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      研究人員成功測(cè)序了單個(gè)細(xì)胞的總RNA
      
			
      
				2019-04-26 10:38:49
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      通過(guò)結(jié)合多種方法，日本RIKEN先進(jìn)計(jì)算與通信中心(ACCC)的研究人員開(kāi)發(fā)出一種方法，可以對(duì)單個(gè)細(xì)胞的總RNA進(jìn)行全長(zhǎng)測(cè)序。進(jìn)行此類全長(zhǎng)測(cè)序的能力對(duì)于了解單個(gè)細(xì)胞如何在生物系統(tǒng)中發(fā)育和發(fā)揮作用非常重要。
      

      研究人員成功測(cè)序了單個(gè)細(xì)胞的總RNA
      

      在解碼不同物種和生物體的基因組和轉(zhuǎn)錄組RNA表達(dá)方面取得了很大進(jìn)展，但仍有許多工作要做，以了解單個(gè)細(xì)胞中發(fā)生的情況。迄今為止單核細(xì)胞RNA測(cè)序(一種解碼單個(gè)細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的技術(shù))的關(guān)鍵挑戰(zhàn)之一是難以確定非多腺苷酸化的RNA序列 - 這種修飾幾乎在所有信使RNA。非多腺苷酸化的RNA具有低表達(dá)并且具有略微不同的結(jié)構(gòu)。最近的研究表明，非多腺苷酸化的RNA參與多種細(xì)胞功能和疾病。盡管它們很重要，但到目前為止，方法要么無(wú)法檢測(cè)到非多腺苷酸化的RNA，要么只能以非常低的靈敏度檢測(cè)它們。
      

      為了克服這一局限，RIKEN科學(xué)家結(jié)合了多種方法開(kāi)發(fā)了一種名為隨機(jī)置換擴(kuò)增測(cè)序(RamDA-seq)的系統(tǒng)，該系統(tǒng)對(duì)多腺苷酸化和非多腺苷酸化RNA均高度敏感，對(duì)經(jīng)常發(fā)生的偏倚類型具有強(qiáng)烈免疫力。在測(cè)序期間。結(jié)果發(fā)表在Nature Communications上。
      

      通過(guò)一系列測(cè)試，他們確定RamDA-seq非常敏感，并且具有良好的重現(xiàn)性。他們發(fā)現(xiàn)它可以提供極長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的全長(zhǎng)序列，并且與以前的方法不同，對(duì)非多腺苷酸化RNA非常敏感。他們將RamDA-seq應(yīng)用于小鼠胚胎干細(xì)胞并正確檢測(cè)已知RNA的序列，以及之前未知的其他序列。
      

      使用RamDA-seq，科學(xué)家發(fā)現(xiàn)了許多有趣的事實(shí)。首先，他們表明，非多腺苷酸化的RNA以依賴于分化狀態(tài)的方式動(dòng)態(tài)調(diào)節(jié)，因此不同階段的單個(gè)細(xì)胞可能以不同的方式表達(dá)它們。他們還發(fā)現(xiàn)了一種獨(dú)特的現(xiàn)象 - 稱為遞歸剪接，近年來(lái)引起了人們對(duì)某些基因的關(guān)注，并且能夠在單細(xì)胞水平上分析這些現(xiàn)象。最后，他們發(fā)現(xiàn)RamDA-seq可用于了解反映調(diào)節(jié)基因組區(qū)域功能的增強(qiáng)子RNA-RNA的活性。
      

      根據(jù)ACCC生物信息學(xué)研究部門負(fù)責(zé)人Itoshi Nikaido的說(shuō)法，“我們對(duì)這個(gè)新系統(tǒng)取得的積極成果感到非常興奮，并且非常希望世界各地的研究人員能夠用它來(lái)為我們提供新的見(jiàn)解進(jìn)入個(gè)體細(xì)胞的基因表達(dá)，讓我們更好地了解生物系統(tǒng)的復(fù)雜性。“
      
			

			
        
      
			
      
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