基因表型分析 玉米擬南芥的功能保守基因的發(fā)現(xiàn)
伴隨著綠色植物表型組學(xué)的發(fā)展趨勢,愈來愈多的綠色植物表型已經(jīng)被發(fā)掘和精確測量。
豐富多彩的綠色植物表型數(shù)據(jù)信息產(chǎn)生了全新升級的視角來思考基因組和表型組相互關(guān)系,文中根據(jù)運用基因組表型組關(guān)聯(lián)分析(GPWAS)對凝視的遺傳基因開展?jié)撛谛宰饔眠z傳基因的發(fā)掘和預(yù)測分析,綠色植物表型新聞資訊以下。
通過在群體水平進行基因和表型之間的關(guān)聯(lián)分析可以幫助鑒定基因的潛在功能。通常我們只對一種或幾種表型進行評價。而高通量表型系統(tǒng)和歷史數(shù)據(jù)挖掘可以對同一個體測量幾十或上百的表型。作者提出在表型組學(xué)的水平與基因組中的單個注視基因進行逐個關(guān)聯(lián),并建立基因組表型組關(guān)聯(lián)分析(GPWAS)的方法。
GPWAS通過利用特定群體中所有收集的表型對基因組中每個擁有SNP的基因進行逐個掃描,來檢測每個基因可能相關(guān)聯(lián)的表型。通過對玉米自然群體中277個種質(zhì)基因型和相關(guān)的260個采集于多個環(huán)境中的農(nóng)藝性狀進行GPWAS分析。對于單個基因,在普通關(guān)聯(lián)分析中不具有顯著效應(yīng)的表型也可能在GPWAS中被顯著的基因所選擇。
通過對玉米基因組水平上所有基因進行GPWAS分析,發(fā)現(xiàn)GPWAS所鑒定的基因富集了更多的已知控制表型的基因。這些基因在分子,群體和進化上具有與經(jīng)典的玉米突變體的基因更加相近的特征。
GPWAS所評定的遺傳基因?qū)跊Q策綠色植物表型中具備多效性。
再用GPWAS對擬南芥中類似的數(shù)據(jù)信息開展剖析,一樣發(fā)覺GPWAS所評定的遺傳基因也具備相近的特點。
飛速發(fā)展的綠色植物表型組學(xué)行業(yè)已經(jīng)催產(chǎn)愈來愈多的表型數(shù)據(jù)信息,而GPWAS也出示了一種全新升級的運用綠色植物表型組學(xué)數(shù)據(jù)信息對基因組學(xué)開展剖析的視角,助推綠色植物作用遺傳基因的發(fā)掘。
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