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      升級的計算工具可以增加對癌癥漏洞的搜索
      
			
      
				2019-03-09 11:14:41
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      Broad Institute癌癥依賴地圖(DepMap)團(tuán)隊的研究人員發(fā)布了DEMETER2，這是一種開源軟件工具的升級版本，用于識別癌細(xì)胞的遺傳依賴性(為了生存而需要的基因)。該工具由來自基因組規(guī)模RNA干擾(RNAi)篩選的數(shù)據(jù)推動，該研究允許研究人員單獨(dú)抑制數(shù)千個基因并測量對癌細(xì)胞存活的影響。這種方法可以幫助研究人員找到癌癥基因組中的關(guān)鍵脆弱性，這些見解可能揭示新的藥物靶點(diǎn)和藥物開發(fā)機(jī)會。
      

      升級的計算工具可以增加對癌癥漏洞的搜索
      

      在自然傳播部開始，由廣播癌癥數(shù)據(jù)科學(xué)(CDS)小組的James McFarland和Zandra Ho領(lǐng)導(dǎo)的DepMap團(tuán)隊成員以及CDS副主任Aviad Tsherniak也宣布發(fā)布迄今為止編制的最大癌癥依賴數(shù)據(jù)集，涵蓋712個癌細(xì)胞系和54種癌癥。
      

      RNAi可以提供有價值的生物學(xué)見解，并可以補(bǔ)充基于CRISPR的篩選。雖然CRISPR完全敲除了一個基因，但RNAi可以逐漸降低基因的活性。因此，這兩種方法可以以不同方式影響癌細(xì)胞的存活。
      

      然而，研究人員已經(jīng)注意到RNAi屏幕數(shù)據(jù)非常嘈雜，經(jīng)常被假陽性結(jié)果混淆。2017年，DepMap團(tuán)隊發(fā)布了DEMETER，這是一種計算模型，用于校正大規(guī)模RNAi數(shù)據(jù)集中的假陽性。DEMETER為一項主要的DepMap研究奠定了基礎(chǔ)，該研究于今年夏天在Cell上發(fā)表，研究了500多種癌細(xì)胞系中的基因依賴性。
      

      DEMETER2以三種顯著方式改進(jìn)了原始DEMETER模型：
      

      它控制篩選實驗之間的技術(shù)差異，否則會使跨細(xì)胞系和不同篩選數(shù)據(jù)集合并數(shù)據(jù)的工作復(fù)雜化。
      

      它提供了評估已確定的遺傳依賴性置信度的指標(biāo)。
      

      它不是在曲線上對每個基因的依賴性評分進(jìn)行評分(相對于每個基因的其他細(xì)胞系)，而是以絕對的方式報告它們，可以更容易地進(jìn)行比較。
      

      這些改進(jìn)共同使得更容易組合來自不同機(jī)構(gòu)的不同RNAi篩選工作的數(shù)據(jù)，從而允許更全面地評估癌癥類型和細(xì)胞系的依賴性。事實上，該團(tuán)隊已經(jīng)使用DEMETER2將來自三個大規(guī)模RNAi依賴性工作的數(shù)據(jù)整合到現(xiàn)有的最大數(shù)據(jù)集中：Broad Cancer Program的項目Achilles，Novartis的Project DRIVE以及由團(tuán)隊進(jìn)行的76行乳腺癌篩查在多倫多大學(xué)。
      

      統(tǒng)一數(shù)據(jù)集可通過DepMap門戶網(wǎng)站向癌癥研究界公開使用。
      
			

			
        
      
			
      
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