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      新的和改進(jìn)的單細(xì)胞RNA測序方法
      
			
      
				2019-01-16 19:16:28
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      單細(xì)胞分析使研究人員能夠?qū)蝹€細(xì)胞從群體中分離出來，這超出了傳統(tǒng)體分析方法所能提供的分析能力。單細(xì)胞RNA測序可以發(fā)現(xiàn)罕見的細(xì)胞群體，基因之間的調(diào)控關(guān)系，并確定細(xì)胞譜系在發(fā)展過程中。康奈爾大學(xué)的一個研究小組對現(xiàn)有的單細(xì)胞RNA測序方法進(jìn)行了改進(jìn)，使這項(xiàng)技術(shù)更加有用。
      

      新的和改進(jìn)的單細(xì)胞RNA測序方法
      

      2015年，哈佛大學(xué)(Harvard University)和麻省理工學(xué)院(Massachusetts Institute of Technology)的研究人員引入了Drop-seq技術(shù)。Drop-seq是一種利用納米尺度的液滴，在每個細(xì)胞的RNA上附加一個唯一標(biāo)識符，同時有效地表征數(shù)千個細(xì)胞的身份。在Drop-seq中，單個細(xì)胞被標(biāo)記的微粒包裹，這些微?？梢詥蛹?xì)胞mRNA的逆轉(zhuǎn)錄。“這些技術(shù)非常受歡迎，因?yàn)樗鼈兘档土诉@類分析的成本，讓它們變得大眾化，讓它們對許多實(shí)驗(yàn)室來說變得非常便宜和容易，”康奈爾大學(xué)(Cornell University)生物醫(yī)學(xué)工程助理教授伊維恩·德·弗拉明克(Iwijn De Vlaminck)博士說。
      

      然而，Drop-seq的缺點(diǎn)是只能識別特定類型的信使RNA (mRNA)分子，這限制了潛在的分析范圍。De Vlaminck博士和他的同事設(shè)計(jì)了一種簡單、廉價(jià)的Drop-seq協(xié)議，可以在單個細(xì)胞中實(shí)現(xiàn)多路擴(kuò)增子測序和轉(zhuǎn)錄組分析。他們將這種新的方法稱為單細(xì)胞測序法(DART-seq)。
      

      他們的工作,最近發(fā)表在《自然方法》在一篇題為“同步多路復(fù)用在單個細(xì)胞擴(kuò)增子序列和轉(zhuǎn)錄組分析,“顯示了一個有效的方法來保持酶的定制珠執(zhí)行常規(guī)Drop-seq分析之前,它允許更大的復(fù)蘇和分析各種各樣的分子比可以通過Drop-seq測序。
      

      除了作為一種改進(jìn)的單細(xì)胞測序方法，DART-seq還可能在感染和免疫學(xué)方面有所發(fā)現(xiàn)。研究人員使用DART-seq技術(shù)同時對一種節(jié)段dsRNA病毒的非a尾轉(zhuǎn)錄本和感染細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了鑒定。此外，他們還利用rt -seq法同時測定了B淋巴細(xì)胞的天然配對可變區(qū)重鏈和輕鏈擴(kuò)增子以及轉(zhuǎn)錄組。該技術(shù)可以識別病毒感染的細(xì)胞，量化病毒和宿主基因的表達(dá)，從而在單細(xì)胞水平上檢測宿主對感染的反應(yīng)。
      

      “單個病毒物種可以非常多樣化，這種多樣性使它們能夠做出非凡的事情，”德弗拉明克實(shí)驗(yàn)室的研究生、論文的第一作者之一菲利普伯納姆(Philip Burnham)說。“所以如果你能縮小到單細(xì)胞水平，你就能看到病毒的微小變化是如何導(dǎo)致細(xì)胞對這種小突變的反應(yīng)發(fā)生巨大變化的。”
      

      Mridu Saikia博士是De Vlaminck實(shí)驗(yàn)室的博士后，也是這篇論文的第一作者之一。“癌細(xì)胞是一個非常不均勻的群體，”她說，“當(dāng)你不在單細(xì)胞水平上觀察它們時，你往往會錯過重要的信息。”所以我們的技術(shù)也允許這樣做。
      
			

			
        
      
			
      
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