基因沙拉生菜基因組組裝發(fā)表

今天(4月12日)，加州大學(xué)戴維斯分校的研究人員在Nature Communications上宣布，他們已經(jīng)開啟了有關(guān)生菜和相關(guān)植物的遺傳信息的寶庫，發(fā)布了第一個(gè)用于生菜和巨大的菊科植物家族的全基因組裝配。

花園生菜，或萵苣，是植物物種，其中包括沙拉吧的價(jià)值生菜種，從冰山生菜來。每年的農(nóng)場價(jià)值超過24億美元，它是美國最有價(jià)值的新鮮蔬菜和10種最有價(jià)值的作物之一。

生菜是巨大的Compositae家族的成員，其中包括植物世界的好，壞和丑陋，從雛菊和向日葵到豚草和可怕的星薊。

該基因組組裝的數(shù)百萬DNA序列-a匯編成一個(gè)有用的遺傳肖像，為研究人員提供了探索菊科植物的許多其他植物，一個(gè)有價(jià)值的工具。

“這個(gè)基因組裝配為這整個(gè)植物家族的許多進(jìn)一步遺傳，進(jìn)化和功能研究提供了基礎(chǔ)，”Sebastian Reyes-Chin-Wo說，他是植物遺傳學(xué)家Richard Michelmore實(shí)驗(yàn)室的第一作者和研究生。

“這是特別重要的，因?yàn)榫湛浦参锸堑厍蛏献畛晒Φ拈_花植物家族，在物種和環(huán)境的數(shù)量方面，”加州大學(xué)戴維斯分?；蚪M中心負(fù)責(zé)人理查德米歇爾莫爾說。

一式三份的基因可以解釋成功：

研究人員發(fā)現(xiàn)，萵苣基因組中的特定基因與某些物理特性一致 - 就像生產(chǎn)含橡膠的乳狀液體一樣 - 在分類學(xué)上也有不同的物種，如橡膠樹。

該研究還提供了證據(jù)，證明在大約4500萬年前的生菜進(jìn)化過程中，其基因組是“三重的”。結(jié)果，四分之一的基因組 - 包括其所有已鑒定基因的約30% - 現(xiàn)在出現(xiàn)在多個(gè)相關(guān)區(qū)域。因?yàn)檫@種基因組重復(fù)可能使植物物種在新環(huán)境中定居的優(yōu)勢，古老的三倍體事件可能部分地解釋了菊科植物家族的成功。

新技術(shù)產(chǎn)生更精確的信息：

Michelmore指出，這是第一個(gè)報(bào)告的植物物種基因組裝配，這是由于使用了一種新技術(shù)，該技術(shù)可以提供有關(guān)蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA序列的物理接近度的信息。

由Dovetail Genomics公司開發(fā)的這種新方法，從加州大學(xué)圣克魯茲分校出來，導(dǎo)致更連續(xù)和準(zhǔn)確的基因組裝配，即使萵苣有一個(gè)更大的植物基因組測序，他說。

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