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      DNAnexus為玉米基因組的研究和分析提供動(dòng)力
      
			
      
				2019-01-15 18:39:38
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			  來(lái)源：
			
      
		
      
				
		
      
			
      全球領(lǐng)先的基因組信息和數(shù)據(jù)管理,今天宣布的細(xì)節(jié)與Dawe實(shí)驗(yàn)室從佐治亞大學(xué)合作,高度從愛(ài)荷華州立大學(xué)實(shí)驗(yàn)室,并從冷泉港實(shí)驗(yàn)室器皿的實(shí)驗(yàn)室和美國(guó)農(nóng)業(yè)部(USDA),成功地完成新創(chuàng)玉米基因組組裝的人口,其中包括26個(gè)品種在美國(guó)找到。DNAnexus提供了一項(xiàng)交鑰匙服務(wù)，克服了由于玉米基因組的復(fù)雜性和可伸縮性的需要而帶來(lái)的挑戰(zhàn)，使組裝時(shí)間減少了350倍，參考基因組質(zhì)量的連續(xù)性提高了10倍。
      

      DNAnexus為玉米基因組的研究和分析提供動(dòng)力
      

      這種合作意義重大，因?yàn)榈奖臼兰o(jì)末，據(jù)估計(jì)將有110多億人居住在地球上。氣候變化的影響，以及人口的增長(zhǎng)，都需要基因農(nóng)業(yè)的改善，就像人類健康中的精準(zhǔn)醫(yī)療一樣。玉米是世界上最重要的谷物，從產(chǎn)量上看，它是一種特別重要的作物，為了滿足日益增長(zhǎng)的全球需求，必須了解玉米。
      

      “我們利用DNAnexus和他們的xVantage小組幫助我們完成了玉米的種群水平基因組組裝，”美國(guó)農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)研究所(USDA ARS)和冷泉港實(shí)驗(yàn)室(Cold Spring Harbor Laboratory)的科學(xué)家兼兼職教授多林·韋爾(Doreen Ware)博士說(shuō)。“這個(gè)團(tuán)隊(duì)真的為我們推進(jìn)了前沿，讓我們能夠?qū)@個(gè)特別復(fù)雜的基因組進(jìn)行規(guī)模和優(yōu)化，并利用多種技術(shù)來(lái)提供高質(zhì)量的參考裝配。”利用這一玉米基因組的新知識(shí)，研究人員可以進(jìn)一步提高玉米產(chǎn)量、營(yíng)養(yǎng)含量以及這種植物對(duì)氣候變化、害蟲(chóng)和疾病的負(fù)面影響的抵抗力。
      

      玉米基因組的裝配尤其復(fù)雜，因?yàn)檫@種植物的重復(fù)和轉(zhuǎn)座因子是不斷變化的。玉米基因組的大小與人類基因組相似，三分之二的玉米基因組由重復(fù)區(qū)域組成，這就需要大量的計(jì)算資源來(lái)進(jìn)行精確的從頭組裝。利用Microsoft Azure上的DNAnexus，本次合作使用了多種測(cè)序和組裝技術(shù)，包括PacBio SMRT長(zhǎng)讀技術(shù)、Illumina短讀技術(shù)和BioNano光學(xué)映射技術(shù)。
      

      DNAnexus首席執(zhí)行官理查德•戴利(Richard Daly)表示:“這個(gè)玉米組裝項(xiàng)目是一個(gè)強(qiáng)有力的例子，說(shuō)明了DNAnexus是如何被用來(lái)加速科學(xué)發(fā)現(xiàn)的。”“下一次綠色革命將由數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)。作為全球領(lǐng)先的基因組組裝服務(wù)商，我們感到非常自豪。
      

      來(lái)自玉米大會(huì)的數(shù)據(jù)將在2019年1月12日至16日在加州圣地亞哥舉行的國(guó)際植物和動(dòng)物基因組會(huì)議上公布。如需更多信息，請(qǐng)參會(huì)DNAnexus展位(227號(hào))或在此了解更多信息。
      
			

			
        
      
			
      
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