新技術(shù)顯示完整微生物群落中的蛋白質(zhì)變化
通過觀察微生物蛋白質(zhì)如何隨著時(shí)間的推移而被修改,科學(xué)家們可以開始了解更廣泛社區(qū)的變化。蛋白質(zhì)變化或翻譯后修飾(PTM)響應(yīng)于感測到的環(huán)境線索而發(fā)生。這些改變產(chǎn)生了波紋狀的信號級聯(lián),通常導(dǎo)致生物體的生長和行為的普遍變化。盡管科學(xué)家們已經(jīng)在個(gè)體生物體中廣泛研究了這種調(diào)節(jié)機(jī)制,但它在復(fù)雜社區(qū)規(guī)模上的作用仍然知之甚少。現(xiàn)在,由于加利福尼亞州和田納西州的研究人員協(xié)作團(tuán)隊(duì)開發(fā)的新技術(shù),科學(xué)家們可以分析從完整的微生物群落中收集的蛋白質(zhì),從而深入了解更廣泛的系統(tǒng)如何運(yùn)作。
該研究得出的一項(xiàng)新技術(shù)允許從完整的微生物群落中收集的蛋白質(zhì)進(jìn)行PTM 分析。這種類型的分析使科學(xué)家能夠?qū)TM與更容易識別的更大的社區(qū)規(guī)模屬性聯(lián)系起來。他們可以將這些屬性轉(zhuǎn)化為不同環(huán)境中生物過程的更廣泛變化。
在一項(xiàng)基于PTM的監(jiān)管研究中,加州大學(xué)伯克利分校和橡樹嶺國家實(shí)驗(yàn)室的研究人員合作開發(fā)了一種新技術(shù),可以對從完整微生物群落(即元蛋白質(zhì)組)收集的蛋白質(zhì)進(jìn)行PTM分析。使用高分辨率質(zhì)譜耦合高性能計(jì)算。研究人員在高酸性環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的模型生物膜群中檢測了PTM,并將這種調(diào)節(jié)機(jī)制聯(lián)系起來幾種社區(qū)規(guī)模的屬性或表型,這些屬性或表型無法通過觀察到的基因表達(dá)變化來解釋。本研究中與PTM相關(guān)的社區(qū)層面屬性包括社區(qū)結(jié)構(gòu)的變化,營養(yǎng)獲取策略和對病毒入侵的抵抗。這代表了系統(tǒng)生物學(xué)方法在社區(qū)層面分析中應(yīng)用的巨大進(jìn)步。該團(tuán)隊(duì)現(xiàn)在正在努力擴(kuò)展這項(xiàng)技術(shù),以便能夠調(diào)查更復(fù)雜的社區(qū)和環(huán)境。
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