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      優(yōu)雅的技巧改善了單細(xì)胞RNA測(cè)序
      
			
      
				2019-02-20 10:42:15
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      液滴微流體技術(shù)徹底改變了單細(xì)胞RNA測(cè)序，為單細(xì)胞基因組學(xué)提供了低成本，高通量的方法。然而，該方法在捕獲完整RNA轉(zhuǎn)錄信息的能力方面受到限制。由Meinig生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院助理教授Iwijn De Vlaminck領(lǐng)導(dǎo)的康奈爾研究人員提出了一種優(yōu)雅，低成本的方法來(lái)解決這個(gè)問題。它不僅推動(dòng)了單細(xì)胞基因組學(xué)的發(fā)展，還可能為感染和免疫生物學(xué)研究提供新的途徑。
      

      優(yōu)雅的技巧改善了單細(xì)胞RNA測(cè)序
      

      最近在Nature Methods上發(fā)表了“單細(xì)胞中的同時(shí)多重?cái)U(kuò)增子測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組分析” 。De Vlaminck實(shí)驗(yàn)室的博士后研究員Mridusmita Saikia和博士生Philip Burnham是主要作者。獸醫(yī)學(xué)院貝克動(dòng)物健康研究所助理教授查爾斯丹科和貝克研究所病毒學(xué)副教授約翰帕克也做出了貢獻(xiàn)。
      

      在2015年，研究人員來(lái)自美國(guó)哈佛大學(xué)和麻省理工學(xué)院推出跌落-seq的，一種方法同時(shí)并有效地表征十萬(wàn)個(gè)單元格的身份，使用納升規(guī)模的液滴和連接的唯一標(biāo)識(shí)符到每個(gè)細(xì)胞的RNA。“這些技術(shù)非常受歡迎，因?yàn)樗鼈兘档土诉@些類型分析的成本，使它們民主化，使它們非常便宜并且很容易為許多實(shí)驗(yàn)室做，”De Vlaminck說(shuō)。
      

      然而，缺點(diǎn)是它們只能識(shí)別某種類型的信使RNA(mRNA)分子，這限制了潛在的分析范圍。信使RNA攜帶在翻譯過(guò)程中從DNA復(fù)制的遺傳信息。De Vlaminck和他的合作者已經(jīng)為現(xiàn)有的Drop-seq協(xié)議提出了簡(jiǎn)單，廉價(jià)的改進(jìn)，并稱他們的新方法為DART-seq(通過(guò)單細(xì)胞測(cè)序的液滴輔助RNA靶向)。
      

      在Drop-seq中，單個(gè)細(xì)胞用標(biāo)記的微粒包封，其啟動(dòng)細(xì)胞mRNA的逆轉(zhuǎn)錄。De Vlaminck小組設(shè)計(jì)了一種在進(jìn)行常規(guī)Drop-seq分析之前酶促定制珠子的有效方法，該方法允許回收和分析比通過(guò)Drop-seq測(cè)序獲得的更多種類的分子。
      

      此外，該技術(shù)可以識(shí)別病毒感染的細(xì)胞，并量化病毒和宿主基因的表達(dá)，從而能夠檢測(cè)宿主對(duì)單細(xì)胞水平感染的反應(yīng)。
      

      “一種病毒種類可以非常多樣化，這種多樣性使它們能夠做出非凡的事情，”伯納姆說(shuō)。“因此，如果您可以縮小到單細(xì)胞水平，您實(shí)際上可以看到病毒中的微小變化如何導(dǎo)致細(xì)胞對(duì)該小突變的反應(yīng)發(fā)生潛在的巨大變化。”
      

      Saikia與獸醫(yī)學(xué)院有雙重任命，他認(rèn)為DART-seq也將有助于為癌癥治療的新方法提供信息。“癌癥細(xì)胞是一個(gè)非常龐雜的群體，”她說(shuō)，“當(dāng)你不看他們?cè)趩渭?xì)胞水平上呢，你經(jīng)常會(huì)錯(cuò)過(guò)重要的信息。因此，我們的技術(shù)也允許。”
      
			

			
        
      
			
      
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