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      亞洲鯰魚基因組解碼
      
			
      
				2019-03-14 11:24:53
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      條紋鯰魚Pangasianodon hypophthalmus位于傳說中的湄公河，是東南亞最長的河流，也是世界上最大的內陸漁業(yè)。越南是該物種的主要生產(chǎn)國，在一年內培育了約110萬噸魚。但與其他商業(yè)魚類不同，例如大西洋鱈魚或斑點鯰魚，很少有基因組數(shù)據(jù)來指導條紋鯰魚養(yǎng)殖。
      

      亞洲鯰魚基因組解碼
      

      現(xiàn)在，沖繩科學技術研究生院(OIST)的科學家們與越南科學技術研究院的研究人員合作，對條紋鯰魚的整個基因組進行解碼。他們的結果于2018年10月5日發(fā)表在BMC Genomics上，揭示了該物種的進化譜系和可能是其健康發(fā)育關鍵的基因的新細節(jié)。
      

      “通過這些基因組數(shù)據(jù)，可以很容易地檢查個體鯰魚種群中存在的多樣性，”OIST海洋基因組學組組長，該研究的共同第一作者Eiichi Shoguchi說。“例如，在水產(chǎn)養(yǎng)殖中，單個魚對疾病的抵抗力可能高于另一個。現(xiàn)在，您可以檢查個體的基因組并了解哪個基因與抗病性有關。”
      

      利用下一代測序技術，研究人員收集了高質量的基因組數(shù)據(jù)并將其組裝成完整的基因組。他們將新基因組與之前發(fā)表的基因組數(shù)據(jù)進行了比較，這些數(shù)據(jù)來自斑點叉尾and和斑馬魚 - 一種與鯰魚密切相關的模式生物，在進化上。科學家們發(fā)現(xiàn)了亞洲鯰魚和它的美國表親之間的明顯差異，以及它與斑馬魚相關的進一步差異。
      

      特別是，他們發(fā)現(xiàn)條紋鯰魚中兩個基因的丟失在斑馬魚中保持完整，并允許該物種產(chǎn)生自己的防曬劑。鯰魚在河流底部進食，超出紫外線范圍，可能不需要這種保護。條紋鯰魚確實比斑馬魚有更多的胰島素樣生長因子基因，這可能是其健康生長和發(fā)育的關鍵。
      

      科學家利用來自鯰魚的數(shù)據(jù)，制作了一個假設的條紋鯰魚染色體圖譜 - 這種魚類的基因所在的線狀腳手架。該地圖指出了未來研究的方式，比較物種，追蹤其譜系和調查其基因功能。進化生物學家和水產(chǎn)養(yǎng)殖者都可以從條紋鯰魚基因組中學習，現(xiàn)在它已經(jīng)被解碼了。
      

      在不久的將來，水產(chǎn)養(yǎng)殖者可以開始尋找并選擇最佳的DNA片段，稱為“分子標記”，在他們自己的條紋鯰魚中，越南學院基因組研究所的實驗室負責人Oanh TP Kim說?？茖W技術和該研究的共同第一作者。
      

      “條紋鯰魚的基因組信息將使我們能夠”開發(fā)這些分子標記，然后將它們應用于分子標記輔助選擇，以獲得鯰魚養(yǎng)殖中具有經(jīng)濟重要性的特征。“
      
			

			
        
      
			
      
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