追蹤旅行者的傷寒 以便對新出現(xiàn)的威脅進行預(yù)警
腸炎沙門氏菌(Salmonella enterica serovar Typhi)每年導(dǎo)致超過2000萬例傷寒病例,并且不成比例地感染中低收入國家的兒童?,F(xiàn)在,在PLOS被忽視的熱帶病中發(fā)表的一篇論文中,研究人員展示了英國公共衛(wèi)生部(PHE)收集的常規(guī)數(shù)據(jù)如何用于深入了解世界各國的傷寒沙門氏菌基因組學,提供早期預(yù)警系統(tǒng)。新出現(xiàn)的威脅,如抗生素耐藥性和國外疾病爆發(fā)。
傷寒是一種細菌感染,可以傳播到全身。如果沒有及時治療,可能會導(dǎo)致嚴重的并發(fā)癥并且可能致命。人們越來越擔心多重耐藥的傷寒沙門氏菌,不同形式的細菌表現(xiàn)出對不同類別藥物的抗性。使用全基因組測序(WGS),可以預(yù)測對抗生素的易感性,突出了使用基因組技術(shù)為治療策略提供信息的機會。然而,在傷寒流行的地區(qū),不常規(guī)進行細菌分離和血培養(yǎng)確認感染
PHE使用全基因組測序和許多其他細菌對沙門氏菌進行監(jiān)測,以便提供準確的診斷,快速檢測爆發(fā)并確定新威脅的出現(xiàn)。由于英國S. Typhi的大多數(shù)病例都是在國外獲得的,因此該數(shù)據(jù)提供了豐富的信息來源,可以描繪出傷寒沙門氏菌感染的全球情況。在這項新工作中,澳大利亞國立大學的Danielle Ingle及其同事分析了2014年4月至2017年3月期間寄往PHE的所有S. Typhi菌株的全基因組測序數(shù)據(jù),主要是從高風險地區(qū)返回的旅行者。
在研究期間由PHE收集的533株分離物包括449例病例,其中患者報告最近到26個國家的外國旅行。據(jù)報告,大多數(shù)病例前往南亞,特別是印度,巴基斯坦和孟加拉國。WGS揭示了31種獨特的傷寒沙門氏菌基因型,盡管大多數(shù)分離株(73.4%)屬于細菌的一種亞型,這種情況在前往15個國家的病例中被鑒定出來??傮w而言,24%的分離株是耐多藥的傷寒沙門氏菌,并且這些分離株與前往南亞,東非和西非的10個國家有關(guān)。研究人員能夠確定世界上哪些國家存在基因型和耐藥模式的趨勢,包括第一例ESBL S. Typhi 在英國,來自2018年描述的前往巴基斯坦的病人。
“ 這里提供的全基因組測序數(shù)據(jù)提供了對S. Typhi內(nèi)抗菌藥物抗性動態(tài)變化的深入了解,”研究人員說。
“公共衛(wèi)生英格蘭是使用全基因組測序技術(shù)進行常規(guī)沙門氏菌監(jiān)測的世界領(lǐng)先者。令人興奮的是,這項研究表明PHE和其他公共衛(wèi)生實驗室現(xiàn)在常規(guī)生成的數(shù)據(jù)可用作目前傷寒流行國家的哨點基因組監(jiān)測。 Kathryn Holt教授表示,缺乏正式的地方監(jiān)測計劃,提供有助于當?shù)丶膊」芾淼木旰涂咕啬退幮缘膶氋F信息。
“在國外獲得感染的旅行者對病原體進行常規(guī)基因組監(jiān)測,使我們能夠深入了解世界不同地區(qū)流行的菌株。這提供了一個預(yù)防系統(tǒng),可以抵御新出現(xiàn)的威脅,包括耐藥性抗生素所帶來的威脅。我們的技術(shù)也可以在來源跟蹤國外未來疫情的來源方面發(fā)揮重要作用,幫助為旅行者提供公共衛(wèi)生建議,“Tim Dallman博士補充道。
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