基因組DNA被包裝成緊密凝聚的形式
在細(xì)胞核中,基因組DNA被包裝成緊密凝聚的形式,稱為染色質(zhì)。染色質(zhì)組織的基本單位是核小體,這是一種DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物,由定義長(zhǎng)度的DNA組成,包裹在由組蛋白組成的珠狀結(jié)構(gòu)周圍。各個(gè)核小體通過(guò)短長(zhǎng)度的接頭DNA連接,形成一串珠子,這些珠子又通過(guò)特殊的交聯(lián)蛋白質(zhì)填充在一起。染色質(zhì)的詳細(xì)結(jié)構(gòu)調(diào)節(jié)基因的獲取,因此在基因表達(dá)的控制中起重要作用。為了響應(yīng)代謝信號(hào),環(huán)境變化和發(fā)育過(guò)程,觸發(fā)機(jī)制,動(dòng)態(tài)修改染色質(zhì)結(jié)構(gòu),使基因易于激活,其產(chǎn)物使細(xì)胞能夠適應(yīng)當(dāng)?shù)貤l件的變化。稱為染色質(zhì)重塑的大蛋白復(fù)合物在這一過(guò)程中起著重要作用。這些分子機(jī)器局部起作用以破壞核小體組蛋白和DNA之間的接觸,并有效地沿著DNA滑動(dòng)核小體?,F(xiàn)在由LMU基因中心的Karl-Peter Hopfner教授領(lǐng)導(dǎo)的研究小組與生物醫(yī)學(xué)中心的Philipp Korber博士團(tuán)隊(duì)合作,在此過(guò)程中剖析了改造者INO80的一個(gè)重要模塊的功能。新發(fā)現(xiàn)剛剛發(fā)表在期刊上這些分子機(jī)器局部起作用以破壞核小體組蛋白和DNA之間的接觸,并有效地沿著DNA滑動(dòng)核小體。現(xiàn)在由LMU基因中心的Karl-Peter Hopfner教授領(lǐng)導(dǎo)的研究小組與生物醫(yī)學(xué)中心的Philipp Korber博士團(tuán)隊(duì)合作,在此過(guò)程中剖析了改造者INO80的一個(gè)重要模塊的功能。新發(fā)現(xiàn)剛剛發(fā)表在期刊上這些分子機(jī)器局部起作用以破壞核小體組蛋白和DNA之間的接觸,并有效地沿著DNA滑動(dòng)核小體?,F(xiàn)在由LMU基因中心的Karl-Peter Hopfner教授領(lǐng)導(dǎo)的研究小組與生物醫(yī)學(xué)中心的Philipp Korber博士團(tuán)隊(duì)合作,在此過(guò)程中剖析了改造者INO80的一個(gè)重要模塊的功能。新發(fā)現(xiàn)剛剛發(fā)表在期刊上自然結(jié)構(gòu)與分子生物學(xué)。
在今年4月份出現(xiàn)的一項(xiàng)研究中,Hopfner團(tuán)隊(duì)確定了大部分INO80的三維結(jié)構(gòu),基于冷凍復(fù)合物與核小體結(jié)合的冷凍電子顯微鏡。這使他們能夠推斷出使INO80能夠從核小體中分離DNA的分子機(jī)制。INO80復(fù)合物包括一對(duì)運(yùn)動(dòng)蛋白,其主動(dòng)將暴露的接頭DNA供給核小體內(nèi)和周圍,有效地使核小體顆粒相對(duì)于DNA滑動(dòng)。在新論文中,Hopfner及其同事現(xiàn)在描述了重塑機(jī)械的另一個(gè)關(guān)鍵要素的功能。“令我們驚訝的是,我們發(fā)現(xiàn)INO80復(fù)合物包含作為整合標(biāo)尺的亞基,可以測(cè)量相鄰核小體之間DNA的長(zhǎng)度,”Hopfner說(shuō)。
到目前為止,還沒(méi)有針對(duì)INO80復(fù)合體的Arp8模塊的高分辨率結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。該亞復(fù)合物由蛋白質(zhì)肌動(dòng)蛋白和肌動(dòng)蛋白相關(guān)蛋白(Arps)Arp4和Arp8組成。在細(xì)胞質(zhì)中,肌動(dòng)蛋白聚合成長(zhǎng)絲網(wǎng)絡(luò),構(gòu)成維持細(xì)胞形狀的內(nèi)部支持系統(tǒng)的主要組分。這種細(xì)胞骨架在細(xì)胞遷移中也起著至關(guān)重要的作用,并組織了許多過(guò)程,包括細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)。但正如新研究的第一作者Kilian Knoll和Sebastian Eustermann所指出的那樣:“20多年來(lái),肌動(dòng)蛋白也存在于細(xì)胞核中已經(jīng)很明顯了。。它是INO80和相關(guān)分子機(jī)器不可或缺的組成部分,但其功能仍然模糊不清。“通過(guò)確定INO80復(fù)合物的Arp8模塊的晶體結(jié)構(gòu),LMU研究人員現(xiàn)已破譯其功能.Arp8本身與核肌動(dòng)蛋白相互作用。與Arp4結(jié)合,然后該模塊與INO80復(fù)合物的長(zhǎng)螺旋區(qū)段結(jié)合。正如作者在實(shí)驗(yàn)中所證明的,這種螺旋對(duì)于INO80的核小體滑動(dòng)活性是必不可少的.Eustermann表示,對(duì)暴露的接頭DNA的識(shí)別會(huì)觸發(fā)重塑活動(dòng),允許INO80馬達(dá)驅(qū)動(dòng)核小體周圍的DNA。如果連接子突出太短,DNA的運(yùn)動(dòng)就會(huì)停止。Arp8模塊在重塑過(guò)程中起著直接和重要的作用,因?yàn)樗鼫y(cè)量暴露的接頭DNA的長(zhǎng)度,即相鄰核小體之間的距離,并刺激核小體重新定位。因此,LMU研究首次確定了重組中核肌動(dòng)蛋白的分子功能染色質(zhì)。由于已知重塑復(fù)合物參與腫瘤發(fā)生,因此這些對(duì)其作用模式的新見(jiàn)解可能對(duì)癌癥治療有影響。
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