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      研究人員推翻了關(guān)于下一代DNA技術(shù)功效的智慧
      
			
      
				2019-06-06 09:31:11
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			  來(lái)源：
			
      
		
      
				
		
      
			
      宏基因組學(xué)使我們能夠以比以往更大的規(guī)模研究微生物生態(tài)學(xué)，并揭示以前看不見(jiàn)的微觀生命多樣性?？茖W(xué)報(bào)告中出現(xiàn)的一項(xiàng)新研究表明，衡量微生物多樣性的一種有利方法并不像以前認(rèn)為的那樣準(zhǔn)確。
      

      研究人員推翻了關(guān)于下一代DNA技術(shù)功效的智慧
      

      題為“16S擴(kuò)增子和霰彈槍測(cè)序之間微生物多樣性發(fā)現(xiàn)的大規(guī)模差異”的文章是一個(gè)國(guó)際研究團(tuán)隊(duì)的合作，包括紐約城市大學(xué)城市科技大學(xué)的Mercer R. Brugler博士(CUNY) 。
      

      現(xiàn)代宏基因組環(huán)境DNA研究幾乎完全依賴于新一代測(cè)序(NGS)，使得方法評(píng)估至關(guān)重要。研究人員在巴西四個(gè)主要河流泛濫平原系統(tǒng)(亞馬遜，阿拉瓜亞，巴拉那和潘塔納爾)的水樣中比較了兩種NGS技術(shù) - 擴(kuò)增子和霰彈槍。通過(guò)擴(kuò)增子測(cè)序鑒定的門的不到50%是從鳥(niǎo)槍測(cè)序中恢復(fù)的，從根本上挑戰(zhàn)了霰彈槍恢復(fù)比基于擴(kuò)增子的方法更多樣化的教條。擴(kuò)增子測(cè)序也顯示出大約27%的家庭?？傮w而言，擴(kuò)增子數(shù)據(jù)在不同分類學(xué)規(guī)模的生物多樣性和群落生態(tài)學(xué)分析中更為穩(wěn)健。
      

      這項(xiàng)工作使類似研究的樣本量增加了一倍，并且新穎地整合了每個(gè)站點(diǎn)的環(huán)境數(shù)據(jù)(例如，pH，溫度，營(yíng)養(yǎng)素)，根據(jù)使用的數(shù)據(jù)顯示出不同的相關(guān)性。雖然可以獲得有關(guān)NGS技術(shù)和生物信息管道的無(wú)數(shù)變體，但結(jié)果表明迄今為止在任何研究中都沒(méi)有突出的核心差異。鑒于將獵槍數(shù)據(jù)與基于進(jìn)化枝的分類算法相結(jié)合時(shí)確定的分類群數(shù)量較少，以前使用此類生物信息學(xué)工具量化生物多樣性的研究應(yīng)謹(jǐn)慎觀察或重新分析。盡管如此，霰彈槍具有互補(bǔ)優(yōu)勢(shì)，在設(shè)計(jì)項(xiàng)目時(shí)應(yīng)予以權(quán)衡。
      

      這項(xiàng)研究的結(jié)果將對(duì)先前使用霰彈槍數(shù)據(jù)的微生物生物多樣性分析以及微生物DNA如何從這一點(diǎn)進(jìn)行測(cè)序和/或分析產(chǎn)生影響。
      
			

			
        
      
			
      
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