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      各類癌癥基因檢測技術(shù)優(yōu)劣勢大對比  什么是單堿基擴展測定？
      
			
      
				2020-09-15 16:39:15
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			  來源：中華網(wǎng)
			
      
		
      
				
		
      
			
      各類癌癥基因檢測技術(shù)優(yōu)劣勢大對比!
      

      1、等位基因特異性PCR
      

      優(yōu)點：敏感性 - 需要突變存在1-5%。無需特殊設(shè)備。
      

      缺點：目標特異性，無法檢測到可能存在于腫瘤DNA中的其他突變。
      

      2、Sanger雙脫氧測序
      

      優(yōu)點：可以檢測到各種未知的突變。如果首次從樣本中提取融合轉(zhuǎn)錄物的RNA，可用于檢測基因融合。無需特殊設(shè)備。
      

      缺點：勞動強度大，需要突變DNA存在20-25%。無法檢測到外顯子或基因 拷貝數(shù)的變化。
      

      3、焦磷酸測序
      

      優(yōu)點：快速和靈敏地檢測5%水平的突變DNA。
      

      缺點：需要焦磷酸測序儀器; 在可以在腫瘤DNA中檢測到的突變類型方面受到限制。
      

      4、質(zhì)譜法
      

      優(yōu)點：靈敏，存在5-10%可靠地檢測突變DNA; 測試多個基因。
      

      缺點：需要質(zhì)譜儀器; SNV特異性并且不能檢測可能存在的腫瘤DNA中的其他突變。
      

      5、單堿基擴展測定
      

      優(yōu)點：靈敏，可靠地檢測突變DNA，如果以5-10%存在; 測試多個基因。無需特殊設(shè)備。
      

      缺點： SNV特異性并且不能檢測可能存在于腫瘤DNA中的其他突變。
      

      6、多重連接依賴性探針擴增 - MLPA
      

      優(yōu)點：快速且能夠同時檢測多個突變。無需特殊設(shè)備?？梢詸z測到10%的目標SNV。
      

      缺點：對于外顯子或基因 拷貝數(shù)變異檢測，需要突變DNA以20-40%的水平存在。靶向的SNV和外顯子和基因 拷貝數(shù)變體都是特異性的，并且不能檢測到腫瘤DNA中的其他突變。試劑盒可能不適用于感興趣的基因或突變。新鮮冰凍組織檢測效果優(yōu)于石蠟包埋組織提取DNA。
      

      7、熒光原位雜交 - FISH
      

      優(yōu)點：輕松檢測基因 拷貝數(shù)變化和有針對性的SV，這些SV不易被其他方法檢測到; 基于細胞的成像可以檢測一小部分細胞中的事件。
      

      缺點：需要石蠟包埋組織未染色的切片; 無法檢測到實體瘤腫瘤中發(fā)生的大多數(shù)突變類型。
      

      8、新一代測序-擴增捕獲
      

      優(yōu)點：能夠同時檢測單個堿基替換以及更復(fù)雜的突變，包括單次測定中許多基因中的重復(fù)，插入，缺失和插入缺失; 需要少量的DNA。當(dāng)測序到高“覆蓋深度”(1000x覆蓋率)時，測定對于檢測低豐度突變是敏感的。
      

      缺點：昂貴; 需要一種完全不同于其他分子檢測方法的DNA制備方法。無法檢測基因 拷貝數(shù)變化和SV。
      

      9、新一代測序 - 雜交捕獲
      

      優(yōu)點：能夠同時檢測單個測定中許多基因中的替換，重復(fù)，插入，缺失，插入和外顯子和基因 拷貝數(shù)變化。探針也可以設(shè)計為捕獲經(jīng)常重新排列的基因中的選擇性易位斷點，如FoundationOne TM。
      

      缺點：昂貴; 需要與傳統(tǒng)上用于其他分子突變測定的完全不同的DNA制備方法; 需要更多的腫瘤組織; 需要復(fù)雜的生物信息學(xué)。
      

      10、新一代測序 - 全外顯子組測序
      

      優(yōu)點：綜合性中等。在同一檢測中，可同時檢測許多基因中的替換，重復(fù)，插入，缺失，插入和外顯子和基因 拷貝數(shù)變化。
      

      缺點：昂貴; 需要完全不同于傳統(tǒng)上用于其他分子突變檢測技術(shù)的DNA制備方法; 需要更多的腫瘤組織; 需要復(fù)雜的生物信息學(xué)。
      

      11、新一代測序 - 全基因組測序
      

      優(yōu)點：最全面?？赏瑫r檢測整個基因組中的替換，重復(fù)，插入，缺失，插入，基因和外顯子拷貝數(shù)變化以及染色體反轉(zhuǎn)和易位。
      

      缺點：昂貴和低產(chǎn)量; 需要完全不同于傳統(tǒng)上用于大多數(shù)突變檢測技術(shù)的DNA制備方法; 需要更多的腫瘤組織; 需要復(fù)雜的生物信息學(xué); 對數(shù)據(jù)存儲和處理有巨大的計算需求。
      

      12、數(shù)字PCR - ddPCR
      

      優(yōu)點：高水平的敏感性和特異性; 相對便宜。
      

      缺點：只能檢測已知的有針對性的突變 ; 受限于檢測到的突變類型; 每個測定只能檢測到有限數(shù)量的突變。
      

      13、BEAMing技術(shù)
      

      優(yōu)點：高度的敏感性和特異性
      

      缺點：只能檢測已知的有針對性的突變 ; 受限于檢測到的突變類型; 每個測定只能檢測到有限數(shù)量的突變。
      
			

			
        
      
			
      
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