團隊映射黑色飛行的基因組 可能有益于人類健康 促進害蟲管理
印第安納大學(xué)普渡大學(xué)印第安納波利斯分??茖W(xué)學(xué)院的研究人員對黑蠅的基因組進行了測序,這種蠅是一種常見于美國,加拿大南部和北歐部分地區(qū)的昆蟲。黑蠅有環(huán)境,醫(yī)療和法醫(yī)用途,作為自然界的回收者,傷口清潔劑和法醫(yī)計時員。它們具有藍色或綠色光澤,并且與普通家蠅相似。
發(fā)現(xiàn)雌性基因組含有8,312個基因; 雄性基因組有9,490個基因。“沒有什么特別的關(guān)于黑蠅(科學(xué)名稱Phormia regina),但缺乏獨特性是科學(xué)家們對研究它們感興趣的原因,”生物學(xué)和法醫(yī)科學(xué)助理教授克里斯蒂娜皮卡德說,他帶領(lǐng)團隊排序基因組。
皮卡德提供了以下類比來解釋她對黑蠅的研究興趣:“例如,如果你對研究特定的人類疾病感興趣,那么你不要從研究患有這種疾病的人開始。你首先要研究健康的個體,并且然后你尋找健康和病人之間的差異,以確保你觀察到的任何差異實際上是由于疾病而不是由于其他因素。
“第一步是弄清楚正常是什么。這就是為什么我已經(jīng)研究了這種蒼蠅十年了,我們過去五年一直在研究它的基因組測序:因為這是一種基本上不起眼的昆蟲。它不是'做任何異常的事情。對黑蠅基因組進行測序后,我們正在為正在研究具有異?;蛭kU特征的其他昆蟲的所有研究人員提供主要資源,例如一種致命襲擊牲畜的蒼蠅。“
黑蠅是活躍的昆蟲,執(zhí)行三項有益于人類的任務(wù):回收腐肉,清除人類傷口和在新鮮尸體上產(chǎn)卵。它們沒有有害或寄生行為。
黑蠅以腐爛的肉為食,有助于消耗整個環(huán)境中死亡的脊椎動物。黑斑蠅幼蟲或蛆在醫(yī)學(xué)上用于清除人類傷口,因為昆蟲物理地去除死組織,同時將抗微生物化合物排泄到傷口中。黑蠅蒼蠅具有極好的嗅聞最近死亡的組織的感覺,通常是第一批在人體內(nèi)定殖的昆蟲,通常在死后幾分鐘內(nèi)。女性在最近死亡的尸體上產(chǎn)卵,設(shè)置了一個“時鐘”,使法醫(yī)調(diào)查人員能夠估計死后時間間隔或死亡后的最短時間。
其他基因繪圖項目由大型國際財團組織開展,其中一個小組在一個方面開展工作,另一個小組在不同方面開展工作,作為一個合作項目。IUPUI的黑色吹蠅基因組測序主要由生物學(xué)博士候選人Anne Andere在皮卡德的指導(dǎo)下進行了四年,并得到德克薩斯理工大學(xué)生物學(xué)家RN Platt II和David A. Ray的投入。
“ Phormia regina Meigen的基因組序列(雙翅目:Calliphoridae):對醫(yī)學(xué),獸醫(yī)和法醫(yī)學(xué)研究的影響”在BMC Genomics在線發(fā)表。研究生安德瑞是第一作者。相應(yīng)作者皮卡德是生物學(xué)系和法醫(yī)與調(diào)查科學(xué)計劃的助理教授。她在法醫(yī)昆蟲學(xué)和分子生物學(xué)的界面工作。
昆蟲占地球上所有生物物種的一半以上。2011年,i5K啟動了一項計劃,即在五年內(nèi)對5,000種昆蟲和其他節(jié)肢動物的基因組進行測序。然而,到目前為止,只有239種節(jié)肢動物基因組已被測序,現(xiàn)在可以獲得黑色飛行基因組。
“現(xiàn)在我們已經(jīng)描述了基因組,”皮卡德說,“我計劃繼續(xù)努力更好地了解從一個地方到另一個地點的黑飛行種群變異,并展示這些變化如何影響死后時間間隔估計,目的是制作這些重要的決定更準確。“
皮卡德說,黑色吹蠅基因組的繪圖也將有助于研究人員更好地了解殺蟲劑的敏感性和抗藥性。對基因組的了解也將促進對這些特定昆蟲分泌的抗微生物化合物的理解。
在IUPUI完成的黑色吹蠅基因定位結(jié)果已經(jīng)存放在國家生物技術(shù)信息中心的序列閱讀檔案數(shù)據(jù)庫中,并且可供世界各地的研究人員使用。
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