研究人員如何利用基因組學(xué)來(lái)預(yù)測(cè)面包品質(zhì)并加速小麥品種的發(fā)展
堪薩斯州立大學(xué)和國(guó)際玉米和小麥改良中心(CIMMYT)的一個(gè)育種者和遺傳學(xué)家團(tuán)隊(duì)提出了一種新的方法來(lái)確定新品種的面包小麥?zhǔn)欠窬邆渲谱鞲妹姘哪芰?。在美?guó)國(guó)際開(kāi)發(fā)署的Feed the Future Initiative的資助下,該團(tuán)隊(duì)正在使用DNA標(biāo)記來(lái)預(yù)測(cè)面包小麥的重要品質(zhì)特性,如面團(tuán)強(qiáng)度和面包體積。他們的工作“CIMMYT春季面包小麥育種計(jì)劃中加工和最終使用質(zhì)量特性的基因組選擇”最近發(fā)表在植物基因組雜志上。
主要作者是Sarah Battenfield,他是堪薩斯州立大學(xué)遺傳學(xué)博士研究生,也是植物病理學(xué)的前博士后研究員。共同作者是該大學(xué)的農(nóng)學(xué)教授Allan Fritz和植物病理學(xué)助理教授Jesse Poland; 來(lái)自CIMMYT的Susanne Dreisigacker,Carlos Guzman,RobertoJ.Peña和Ravi P. Singh; 和R. Chris Gaynor,羅斯林研究所和愛(ài)丁堡大學(xué)皇家(迪克)獸醫(yī)研究學(xué)院。
從歷史上看,小麥育種的主要焦點(diǎn)是糧食產(chǎn)量和具有最佳性能和抗病性的品系的選擇。
“在許多育種計(jì)劃中,由于成本高和測(cè)試所需的大量谷物,在候選小麥品種的選擇周期結(jié)束時(shí)評(píng)估質(zhì)量特性,”Battenfield說(shuō)。“因?yàn)榈湫偷男←溣N周期需要8到10年,等到面包質(zhì)量測(cè)試直到最后幾年經(jīng)常會(huì)導(dǎo)致人們認(rèn)為小麥品種被丟棄,因?yàn)樗鼈儾荒苌a(chǎn)出好的面包。”
該團(tuán)隊(duì)使用測(cè)試烘焙實(shí)驗(yàn)室中生成的小麥質(zhì)量數(shù)據(jù),并使用DNA標(biāo)記建立預(yù)測(cè)算法,以確定新一代候選小麥品種的品質(zhì)性狀。使用預(yù)測(cè)算法,他們能夠?qū)⑿←溬|(zhì)量篩選推進(jìn)至少一年,并預(yù)測(cè)候選品種的數(shù)量超過(guò)質(zhì)量實(shí)驗(yàn)室測(cè)試的10倍。
“傳統(tǒng)上,我們能夠在CIMMYT質(zhì)量實(shí)驗(yàn)室中每年測(cè)試大約1,500個(gè)樣品,但由于我們僅通過(guò)DNA標(biāo)記預(yù)測(cè)質(zhì)量,我們能夠篩選所有10,000個(gè)第一年的產(chǎn)量試驗(yàn)以獲得質(zhì)量,這將超過(guò)可能以大致相同的成本進(jìn)行物理處理,“巴頓菲爾德說(shuō)。
巴頓菲爾德和該團(tuán)隊(duì)相信有可能將這一過(guò)程推進(jìn)長(zhǎng)達(dá)三年。
“小麥質(zhì)量測(cè)試從分析谷物形態(tài),硬度和蛋白質(zhì)含量開(kāi)始,”CIMMYT小麥化學(xué)和質(zhì)量實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人Carlos Garcia說(shuō)。“該程序繼續(xù)將小麥籽粒研磨成面粉,然后確定蛋白質(zhì)含量以及在不同的流變測(cè)試中將面團(tuán)制作的水量最佳。然后將面粉與水混合在混合儀中,這就像一個(gè)帶有針的微型攪拌碗測(cè)量面團(tuán)在開(kāi)發(fā)時(shí)的抗性 - 就像地震儀一樣。“
“我們可以調(diào)查這條曲線,告訴我們一種候選品種的面團(tuán)相對(duì)于另一種面團(tuán)的強(qiáng)度是多大,以及獲得面團(tuán)的最佳混合時(shí)間是多少,”巴滕菲爾德說(shuō)。“我們堪薩斯州的硬紅冬小麥需要有很強(qiáng)的面團(tuán),因?yàn)榇蠖鄶?shù)都是面向工業(yè)面包店,所以它需要能夠承受工業(yè)加工。”
測(cè)量面團(tuán)強(qiáng)度,混合時(shí)間和延展性,并烘焙面包作為性能的最終測(cè)試。從所有這些數(shù)據(jù)中可以確定小麥品系是否足夠好以保持 - 但這個(gè)問(wèn)題直到育種周期的六到八年才能出現(xiàn)。
“使用來(lái)自單一植物的DNA,我們可以使用這些新的預(yù)測(cè)模型在育種周期的早期階段對(duì)質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估,”該研究的資深作者波蘭說(shuō)。“在我們有足夠的種子進(jìn)行質(zhì)量檢測(cè)之前,這已經(jīng)很久了。”
據(jù)研究人員稱,減少繁殖周期對(duì)育種投資回報(bào)的影響最大。
“這些調(diào)整表明我們可以將質(zhì)量選擇提高到目前可能的兩到三倍,”波蘭說(shuō)。
結(jié)果還表明,小麥育種計(jì)劃可以利用小麥品質(zhì)的基因組選擇以及傳統(tǒng)的育種渠道,更有效地利用資源,包括時(shí)間和金錢(qián)。
波蘭表示,這種預(yù)測(cè)方法可以消除無(wú)法通過(guò)小麥質(zhì)量最終測(cè)試的品系。準(zhǔn)確的處理和最終使用質(zhì)量預(yù)測(cè)模型,例如基因組選擇,將允許育種計(jì)劃在時(shí)間和資源投入不通過(guò)最終測(cè)試的品系之前剔除不可接受的品系或針對(duì)特定品系。
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