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      尋找Nemo的基因礁魚基因組圖譜和共享
      
			
      
				2019-04-18 15:09:56
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      Nemo的基因組已被破譯并公之于眾，幫助研究人員進一步研究魚類的生態(tài)學和進化。在電影“海底總動員”中不朽的橙色小丑魚的基因組已被破譯，為研究人員提供了迄今為止關(guān)于珊瑚魚基因組學的最詳細信息。
      

      尋找Nemo的基因礁魚基因組圖譜和共享
      

      “nemo基因組由24條染色體組成。我們能夠測序約97%的基礎(chǔ)基因組序列，然后將98%的序列放入該物種的24條染色體中，”計算生物學家Robert Lehman說。“無論如何，這是一項非凡的努力，代表了一個非常完整的基因組組裝。”
      

      KAUST的研究人員已經(jīng)在nemogenome.org上向科學界提供了他們的數(shù)據(jù)。
      

      橙色小丑魚，Amphiprion percula，是海洋生物學研究的支柱：它被用作模型物種來回答與社會組織，性別變化，棲息地選擇，捕食者 - 獵物相互作用以及氣候變化和海洋酸化的影響有關(guān)的問題。魚。這種基因組裝配作為一種社區(qū)資源的可用性將有助于研究人員更深入地了解珊瑚魚的生態(tài)和進化。
      

      該團隊使用最先進的技術(shù)對橙色小丑魚基因組進行測序。“我們開始使用單分子實時(SMRT)測序技術(shù)，這種技術(shù)最近才被大多數(shù)研究團體所接受，”該團隊的分子生物學家Damien Lightfoot說。傳統(tǒng)上，基因組測序通過閱讀基因組的許多短片段然后解密和重新組裝這些小片段來進行。但是，碎片越小，以正確的順序?qū)⑺鼈冎匦陆M合起來就越困難。SMRT測序與標準方法的不同之處在于產(chǎn)生相對長的DNA讀數(shù)。
      

      利用生物信息學程序和KAUST的超級計算核心實驗室的資源，Lehmann和團隊將DNA片段重建為更長的片段 - 平均長度為6.39萬個核苷酸。
      

      由于橙色小丑魚基因組包含大約9.39億個核苷酸，該團隊使用另一種方法來確定基因組的不同部分彼此相鄰的可能性。“通過這樣做，我們能夠?qū)⑦@些碎片放在一起組裝幾乎完整的染色體，”雷曼說。
      

      該團隊通過將其與26種其他魚類的高質(zhì)量基因組組件進行比較來評估其基因組裝配的完整性。橙色小丑魚基因組的完整性僅超過尼羅羅非魚的完整性。有趣的是，目前可用的三種最完整的魚類基因組組裝是通過SMRT測序?qū)崿F(xiàn)的。
      

      該團隊目前正在測序其他珊瑚魚類的基因組，并計劃對它們進行比較，以回答有關(guān)基因組結(jié)構(gòu)和進化如何與魚類性狀差異相關(guān)的問題，例如它們對氣候變化的反應。
      
			

			
        
      
			
      
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