子(其中基因轉(zhuǎn)錄開始)的其他調(diào)節(jié)元件結(jié)合。一旦結(jié)合，這些蛋白質(zhì)執(zhí)行各種工作，從解開DNA到閱讀基因和編寫RNA。
      

      Broad團(tuán)隊(duì)在47種細(xì)胞類型中調(diào)查了103個(gè)因子的基序，重點(diǎn)是核小體缺失區(qū)域(NDRs)：TFs可以結(jié)合的未受阻的調(diào)節(jié)DNA片段。當(dāng)團(tuán)隊(duì)比較圖案的位置時(shí)，出現(xiàn)了六個(gè)不同的組，與因素的已知角色重疊。
      

      這些小組并未在小組審查的所有NDR中均勻分布。相反，該團(tuán)隊(duì)指出，某些群體始終在所有47種細(xì)胞類型中共同發(fā)生。例如，具有第4組基序的增強(qiáng)子也包含來自第3組的更多基序，并且更少來自第5組和第6組 - 表明TF的不同組合可以與不同種類的增強(qiáng)子一起起作用。
      

      該團(tuán)隊(duì)的研究結(jié)果代表了邁向長(zhǎng)期目標(biāo)的新步驟：通過查看DNA序列，定義一種模型，用于預(yù)測(cè)增強(qiáng)子在給定細(xì)胞類型中的活動(dòng)。他們打開了大門，進(jìn)一步了解什么構(gòu)成了一個(gè)活躍的，功能性的增強(qiáng)器，而不是一個(gè)非活動(dòng)的增強(qiáng)器。
      
			

			
        
      
			
      
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