基因組測(cè)序取代了標(biāo)準(zhǔn)耐藥性測(cè)試
來(lái)自CRyPTIC聯(lián)盟的國(guó)際研究團(tuán)隊(duì)在抗擊結(jié)核病方面取得了重要進(jìn)展:對(duì)10,000多種病原體菌株進(jìn)行的大規(guī)?;蚪M分析表明,基因組測(cè)序可以改善結(jié)核病治療。此外,該方法有可能取代時(shí)間密集的表型抗性測(cè)試。這項(xiàng)由牛津大學(xué)領(lǐng)導(dǎo)的研究結(jié)果發(fā)表在最新一期的“ 新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志”上。
結(jié)核病(TB)是世界上最致命的傳染病。根據(jù)世界衛(wèi)生組織(WHO)的最新報(bào)告,去年約有1000萬(wàn)人感染結(jié)核病,160萬(wàn)人死于感染后果。
結(jié)核病治療的一個(gè)主要問(wèn)題是多藥耐藥菌株(MDR-TB)的發(fā)生率增加,這些菌株對(duì)常用藥物不再敏感。及時(shí)診斷耐藥性對(duì)治療成功至關(guān)重要。經(jīng)典抗性測(cè)試涉及在含有抗生素的培養(yǎng)基中培養(yǎng)細(xì)菌,目前需要數(shù)周時(shí)間。此外,這些測(cè)試并未在結(jié)核病發(fā)病率高的許多國(guó)家使用。因此,許多患者采用錯(cuò)誤的藥物組合,隨后治愈和生存的機(jī)會(huì)較低。迫切需要更快速和實(shí)用的電阻測(cè)試方法。
CRyPTIC研究檢查了來(lái)自16個(gè)國(guó)家的10,000多個(gè)細(xì)菌基因組。Leibniz肺中心研究中心Borstel(FZB)捐贈(zèng)了來(lái)自德國(guó),非洲和中亞的600多種TB菌株的數(shù)據(jù),并參與了數(shù)據(jù)評(píng)估。
該研究也于2018年9月26日在紐約舉行的聯(lián)合國(guó)大會(huì)結(jié)核病高級(jí)別會(huì)議上發(fā)表,該研究表明,病原體基因組的變化可用于非常準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)對(duì)標(biāo)準(zhǔn)一線藥物的耐藥性。基因組測(cè)序可以精確和單獨(dú)地確定所需的藥物組合,并節(jié)省標(biāo)準(zhǔn)抗性測(cè)試中使用的資源。FZB研究人員還致力于在中亞和非洲的參考實(shí)驗(yàn)室建立基因組分析。
“這項(xiàng)研究數(shù)據(jù)為結(jié)核病診斷學(xué)開發(fā)了新的概念。另外,常用藥物的標(biāo)準(zhǔn)耐藥性測(cè)試很快就會(huì)被基于基因組的方法所取代。這是一個(gè)里程碑,也是抗擊耐多藥結(jié)核病的范式轉(zhuǎn)變,” FZB的CRyPTIC研究負(fù)責(zé)人,德國(guó)感染研究中心(DZIF)結(jié)核病研究領(lǐng)域的協(xié)調(diào)員Stefan Niemann說(shuō)。
在英格蘭,荷蘭和紐約沃茲沃思公共衛(wèi)生中心,結(jié)果已經(jīng)導(dǎo)致細(xì)菌培養(yǎng)物用于抗性測(cè)試的減少以及完全基于基因組測(cè)序結(jié)果的治療開始。在德國(guó),Robert Koch研究所和FZB目前正在籌劃一項(xiàng)試點(diǎn)研究,以評(píng)估基因組測(cè)序在診斷和監(jiān)測(cè)方面的全國(guó)適用性。
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