在玉米植物中發(fā)現(xiàn)了驚人的蛋白質(zhì)多樣性
玉米植物的基因組 - 或稱玉米,除了美國以外幾乎所有地方都稱之為 - “比科學家先前所認為的更令人興奮”。首席科學家說,他正在努力分析和評論植物遺傳資源的深度。“我們的新研究確立了玉米的驚人多樣性,甚至超出了我們已經(jīng)知道的范圍,”美國農(nóng)業(yè)部和紐約冷泉港實驗室(CSHL)的Doreen Ware博士說。“這種多樣性本身就很有吸引力,同時對農(nóng)業(yè)具有重要意義。” 玉米是世界三大主食之一; 它與大米和小麥一起占世界糧食消費量的三分之二。
Ware是一個大型跨國團隊的一部分,該團隊在2009年根據(jù)一種名為B73的單一品種匯集了第一批玉米30,000個左右的基因序列。玉米非凡的蛋白質(zhì)多樣性的發(fā)現(xiàn)是基于更準確的“長讀”測序技術,通過與測序公司PacBio的研究合作提供。這種更新的技術沒有揭示很多以前未知的基因,而是揭示了基因表達即活化時產(chǎn)生的更多RNA信息。
總之,在研究中讀取并分析了來自在六種不同玉米組織中表達的基因的111,151個RNA轉(zhuǎn)錄物。從未見過這些信息中約有57% - 因此從未被測序過。“這些消息告訴我們,我們對2009玉米參考基因組進行注釋和表征的努力遠未完成,”Ware博士的博士后研究員Bo Wang表示,該論文的第一作者報道了新研究。
是什么讓一個玉米植物可能與其他任何玉米植物有很大不同,甚至是相同品種的個體,它的基因能夠表達的方式,取決于植物內(nèi)部和周圍環(huán)境的條件,例如土壤水分的水平,營養(yǎng)素或可利用的光。
許多玉米的30,000多個基因的總補體可以產(chǎn)生RNA信息,可以以不同的方式進行剪接,即編輯,從而產(chǎn)生不同的蛋白質(zhì) - 具有不同形狀和不同功能的蛋白質(zhì)。替代RNA剪接是幾乎所有形式的多細胞生命中發(fā)生的現(xiàn)象,包括人類。目前的工作開始表明,對于每個玉米個體來說,可選擇的剪接方式以及因此可供選擇的發(fā)育可能性是多么廣泛 - 實際上,對于那些認為2009年基因組注釋捕獲了該物種的本質(zhì)的人來說,這是一個驚喜。
研究的實際意義在于“它開始揭示我們之前不知道的新功能部件,”Ware說。“通過深入了解其他部分是什么以及它們做了??什么,我們開始認識到培育玉米的新方法,例如,隨著種植區(qū)的年平均溫度繼續(xù)攀升,使其適應氣候變化。”
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