通過(guò)機(jī)器學(xué)習(xí)算法改進(jìn)遺傳變異的表征
基因中僅一個(gè)堿基對(duì)的差異可以改變編碼蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu),并以可以從無(wú)害到引起致命疾病的方式影響生物體。預(yù)測(cè)單個(gè)堿基對(duì)替代物如何影響生物體是一項(xiàng)具有挑戰(zhàn)性的任務(wù)。在生物信息學(xué)出現(xiàn)的一篇論文中,研究人員將機(jī)器學(xué)習(xí)與遺傳算法相結(jié)合,以克服現(xiàn)有方法的局限性。
該團(tuán)隊(duì),包括沙特阿拉伯阿卜杜拉國(guó)王科技大學(xué)的Trisevgeni Rapakoulia,采用了一種方法,將幾種分類(lèi)模型的輸出結(jié)合起來(lái),并開(kāi)發(fā)了一種新的遺傳算法,將每個(gè)單獨(dú)的分類(lèi)器演化為最佳性能。
Rapakoulia說(shuō):“我們的方法使用新的適應(yīng)度函數(shù)來(lái)平衡靈敏度和特異性權(quán)衡,同時(shí)降低了提取的預(yù)測(cè)模型的復(fù)雜性并改善了它們的泛化特性。”
結(jié)果,新算法比現(xiàn)有方法更成功地表征遺傳變異。它還會(huì)產(chǎn)生一個(gè)分?jǐn)?shù),可以預(yù)測(cè)變異影響的嚴(yán)重程度。研究小組強(qiáng)調(diào),預(yù)測(cè)因子與單堿基對(duì)替代的嚴(yán)重性之間的關(guān)系應(yīng)通過(guò)進(jìn)一步測(cè)試更大的數(shù)據(jù)集來(lái)正確確認(rèn)。
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