Phospho-RNA-seq可以獲得mRNA和lncRNA片段
根據密歇根大學羅杰爾癌癥中心研究人員今天在EMBO雜志上發(fā)表的一篇論文，Phospho-RNA-seq是一種新的RNA測序方法，揭示了血漿中數千種以前難以接近的RNA片段。
“我們相信有各種各樣的潛在臨床應用，”該論文的高級作者，醫(yī)學博士Muneesh Tewari說。“例如，在癌癥方面，我們很高興應用這種方法試圖檢測免疫療法中自身免疫副作用的最早跡象。還有可能早期發(fā)現(xiàn)癌癥，因為有很長的非編碼RNA是公平的特定于某些癌癥類型。“
Tewari已經在這個問題上工作了十多年。2008年，他發(fā)表了一篇論文，描述了檢測血漿中腫瘤微小RNA的突破。然而，該方法的缺點是它無法檢測到更常見和器官特異性類型的RNA，這些RNA通常以片段形式存在。
“我們必須弄清楚如何將信號與噪音分離 - 如何從細菌和病毒RNA以及我們自己的基因組中去除不相關的遺傳物質，這會給數據增加噪音，”Ryan Spengler博士說。一位領導數據分析的博士后研究員。“當序列非常短時，它們可能偶然匹配人類基因組中的多個位置，很難說它們真正來自哪個基因。”“這項新研究的真正創(chuàng)新是認識到這些其他類型的RNA被遺漏，因為它們具有簡單但關鍵的差異，使它們無法出現(xiàn)在血漿測序結果中，”Tewari解釋說。“我們使用酶來定制這些片段的末端，以便它們在測序中顯示出來。而這個相對簡單的步驟顯示，是的，血液中有數千個這些額外的基因轉錄物。”該難題的第二個關鍵部分是開發(fā)一種方法，可以對大量的測序數據進行可靠的分類，以濾除誤報并確保準確的結果。
這種新方法稱為磷酸-RNA-seq，因為片段末端的定制方式。它首先在使用精選RNA的實驗中得到驗證，因此科學家們提前知道準確的結果應該是什么樣子。然后，為了證明它可以在真實環(huán)境中工作，該方法在每周從兩名在UM進行骨髓移植的患者收集的血漿樣品上進行測試。
“我們可以追蹤移植后骨髓重建的標志，以及指示肝臟損傷的血漿RNA變化 - 這與我們所知道的醫(yī)療記錄結果一致，”Tewari說。
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