【導(dǎo)讀】疫情所帶來的經(jīng)濟(jì)壓力還在持續(xù)，受損的行業(yè)數(shù)不過來，但是疫情現(xiàn)如今孩子啊持續(xù)并未結(jié)束，今日有消息表示29%新冠病毒樣本出現(xiàn)D614G變異感興趣的話跟著小編一起一趟究竟吧!

新冠病毒(SARS-CoV-2)作為RNA病毒，相比DNA病毒更不穩(wěn)定，容易變異。關(guān)于病毒進(jìn)化的問題也隨之而來：SARS-CoV-2進(jìn)化到更適應(yīng)人類了嗎?是否更具傳染性?是否毒性更大?

然而，病毒突變受自然選擇、隨機(jī)的遺傳漂移或最近的流行病學(xué)特征等多因素影響，這就造成科學(xué)家一時難以區(qū)分病毒突變是由于適應(yīng)性還是偶然導(dǎo)致，更難以確定單個突變是否會改變感染或大流行的結(jié)果。

截至目前，圍繞新冠病毒D614G突變的研究和爭議最多。白宮衛(wèi)生顧問安東尼·福奇美國當(dāng)?shù)貢r間7月2日也表示，新冠病毒已經(jīng)發(fā)生變異，可能會讓病原體變得更容易傳播。就在同日，聞名全球的美國洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室(Los Alamos National Laboratory)、杜克人類疫苗研究所和外科系、英國謝菲爾德大學(xué)等團(tuán)隊(duì)的研究人員在頂級學(xué)術(shù)期刊《細(xì)胞》(Cell)在線發(fā)表了一項(xiàng)研究，題為“Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike: evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus ”。他們的研究結(jié)果認(rèn)為：攜帶S蛋白D614G的SARS-CoV-2突變株已成為全球大流行中最普遍的形式。

研究團(tuán)隊(duì)對變異頻率的動態(tài)跟蹤顯示，G614在國家、地區(qū)和城市等多個地理級別上呈現(xiàn)反復(fù)增長模式。即使此前已經(jīng)確定了D614型為主導(dǎo)地位的地區(qū)，D614向G614的轉(zhuǎn)變也會發(fā)生。他們認(rèn)為，這一模式的一致性具有高度的統(tǒng)計(jì)意義，表明G614變異可能具有適應(yīng)性優(yōu)勢。

研究團(tuán)隊(duì)還發(fā)現(xiàn)，相比突變前，更高的病毒載量提示D614G突變病毒和患者上呼吸道病毒核酸水平較高相關(guān)。但論文同時指出，“我們發(fā)現(xiàn)D614G和疾病嚴(yán)重程度之間沒有顯著關(guān)聯(lián)。”研究團(tuán)隊(duì)還提出，G614突變假病毒與較高的傳染性有關(guān)，量化分析得出，攜帶G614突變的病毒顆粒比對應(yīng)的D614具有明顯更高的感染性滴度，增加2.6至9.3倍，并在多種細(xì)胞類型中證實(shí)。

來自洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室等研究團(tuán)隊(duì)繼續(xù)在區(qū)域和全球?qū)用姹O(jiān)測S蛋白其他的突變，并在公共網(wǎng)站(cov.lanl.gov)定期更新。

該研究的通訊作者、第一作者為洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室的計(jì)算生物學(xué)家Bette Korber，主要研究艾滋病病毒的分子生物學(xué)和種群遺傳學(xué)，為獲得有效的艾滋病毒疫苗作出了重大貢獻(xiàn)，其中一種目前正在非洲進(jìn)行人體試驗(yàn)。2004年，Korber曾獲得歐內(nèi)斯特·奧蘭多·勞倫斯獎(Ernest Orlando Lawrence Award)，該獎是美國能源部頒發(fā)的對科學(xué)成果最高認(rèn)可的獎項(xiàng)。

值得一提的是，此前的4月40日，研究團(tuán)隊(duì)已率先在預(yù)印本平臺bioRxiv發(fā)表了他們的研究，題為“Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2”。隨后的5月5日，他們更新發(fā)布了第二版。

而自他們的研究公開發(fā)表以來，就引發(fā)了領(lǐng)域內(nèi)科學(xué)家的廣泛討論。在預(yù)印本發(fā)表之際，即有質(zhì)疑者提出，現(xiàn)在就判斷任何一種毒株更具傳染性都為時過早。一些人甚至提出，G614突變病毒株之所以傳播得如此之深遠(yuǎn)和廣泛，是因?yàn)樗『酶腥玖嗽诖罅餍凶畛蹼A段沒有采取措施的地區(qū)?；蛟S研究者還需要做更多的工作來確定是否有任何毒株比其他毒株更具傳染性，以及確定病毒的變異速度是否可能超過疫苗的研發(fā)速度。

“這里有很多猜測，他們沒有經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。”休斯頓得克薩斯兒童醫(yī)院疫苗開發(fā)中心的Peter Hotez博士表示。

哈佛大學(xué)陳曾熙公共衛(wèi)生學(xué)院的Bill Hanage博士則認(rèn)為，單點(diǎn)突變不太可能產(chǎn)生任何影響。Hanage寫道，重要的是要記住，任何藥物或疫苗都要經(jīng)過測試，以對抗正在傳播的任何一種病毒。“病毒能這么早地在所有這些疫苗上找到逃逸突變，那就太幸運(yùn)了。”他還認(rèn)為，由于幾乎沒有人對該病毒有任何自然免疫，因此幾乎沒有或根本沒有導(dǎo)致逃逸突變的選擇壓力。

值得注意的是，刊發(fā)于《Cell》上的這篇論文經(jīng)同行評議正式刊發(fā)的版本和此前的預(yù)印本版本發(fā)生了很大的變動，減少了猜測性觀點(diǎn)，增加了大量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。來自耶魯大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院、哈佛大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院、哥倫比亞梅爾曼公共衛(wèi)生學(xué)院的三位學(xué)者同期在《細(xì)胞》雜志則發(fā)表了另一篇文章，對洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室Korber等人的這項(xiàng)研究作出點(diǎn)評，題為“Making sense of mutation: what D614G means for the COVID-19 pandemic remains unclear”。

這三位學(xué)者提到，Korber等人的新研究是這場爭論的核心。“他們提供了令人信服的數(shù)據(jù)，表明大流行早期出現(xiàn)病毒S蛋白D614G出現(xiàn)了氨基酸變化，而攜帶G614的病毒現(xiàn)在在世界各地占據(jù)主導(dǎo)地位。”但他們提出，關(guān)鍵的問題是：這是否是自然選擇的結(jié)果，以及這對COVID-19大流行意味著什么?

他們認(rèn)為，Korber等人提供的這些數(shù)據(jù)并不能證明G614比D614病毒更具傳染性或更易傳播。“D614G對COVID-19大流行的潛在影響(如果有的話)仍存在許多問題。”

“早期預(yù)警”：追蹤新冠病毒S蛋白進(jìn)化

論文提到，此前已有研究提出，冠狀病毒有遺傳校對機(jī)制，而SARS-CoV-2序列多樣性非常低，然而，自然選擇仍然可以對罕見但有利于病毒的突變起到作用。

類似的情況是，抗原漂移(antigenic drift)導(dǎo)致流感病毒在流感季節(jié)逐漸累積突變，免疫抗性突變和適應(yīng)性之間復(fù)雜的相互作用使抗體抗性在人群中發(fā)展，這也就推動了每隔幾個季節(jié)就需要開發(fā)新流感疫苗的需求。更長的流感季節(jié)則增加了選擇壓力的機(jī)會。

所謂的抗原漂移，指的是病毒通過改變自己的基因，讓蛋白的序列和結(jié)構(gòu)改變，從而使得原本有免疫力的人識別不了。論文指出，雖然SARS-CoV-2顯示出一些季節(jié)性減弱的跡象，但大流行的持續(xù)存在可能使即使研制出疫苗，病毒也會積累與免疫相關(guān)的突變。

目前已知的是，普通的感冒冠狀病毒OC43、229E，甚至SARS-CoV-1Z中，都存在抗原漂移。雖然目前尚無證據(jù)表明SARS-CoV-2存在抗原漂移，但隨著廣泛的人際傳播，SARS-CoV-2也可能獲得具有適應(yīng)度優(yōu)勢和免疫抗性的突變。

研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，“現(xiàn)在就關(guān)注這一風(fēng)險(xiǎn)可能能夠抓住病毒的重要進(jìn)化轉(zhuǎn)變，這對于確保疫苗和免疫治療干預(yù)措施在進(jìn)入臨床時的有效性非常重要。”

目前，全球針對SARS-CoV-2的疫苗大多靶向S蛋白，從而獲得保護(hù)性的中和抗體。S蛋白介導(dǎo)病毒和宿主細(xì)胞結(jié)合并入侵，它由S1結(jié)構(gòu)域和S2結(jié)構(gòu)域兩部分組成，分別介導(dǎo)受體結(jié)合和膜融合。

大多數(shù)SARS-CoV-2免疫原和檢測試劑都是基于武漢參考序列的S蛋白序列，第一代抗體療法也是基于早期大流行感染開發(fā)的，并使用武漢參考序列蛋白進(jìn)行評價(jià)。然而，研究團(tuán)隊(duì)提出，病毒在人與人之間傳播時的改變可能會改變病毒的表型和基于免疫的干預(yù)措施的效力。

因此，研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為有必要提出“早期預(yù)警”策略，以評估大流行期間的S蛋白進(jìn)化。也就是在新冠疫情發(fā)生之后，洛斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室艾滋病毒數(shù)據(jù)庫團(tuán)隊(duì)轉(zhuǎn)向了新冠研究，他們將“全球共享流感數(shù)據(jù)倡議組織”(GISAID)數(shù)據(jù)庫中SARS-CoV-2序列數(shù)據(jù)作為基準(zhǔn)，開發(fā)了一項(xiàng)生物信息分析軟件，追蹤在許多地理區(qū)域頻率增加的SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸變異。

D614到G614的轉(zhuǎn)變首先發(fā)生于歐洲，現(xiàn)已成為全球成為主要形式

在這項(xiàng)研究中，研究團(tuán)隊(duì)分析了GISAID數(shù)據(jù)庫中28576個(截至5月29日)S蛋白序列。由于S蛋白突變?nèi)匀皇禽^少的，研究團(tuán)隊(duì)設(shè)置了S蛋白突變的低閾值，被視作可進(jìn)一步追蹤的“興趣位點(diǎn)”。當(dāng)研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)和武漢參考序列之間存在0.3%的S蛋白序列差異時，他們就監(jiān)測其在地理區(qū)域隨時間增加的頻率，以及在不同地理區(qū)域反復(fù)出現(xiàn)的情況。

在這項(xiàng)研究中，他們展示了第一個氨基酸變異的結(jié)果，即D614G。S蛋白D614G氨基酸改變是由武漢參考毒株23403位點(diǎn)的G-A核苷酸突變導(dǎo)致，它是研究團(tuán)隊(duì)在3月初的第一次S蛋白突變報(bào)告中唯一追蹤到的符合他們低閾值設(shè)置的突變。

當(dāng)時，G614的形式在全球還很少見，但在歐洲越來越突出，而GISAID也追蹤到了攜帶D614G分支，并將其命名為“G支”。D614G突變幾乎總是伴隨著其他3個突變：5’UTR的C-T突變(對應(yīng)于武漢參考序列的241位點(diǎn))、3037位點(diǎn)的C-T沉默突變、14408位點(diǎn)C-T突變(導(dǎo)致RNA依賴的RNA聚合酶RdRp氨基酸變化)。

由這4個基因突變組成的單倍型現(xiàn)在是全球的主要形式。在3月1日之前，在全球997個序列中發(fā)現(xiàn)了10%;3月1日至3月31日，14951個序列中發(fā)現(xiàn)了67%;4月1日至5月18日，12194個序列中發(fā)現(xiàn)了78%。

這就意味著，在一個月的時間內(nèi)，攜帶D614G S蛋白突變的毒株成為SARS-CoV-2的全球主導(dǎo)形式。論文指出，從D614到G614的轉(zhuǎn)變首先發(fā)生歐洲，隨后發(fā)生在是北美和大洋洲，然后是亞洲。

研究指出，最早的攜帶D614G GISAID G分支4突變單倍型部分特征的序列是于1月下旬在中國和德國發(fā)現(xiàn)的，它們攜帶了定義該分支的4個突變中的3個，僅缺少RdRp P323L替換。研究團(tuán)隊(duì)分析，這可能是G支的祖先形式。其中一個早期武漢序列和一個泰國早期序列出現(xiàn)了D614G突變，而沒有發(fā)生其他3個突變;這些可能是獨(dú)立產(chǎn)生的。

研究團(tuán)隊(duì)最早檢測到的攜帶所有4個突變的序列于2月20日在意大利采集。幾天之內(nèi)，這個單倍型在歐洲許多國家取樣獲得。

研究團(tuán)隊(duì)還從結(jié)構(gòu)層面進(jìn)行了研究。D614位于S蛋白原聚體的表面，可以與鄰近的原聚體接觸。研究援引此前的低溫冷凍電鏡結(jié)構(gòu)指出，相鄰的原聚體D614和T859的側(cè)鏈形成了一個與原聚體之間的氫鍵，將一個原聚體的S1結(jié)構(gòu)域的殘基和另一個原聚體的S2結(jié)構(gòu)域的殘基結(jié)合在一起。

而突變?yōu)镚614將消除這個側(cè)鏈氫鍵，可能增加主鏈的靈活性和改變原聚體之間的相互作用。此外，這種替換可以調(diào)節(jié)附近N616位點(diǎn)的糖基化，影響鄰近原聚體近端空間融合肽的動態(tài)，或者還將產(chǎn)生其他影響。

D614G和疾病嚴(yán)重程度之間沒有顯著關(guān)聯(lián)

研究團(tuán)隊(duì)還研究了英格蘭謝菲爾德地區(qū)999名COVID-19患者的臨床數(shù)據(jù)，以此分析突變對疾病嚴(yán)重程度的影響。

他們發(fā)現(xiàn)，相比突變前，更高的病毒載量提示，D614G突變病毒和患者上呼吸道病毒核酸水平較高相關(guān)。但論文同時指出，“我們發(fā)現(xiàn)D614G和疾病嚴(yán)重程度之間沒有顯著關(guān)聯(lián)。”D614G與住院關(guān)聯(lián)比較無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p=0.66)，盡管與ICU有臨界意義(p=0.047)?；貧w分析也進(jìn)一步證實(shí)了G614與更高的住院水平無關(guān)。

不過，研究團(tuán)隊(duì)提出，G614突變假病毒與較高的傳染性有關(guān)。研究量化分析得出，攜帶G614突變的病毒比對應(yīng)的D614具有明顯更高的感染性滴度，增加2.6至9.3倍，并在多種細(xì)胞類型中證實(shí)。

研究團(tuán)隊(duì)還測試了如果發(fā)生D614G變異，是否同樣會被多克隆抗體中和。研究利用了6名圣地亞哥居民(可能在3月初至3月中旬感染，當(dāng)時D614和G614都在傳播)的康復(fù)期血清，與攜帶D614假病毒相比，他們的血清對帶有G614假病毒的中和作用相當(dāng)或更好。

論文指出，“雖然我們不知道這些人感染的是哪種病毒，但這些初步數(shù)據(jù)表明，盡管在細(xì)胞培養(yǎng)中適應(yīng)性增強(qiáng)，但攜帶G614的病毒在本質(zhì)上并不會更能抵抗恢復(fù)期血清的中和作用。”

研究團(tuán)隊(duì)指出，G614變異的高傳染性可能是其迅速傳播和持續(xù)的充分原因，但也應(yīng)考慮其他因素。

對此網(wǎng)友表示你以為會群體免疫嘛，但病毒會變異啊。 ?還以為下半年要結(jié)束疫情了，可萬萬沒想到到最后竟然還是變異了!那么你怎么看呢?