DOEJGI擴(kuò)展了綜合微生物基因組IMG系統(tǒng)的功能

加利福尼亞州沃爾特克里克 - 美國(guó)能源部聯(lián)合基因組研究所(DOE JGI)擴(kuò)展了綜合微生物基因組(IMG)數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)的功能，更新了IMG / M宏基因組數(shù)據(jù)管理和分析系統(tǒng)的內(nèi)容，并且推出了教育伴侶網(wǎng)站IMG / EDU。

IMG 2.6版包括來(lái)自國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBIs)參考序列(RefSeq)集合的第29版的新微生物基因組。IMG 2.6包含總共4,207個(gè)基因組，包括1078個(gè)細(xì)菌，56個(gè)古細(xì)菌，40個(gè)真核基因組，2,230個(gè)細(xì)菌噬菌體和803個(gè)質(zhì)粒，這些質(zhì)粒不是來(lái)自特定的微生物基因組測(cè)序項(xiàng)目。在這些基因組中，完成了3,737個(gè)，草案基因組有470個(gè)。IMG 2.6包含308個(gè)在DOE JGI測(cè)序的微生物基因組，包括237個(gè)完成基因組和71個(gè)草圖基因組。

IMG 2.6包括第一版染色體基因盒(位置基因簇)以及它們?cè)贗MG基因組中的保守性估計(jì)。用戶界面已經(jīng)改進(jìn)了用于探索基因盒保存的工具，并包括用于檢查基因組功能注釋的附加圖形查看器。有關(guān)IMG 2.6的更多詳細(xì)信息，請(qǐng)?jiān)L問(wèn)：。

IMG / M的內(nèi)容已經(jīng)更新，其中包括基于其宏基因組序列分析微生物群落的功能能力的工具，其中包括由微生物群落樣本生成的另外三個(gè)宏基因組數(shù)據(jù)集，這些數(shù)據(jù)集是最近發(fā)表的研究的主題。這些包括來(lái)自西雅圖華盛頓湖的微生物群落的宏基因組和功能分析(Nature Biotechnology，2008年8月)，超鹽微生物墊(Molecular System Biology 4，2008年6月)，以及室內(nèi)城市環(huán)境中的空氣宏基因組(PLoS One 3) ，2008年4月)。

“IMG / M系統(tǒng)是用于分析宏基因組數(shù)據(jù)的最全面和不斷發(fā)展的資源，提供一系列有價(jià)值的分析工具以及與主要公共數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接，” Nature Biotechnology論文作者Ludmila Chistoserdova說(shuō)，他是大學(xué)的微生物學(xué)家。華盛頓。“雖然功能非常強(qiáng)大，但該系統(tǒng)用戶友好且直觀，是宏基因組學(xué)研究人員真正的”一站式服務(wù)“。有關(guān)IMG / M的更多詳情，請(qǐng)?jiān)L問(wèn)：。

已經(jīng)建立了IMG的特殊版本IMG / EDU，以支持DOE JGI的微生物基因組注釋教育計(jì)劃，用于在IMG中可用的所有基因組的比較背景中使用特定微生物基因組教授微生物基因組分析和注釋。

“IMG / EDU將作為基于網(wǎng)絡(luò)的門戶網(wǎng)站的核心，使本科生能夠參與微生物基因組注釋，”DOE JGI教育計(jì)劃負(fù)責(zé)人Cheryl Kerfeld說(shuō)。“目前，全國(guó)12所學(xué)校的學(xué)生正在分子生物學(xué)，遺傳學(xué)，微生物學(xué)和生物化學(xué)課程中使用該門戶，他們?cè)谶@些課程中檢查基因調(diào)用并注釋基因和生化途徑。通過(guò)幫助全球研究人員建立策劃的基因組，本科生將使用IMG / EDU發(fā)現(xiàn)生物信息學(xué)的概念和應(yīng)用。“IMG / ACT的另一個(gè)資源，為管理學(xué)生班級(jí)和作業(yè)以及分享教學(xué)提供支持。材料和指導(dǎo)學(xué)生研究基因調(diào)用和功能注釋。

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