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      新軟件提高了對(duì)細(xì)菌病原體進(jìn)行分類的能力
      
			
      
				2019-01-19 10:28:19
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      華盛頓州立大學(xué)的研究人員開發(fā)了一種新的軟件工具，可以提高科學(xué)家識(shí)別和了解細(xì)菌菌株并加速疫苗開發(fā)的能力。RepeatAnalyzer能夠跟蹤，管理，分析和編目細(xì)菌DNA 的短重復(fù)序列。研究人員使用該軟件來(lái)描述邊緣無(wú)形體(Anaplasma marginale)，這是一種影響牛的蜱傳細(xì)菌，并在BMC Genomics期刊上發(fā)表了他們的研究成果。研究團(tuán)隊(duì)包括計(jì)算機(jī)科學(xué)專業(yè)學(xué)生Helen Catanese; Kelly Brayton，獸醫(yī)微生物學(xué)和病理學(xué)系; 和Assefaw Gebremedhin，電氣工程和計(jì)算機(jī)科學(xué)學(xué)院。
      

      新軟件提高了對(duì)細(xì)菌病原體進(jìn)行分類的能力
      

      與許多類型的細(xì)菌病原體一樣，A。marginale具有種類繁多的菌株，并且在地理上分布廣泛，這使得疫苗開發(fā)具有挑戰(zhàn)性?？茖W(xué)家使用短的重復(fù)序列DNA(稱為重復(fù)序列)來(lái)了解細(xì)菌，其遺傳和地理分布，并確定其有害程度。
      

      但是對(duì)于A. marginale來(lái)說(shuō)，研究人員發(fā)現(xiàn)了超過(guò)235個(gè)短重復(fù)的DNA序列。沒(méi)有任何類型的數(shù)據(jù)庫(kù)，研究人員不得不挖掘出版的文獻(xiàn)來(lái)跟蹤序列。Brayton說(shuō)，手動(dòng)完成任務(wù)也很容易出錯(cuò)。“我們精確地開發(fā)了RepeatAnalyzer以彌合這一差距，”Gebremedhin說(shuō)。
      

      他們?yōu)锳. marginale開發(fā)了軟件，但它可以擴(kuò)展到具有相似重復(fù)DNA序列的任何其他物種。Catanese表示，它還提供了一個(gè)可視化工具，因此研究人員可以在世界地圖上跟蹤應(yīng)變。“這種可靠的軟件工具可以促進(jìn)研究和合作，并加速發(fā)現(xiàn)疫苗，”Gebremedhin說(shuō)。
      

      她說(shuō)，RepeatAnalyzer引起了極大的興趣，而Brayton在南非和中國(guó)的合作者已經(jīng)在使用它了。“這里有一些被忽視但根本不存在的東西，”Gebremedhin說(shuō)，“最重要的是，它會(huì)幫助人們。當(dāng)您擁有一個(gè)工具，正確的指標(biāo)和分析時(shí)，您可能會(huì)發(fā)現(xiàn)以前可能不知道的事情。''
      

      研究人員正致力于擴(kuò)展軟件以收集和處理其他細(xì)菌的類似數(shù)據(jù)集，以及擴(kuò)展可視化和分析功能。
      
			

			
        
      
			
      
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